PDB-6rd3: Crystal structure of the wild type OmpK36 from Klebsiella pneumonia

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rd3

タイトル

Crystal structure of the wild type OmpK36 from Klebsiella pneumonia

要素

OmpK36

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / OmpK36 WT

機能・相同性

機能・相同性情報

porin activity / pore complex / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Beis, K. / Romano, M. / Kwong, J.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: OmpK36-mediated Carbapenem resistance attenuates ST258 Klebsiella pneumoniae in vivo.
著者: Wong, J.L.C. / Romano, M. / Kerry, L.E. / Kwong, H.S. / Low, W.W. / Brett, S.J. / Clements, A. / Beis, K. / Frankel, G.

履歴

登録	2019年4月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rd3.cif.gz	427.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rd3.ent.gz	344.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rd3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/6rd3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/6rd3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6rckC 6rcpC 5o79S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7jz3-d 2xg6-2 21900 4gcp-2 3upg-1 4gcq-1 2xe3-2 3pou-1 6ene-d 2omf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: OmpK36

B: OmpK36

C: OmpK36

D: OmpK36

E: OmpK36

F: OmpK36

ヘテロ分子

237 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: OmpK36

B: OmpK36

C: OmpK36

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology, Homology to 5O79
119 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: OmpK36

E: OmpK36

F: OmpK36

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
118 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.090, 316.090, 73.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.86, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	OmpK36 分子量: 38058.918 Da / 分子数: 6 / 変異: G0 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: G0 is from cloning / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: ompK36 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): omp8 / 参照: UniProt: D6QLY0
#2: 化合物	... ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル分子量: 306.438 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 882 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M Lithium sulfate, 0.1M sodium citrate pH 5.6 and 12% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→53.2 Å / Num. obs: 169857 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.023 / Net I/σ(I): 6.3
反射シェル	解像度: 1.98→2.01 Å / R_merge(I) obs: 0.134 / Num. unique obs: 8440 / CC_1/2: 0.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5O79

5o79

解像度: 1.98→53.197 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2344	8540	5.03 %
R_work	0.1937	-	-
obs	0.1957	169757	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→53.197 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16114	0	287	882	17283

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	16720
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.834	22525
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.971	9532
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	2256
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3000

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.98-2.0025	0.3504	260	0.2827	5402	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0025-2.0261	0.3098	284	0.2561	5359	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0261-2.0508	0.3057	290	0.254	5429	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0508-2.0767	0.2892	284	0.2436	5274	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0767-2.1041	0.2785	277	0.2293	5424	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1041-2.1329	0.2846	314	0.2296	5295	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1329-2.1634	0.2628	279	0.2209	5383	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1634-2.1957	0.2634	305	0.2106	5372	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1957-2.23	0.2633	297	0.2098	5348	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.2665	0.2577	287	0.207	5376	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2665-2.3056	0.2333	323	0.2002	5389	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3056-2.3475	0.2298	277	0.1935	5276	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3475-2.3927	0.2782	283	0.203	5427	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3927-2.4415	0.2497	287	0.204	5302	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4415-2.4946	0.2734	301	0.2059	5393	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4946-2.5526	0.2656	257	0.2037	5414	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5526-2.6165	0.2432	265	0.1898	5394	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6165-2.6872	0.2404	276	0.1879	5297	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6872-2.7663	0.2414	294	0.1932	5426	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7663-2.8556	0.2383	309	0.1917	5336	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8556-2.9576	0.2356	283	0.1827	5388	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9576-3.076	0.2242	279	0.1772	5409	X-RAY DIFFRACTION	100
3.076-3.216	0.2077	287	0.1693	5354	X-RAY DIFFRACTION	100
3.216-3.3855	0.2179	271	0.1727	5395	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3855-3.5976	0.1949	280	0.1734	5338	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5976-3.8753	0.2304	256	0.181	5439	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8753-4.2651	0.2076	279	0.1833	5405	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2651-4.882	0.1953	303	0.1668	5354	X-RAY DIFFRACTION	100
4.882-6.1493	0.1999	273	0.1946	5429	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1493-53.2161	0.2334	280	0.2055	5390	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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