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- PDB-6r4z: Crystal structure of holo PPEP-1(E143A/Y178F) in complex with pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r4z
タイトルCrystal structure of holo PPEP-1(E143A/Y178F) in complex with product peptide Ac-EVNP-CO2 (substrate peptide: Ac-EVNPPVP-CONH2)
要素
  • ACE-GLU-VAL-ASN-PRO
  • Pro-Pro endopeptidase
キーワードHYDROLASE / Pro-Pro endopeptidase 1 / zinc metallopeptidase / Clostridium difficile / virulence factor
機能・相同性
機能・相同性情報


Pro-Pro endopeptidase / metallopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Anthrax toxin, lethal/endema factor, N-/C-terminal / : / Anthrax toxin lethal factor, N- and C-terminal domain / Anthrax toxin lethal factor (ATLF)-like domain profile. / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Pro-Pro endopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Peptoclostridium difficile (バクテリア)
Clostridioides difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.052 Å
データ登録者Pichlo, C. / Baumann, U.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Molecular determinants of the mechanism and substrate specificity ofClostridium difficileproline-proline endopeptidase-1.
著者: Pichlo, C. / Juetten, L. / Wojtalla, F. / Schacherl, M. / Diaz, D. / Baumann, U.
履歴
登録2019年3月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pro-Pro endopeptidase
B: Pro-Pro endopeptidase
D: ACE-GLU-VAL-ASN-PRO
E: ACE-GLU-VAL-ASN-PRO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9767
ポリマ－44,7864
非ポリマー1903
水11,367631
1
A: Pro-Pro endopeptidase
E: ACE-GLU-VAL-ASN-PRO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5174
ポリマ－22,3932
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area9600 Å2
手法PISA
2
B: Pro-Pro endopeptidase
D: ACE-GLU-VAL-ASN-PRO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4593
ポリマ－22,3932
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area9200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.039, 42.806, 119.048
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.41, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Pro-Pro endopeptidase / PPEP-1 / Zinc metalloprotease Zmp1


分子量: 21909.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Peptoclostridium difficile (バクテリア)
遺伝子: zmp1, ppep-1, CD630_28300 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q183R7, Pro-Pro endopeptidase
#2: タンパク質・ペプチド ACE-GLU-VAL-ASN-PRO


分子量: 483.515 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Clostridioides difficile (バクテリア)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 631 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.58 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1 microl 12 mg per ml rPPEP-1 E143A Y178F with 6 mM substrate peptide (Ac-EVNPPVP-CONH2) in 20 mM Tris pH 7.5, 200 mM NaCl, 0.1 mM ZnCl2 was mixed with 2 microL precipitant solution ...詳細: 1 microl 12 mg per ml rPPEP-1 E143A Y178F with 6 mM substrate peptide (Ac-EVNPPVP-CONH2) in 20 mM Tris pH 7.5, 200 mM NaCl, 0.1 mM ZnCl2 was mixed with 2 microL precipitant solution containing: 100 mM Tris pH 8.5, 2.55 M ammonium phosphate dibasic. Reservoir volume: 200 microl

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.73 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.73 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.052→34.922 Å / Num. all: 1163245 / Num. obs: 170479 / % possible obs: 98.68 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 22.22
反射 シェル解像度: 1.052→1.09 Å / Num. unique obs: 16593

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15rc3_3435: ???)精密化
XDS20160617データ削減
XDS20160617データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5A0P

5a0p


解像度: 1.052→34.922 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 13.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1513 2004 1.18 %
Rwork0.1328 --
obs0.133 170477 98.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.052→34.922 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3119 0 3 631 3753
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093311
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0064502
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3841227
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077488
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008599
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.0517-1.0780.21041370.211411391X-RAY DIFFRACTION94
1.078-1.10710.16011450.17511967X-RAY DIFFRACTION99
1.1071-1.13970.14841390.153111900X-RAY DIFFRACTION98
1.1397-1.17650.1811400.143511918X-RAY DIFFRACTION98
1.1765-1.21850.14521530.134112148X-RAY DIFFRACTION100
1.2185-1.26730.14631420.127512095X-RAY DIFFRACTION100
1.2673-1.3250.15971410.123412151X-RAY DIFFRACTION99
1.325-1.39490.13791480.117711992X-RAY DIFFRACTION99
1.3949-1.48230.14191370.11212141X-RAY DIFFRACTION99
1.4823-1.59670.11861450.107911809X-RAY DIFFRACTION97
1.5967-1.75740.14181430.116512205X-RAY DIFFRACTION99
1.7574-2.01170.14771450.127912169X-RAY DIFFRACTION100
2.0117-2.53440.14871470.127712268X-RAY DIFFRACTION100
2.5344-34.94090.16011420.143212319X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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