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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3k19 | ||||||
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タイトル | OmpF porin | ||||||
要素 | Outer membrane protein F | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / BETA BARREL (Βバレル) / FOSCHOLINE-12 / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for Structures of Membrane Proteins / CSMP / Cell membrane (細胞膜) / Cell outer membrane / Ion transport / Membrane (生体膜) / Phage recognition / Porin (ポリン (タンパク質)) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Transport / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 colicin transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel complex / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion transmembrane transport / lipopolysaccharide binding / cell outer membrane / disordered domain specific binding / monoatomic ion channel activity ...colicin transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel complex / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion transmembrane transport / lipopolysaccharide binding / cell outer membrane / disordered domain specific binding / monoatomic ion channel activity / lipid binding / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.79 Å | ||||||
データ登録者 | Kefala, G. / Ahn, C. / Krupa, M. / Maslennikov, I. / Kwiatkowski, W. / Choe, S. / Center for Structures of Membrane Proteins (CSMP) | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010 タイトル: Structures of the OmpF porin crystallized in the presence of foscholine-12. 著者: Kefala, G. / Ahn, C. / Krupa, M. / Esquivies, L. / Maslennikov, I. / Kwiatkowski, W. / Choe, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3k19.cif.gz | 718.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3k19.ent.gz | 600.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3k19.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/3k19 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/3k19 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37114.250 Da / 分子数: 12 / 断片: sequence database residues 1-340 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: Bl21(DE3) / 参照: UniProt: P02931 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.75 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: 0.4 M NaH2PO4/1.6 M K2HPO4, 0.2M sodium chloride, 0.1M Imidazole pH 8, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月9日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.8→100 Å / Num. obs: 74966 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rsym value: 0.137 / Net I/σ(I): 9.233 |
反射 シェル | 解像度: 3.8→3.87 Å / Rmerge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 2.667 / Rsym value: 0.488 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2OMF 解像度: 3.79→49.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.791 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.749 / SU B: 35.787 / SU ML: 0.499 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.741 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 78.133 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.79→49.57 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2619 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms dev position: 0.01 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.787→3.885 Å / Total num. of bins used: 20
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