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- PDB-5a0r: Product peptide-bound structure of metalloprotease Zmp1 variant E... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5a0r | |||||||||
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Title | Product peptide-bound structure of metalloprotease Zmp1 variant E143A from Clostridium difficile | |||||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE / METALLOPROTEASE / ZMP1 / PROLINE SPECIFICITY | |||||||||
Function / homology | ![]() Pro-Pro endopeptidase / metallopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() SYNTHETIC CONSTRUCT (others) | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Schacherl, M. / Pichlo, C. / Neundorf, I. / Baumann, U. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Structural Basis of Proline-Proline Peptide Bond Specificity of the Metalloprotease Zmp1 Implicated in Motility of Clostridium Difficile. Authors: Schacherl, M. / Pichlo, C. / Neundorf, I. / Baumann, U. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 244.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 202.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5a0pSC ![]() 5a0sC ![]() 5a0xC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS oper: (Code: given Matrix: (0.864, 0.1518, -0.4801), Vector: |
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Components
#1: Protein | Mass: 21925.646 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: WITHOUT SIGNAL PEPTIDE (MISSING AA 1-26), CLEAVED N-TERMINAL HIS-TAG WITH THROMBIN, RESULTING GSH- OVERHANG Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q183R7, Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Metalloendopeptidases #2: Protein/peptide | Mass: 483.515 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Water | ChemComp-HOH / | Nonpolymer details | ACETYLATION (ACE): ACETYLATION AT THE N-TERMINUS OF PRODUCT PEPTIDE GLYCEROL (GOL): ORIGINATES FROM ...ACETYLATIO | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.14 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / pH: 7 Details: 1.8 M AMMONIUM PHOSPHATE DIBASIC, 0.1 M TRIS PH 8.5 GROWN AT 293 K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Oct 9, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.25→40.4 Å / Num. obs: 102218 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 12.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 15.82 |
Reflection shell | Resolution: 1.25→1.33 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.67 / % possible all: 93.7 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 5A0P Resolution: 1.251→40.411 Å / SU ML: 0.1 / σ(F): 1.36 / Phase error: 15.3 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 19.02 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.251→40.411 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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