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万見
- PDB-5a0s: Apo-structure of metalloprotease Zmp1 variant E143A from Clostrid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a0s
タイトルApo-structure of metalloprotease Zmp1 variant E143A from Clostridium difficile
要素ZINC METALLOPROTEASE ZMP1
キーワードHYDROLASE / METALLOPROTEASE / ZMP1 / CLOSTRIDIUM DIFFICILE / PROLINE SPECIFICITY
機能・相同性
機能・相同性情報


Pro-Pro endopeptidase / metallopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Anthrax toxin, lethal/endema factor, N-/C-terminal / : / Anthrax toxin lethal factor, N- and C-terminal domain / Anthrax toxin lethal factor (ATLF)-like domain profile. / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Pro-Pro endopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種CLOSTRIDIUM DIFFICILE (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Schacherl, M. / Pichlo, C. / Neundorf, I. / Baumann, U.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structural Basis of Proline-Proline Peptide Bond Specificity of the Metalloprotease Zmp1 Implicated in Motility of Clostridium Difficile.
著者: Schacherl, M. / Pichlo, C. / Neundorf, I. / Baumann, U.
履歴
登録2015年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月16日Group: Database references
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ZINC METALLOPROTEASE ZMP1
B: ZINC METALLOPROTEASE ZMP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9824
ポリマ－43,8512
非ポリマー1312
水1,928107
1
A: ZINC METALLOPROTEASE ZMP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9912
ポリマ－21,9261
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ZINC METALLOPROTEASE ZMP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9912
ポリマ－21,9261
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.500, 72.390, 118.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (1, 0.0074, 0.0013), (-0.0075, 0.9994, 0.0324), (-0.0011, -0.0324, 0.9995)
ベクター: -0.0004, 35.1901, -2.3689)

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要素

#1: タンパク質 ZINC METALLOPROTEASE ZMP1


分子量: 21925.646 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: WITHOUT SIGNAL PEPTIDE (MISSING AA 1-26), CLEAVED N-TERMINAL HIS-TAG WITH THROMBIN, RESULTING GSH- OVERHANG
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM DIFFICILE (バクテリア)
株: 630 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS
参照: UniProt: Q183R7, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.15 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / pH: 7 / 詳細: 2.1 M D/L-MALIC ACID, PH 7.0 AT 293 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→45.9 Å / Num. obs: 12587 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 28.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 9.74
反射 シェル解像度: 2.56→2.71 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 2.42 / % possible all: 91.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASERin位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5A0P

5a0p


解像度: 2.56→45.857 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2597 629 5 %
Rwork0.1995 --
obs0.2025 12554 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→45.857 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3054 0 2 107 3163
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053114
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6294208
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5581138
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034460
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002546
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.56-2.81760.34141530.26482916X-RAY DIFFRACTION100
2.8176-3.22520.30181550.23432931X-RAY DIFFRACTION99
3.2252-4.06310.23321570.18242974X-RAY DIFFRACTION100
4.0631-45.86450.22481640.16913104X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.92990.14930.74411.17780.24951.4798-0.13620.4175-0.2584-0.12630.1912-0.0490.21160.0814-0.02520.23420.01130.01640.3345-0.04860.18446.020269.38973.9513
23.7939-0.76521.58753.3779-1.00080.9312-0.1061-0.12620.5950.1008-0.0808-0.1552-0.11990.06710.15730.4203-0.0585-0.07240.21950.01690.282910.063591.121313.4495
31.541-0.0647-0.2520.5453-0.17371.573-0.02870.05940.04650.05380.04480.1094-0.0068-0.0589-0.03870.2082-0.0187-0.00290.12730.00120.2079-4.685176.523516.1668
42.66990.11310.21411.6409-0.47773.3706-0.14080.2875-0.3924-0.12730.16150.0162-0.11850.0061-0.02950.19890.0294-0.01460.3099-0.04530.25288.666731.6138.7006
52.1811.12020.38061.54680.62220.2888-0.15710.43470.1217-0.11940.2895-0.1168-0.10810.032-0.09960.2465-0.015-0.05110.25750.05570.2225.126147.938112.0809
61.3796-0.46520.18190.91420.13011.44040.01530.0318-0.0190.09130.02060.06820.0515-0.0007-0.03290.2057-0.0379-0.0190.1830.01340.2009-4.937440.731219.8612
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 26 THROUGH 82 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 83 THROUGH 109 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 110 THROUGH 220 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'B' AND (RESID 26 THROUGH 63 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 64 THROUGH 109 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 110 THROUGH 220 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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