PDB-6r59: Crystal structure of PPEP-1(E143A/Y178F) in complex with substrat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6r59

タイトル

Crystal structure of PPEP-1(E143A/Y178F) in complex with substrate peptide Ac-EVAPPVP-NH2

要素

ACE-GLU-VAL-ALA-PRO-PRO-VAL-LPD
Pro-Pro endopeptidase

キーワード

HYDROLASE / Pro-Pro endopeptidase 1 / zinc metallopeptidase / Clostridium difficile / virulence factor

機能・相同性

機能・相同性情報

Pro-Pro endopeptidase / metallopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Peptoclostridium difficile (バクテリア)

Clostridioides difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Pichlo, C. / Baumann, U.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Molecular determinants of the mechanism and substrate specificity ofClostridium difficileproline-proline endopeptidase-1.
著者: Pichlo, C. / Juetten, L. / Wojtalla, F. / Schacherl, M. / Diaz, D. / Baumann, U.

履歴

登録	2019年3月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月26日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年8月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6r59.cif.gz	249.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6r59.ent.gz	205.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6r59.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6r59_validation.pdf.gz	440.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6r59_full_validation.pdf.gz	440.4 KB	表示
XML形式データ	6r59_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	6r59_validation.cif.gz	26.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/6r59 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/6r59	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6r4wC 6r4xC 6r4yC 6r4zC 6r50C 6r51C 6r52C 6r53C 6r54C 6r55C 6r56C 6r57C 6r58C 6r5aC 6r5bC 6r5cC 6r9zC 5a0pS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6r51-1 5a0r-1 6r57-1 6r58-2 6r5b-1 6r58-4 5a0x-2 6r57-2 6r5a-2 6r5c-2 6r4y-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (3) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (3) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pro-Pro endopeptidase

B: Pro-Pro endopeptidase

E: ACE-GLU-VAL-ALA-PRO-PRO-VAL-LPD

C: ACE-GLU-VAL-ALA-PRO-PRO-VAL-LPD

ヘテロ分子

45.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pro-Pro endopeptidase

E: ACE-GLU-VAL-ALA-PRO-PRO-VAL-LPD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: The peptide is proteolytically cleaved by PPEP-1 implying that the peptide has to form a complex with the protease
22.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pro-Pro endopeptidase

C: ACE-GLU-VAL-ALA-PRO-PRO-VAL-LPD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.110, 42.950, 122.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.60, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Pro-Pro endopeptidase / PPEP-1 / Zinc metalloprotease Zmp1 分子量: 21822.568 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Peptoclostridium difficile (バクテリア) 遺伝子: zmp1, ppep-1, CD630_28300 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q183R7, Pro-Pro endopeptidase
#2: タンパク質・ペプチド	ACE-GLU-VAL-ALA-PRO-PRO-VAL-LPD 分子量: 732.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Clostridioides difficile (バクテリア)
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.66 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.5 microl 12 mg per ml rPPEP-1 E143A Y178F with 6 mM substrate peptide in 20 mM Tris pH 7.5, 200 mM NaCl was mixed with 1.5 microl precipitant solution containing: 100 mM Tris pH 9.0, 2.1 M ...詳細: 1.5 microl 12 mg per ml rPPEP-1 E143A Y178F with 6 mM substrate peptide in 20 mM Tris pH 7.5, 200 mM NaCl was mixed with 1.5 microl precipitant solution containing: 100 mM Tris pH 9.0, 2.1 M ammonium phosphate dibasic. Reservoir volume: 200 microl

結晶

マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.66 %

結晶化

温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.5 microl 12 mg per ml rPPEP-1 E143A Y178F with 6 mM substrate peptide in 20 mM Tris pH 7.5, 200 mM NaCl was mixed with 1.5 microl precipitant solution containing: 100 mM Tris pH 9.0, 2.1 M ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→40.492 Å / Num. obs: 44656 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 2.6 % / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 1.65→1.71 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_3395: ???)	精密化
XDS	20160617	データ削減
XDS	20160617	データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5A0P

5a0p

解像度: 1.65→40.492 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.16

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2195	1923	4.31 %
R_work	0.1914	-	-
obs	0.1926	44656	96.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→40.492 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3119	0	2	268	3389

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3308
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.734	4499
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.173	1985
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	490
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	595

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.6913	0.3806	131	0.3284	3018	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6913-1.737	0.3225	138	0.3056	2962	X-RAY DIFFRACTION	95
1.737-1.7881	0.3913	140	0.2872	3033	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7881-1.8458	0.279	132	0.2715	2961	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8458-1.9118	0.2737	142	0.2579	3013	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9118-1.9883	0.2758	145	0.2495	3023	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9883-2.0788	0.2692	134	0.2395	3066	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0788-2.1884	0.2299	128	0.2217	3081	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1884-2.3255	0.2627	135	0.2038	3029	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3255-2.505	0.2186	139	0.1951	3084	X-RAY DIFFRACTION	97
2.505-2.7571	0.2735	137	0.2027	3076	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7571-3.1559	0.2239	137	0.1889	3074	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1559-3.9756	0.1731	139	0.1568	3103	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9756-40.5039	0.1604	146	0.1454	3210	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5205	1.1314	0.01	5.0736	-1.3102	4.009	0.1073	-0.1783	0.1121	0.7147	-0.0311	0.3461	-0.3277	-0.2454	-0.1166	0.3919	0.0355	0.1056	0.2124	-0.0105	0.2307	6.7088	20.2836	55.8138
2	2.3975	0.8598	-0.2693	3.4476	-0.2608	2.3296	0.1169	0.0407	-0.0177	-0.0567	-0.1163	-0.1386	0.0881	0.1263	-0.007	0.2681	0.0386	0.0135	0.1656	0.0151	0.202	16.2731	14.6139	45.0623
3	4.7656	0.0545	2.4471	5.4211	0.5655	2.0453	0.1105	0.1242	-0.2733	-0.1793	-0.1677	-0.1833	0.6732	0.1144	-0.2303	0.5071	0.0491	0.0238	0.2337	0.0349	0.2906	11.9116	-5.1622	42.8825
4	3.6718	0.0853	-0.7969	4.7101	0.1477	2.7787	-0.089	0.154	-0.1589	-0.2326	0.0559	0.366	0.4531	-0.1814	-0.0377	0.3527	-0.0228	-0.0674	0.2032	0.0019	0.2886	4.0439	2.3637	40.814
5	1.4952	-0.332	2.0351	3.317	-0.4885	2.7775	0.108	0.7385	-0.4911	-0.2116	0.1804	-0.5677	0.043	-0.1148	-0.1213	0.2245	0.0853	-0.0113	0.6136	-0.2266	0.37	7.3071	9.2321	2.5668
6	3.6512	-0.1744	0.8484	5.3647	-0.1156	4.2613	0.228	0.5516	0.0965	0.035	-0.0225	0.0025	-0.3073	-0.0733	-0.1766	0.129	0.0416	0.0271	0.3486	0.0305	0.1656	0.5827	19.7686	9.6112
7	1.0985	0.4373	-0.1883	0.6807	0.4322	0.5382	0.2391	0.6396	-0.3474	0.0375	0.1578	-0.1312	0.1425	0.0468	1.1088	0.0468	0.1003	-0.11	0.6829	-0.2585	0.3359	-2.2778	6.4476	2.6209
8	1.707	0.8818	1.3237	1.3521	0.6208	1.8881	0.1636	0.8762	0.3343	-0.3494	-0.0213	0.3166	-0.3819	-0.3464	0.0415	0.2142	0.0942	0.0307	0.4025	0.0013	0.3109	-17.3061	19.0236	7.2789
9	8.7839	-2.7131	1.837	5.8127	1.0189	8.6971	-0.0337	-0.1634	-0.4741	0.6272	-0.1295	0.6014	-0.0673	-0.631	0.2061	0.2163	-0.0438	0.06	0.2972	-0.0484	0.2533	-22.1102	12.3583	18.9416
10	2.4069	1.6976	0.5924	1.2905	-0.131	3.5468	0.1195	0.7332	-0.1711	-0.0929	-0.1516	0.2052	-0.1501	-0.2759	0.0924	0.1212	0.0398	-0.0272	0.3631	-0.0785	0.2149	-13.6271	13.5283	11.2916
11	4.5322	-1.2118	-0.9304	6.5411	-1.8996	5.1217	0.2437	-0.1365	-0.0499	0.8792	-0.155	-0.0504	0.0265	0.2321	-0.0349	0.3217	-0.0437	-0.0407	0.2372	-0.0361	0.2166	-5.9689	14.4083	20.8984
12	0.8278	0.4657	0.0844	1.064	0.7597	0.6633	-0.0103	0.4852	-1.0318	0.4781	-0.1318	0.0194	0.5661	-0.3652	0.0806	0.3712	-0.041	0.0035	0.3306	-0.2644	0.6217	-8.8046	-2.854	13.0856
13	6.6261	1.4051	0.4185	3.6431	-0.7852	2.348	0.1966	-0.4648	-0.7155	1.1176	-0.4854	0.5769	0.5781	-0.2889	-0.1349	0.68	-0.1289	0.1185	0.2757	-0.0647	0.6004	-13.49	-0.4555	25.2448
14	3.1826	1.3214	-0.7069	3.9295	0.8647	2.739	0.1079	0.1776	-0.7479	0.686	-0.1673	0.2139	0.2845	-0.0695	-0.0507	0.4077	0.007	-0.0584	0.2174	-0.1116	0.5147	-5.0998	0.108	17.2651
15	1.0064	0.5162	0.1326	2.8314	-3.2162	4.2283	0.2443	-0.1204	-0.4884	1.095	-0.1835	-0.352	0.4044	0.3344	-0.0803	0.5963	0.0155	-0.1954	0.2362	-0.0229	0.4888	3.9651	0.6888	24.0064
16	2.238	-0.152	0.504	2.6196	0.9338	4.6157	0.0955	0.3158	-0.9991	0.4396	-0.1838	-0.2745	0.786	0.2329	-0.0393	0.6552	0.06	-0.1375	0.2979	-0.1595	0.842	0.9414	-8.3554	16.3437
17	0.0487	-0.014	0.0451	0.0243	-0.0205	0.041	0.179	-0.1121	0.1867	-0.2478	-0.0016	0.2096	-0.1762	0.1308	-0.0005	0.4058	0.0579	0.0202	0.3664	0.034	0.2454	18.2081	10.0417	41.079
18	0.0957	0.0452	-0.0428	0.1419	-0.1274	0.1828	0.1766	-0.0107	-0.017	0.3852	0.1657	0.1093	-0.0288	0.0235	0.2226	0.2302	-0	-0.0151	0.3212	-0.0855	0.2512	-15.0526	7.0622	13.7068

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 28 through 63 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 64 through 151 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 152 through 169 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 170 through 220 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 29 through 41 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 42 through 63 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 64 through 82 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 83 through 95 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 96 through 109 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 110 through 124 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 125 through 138 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 139 through 169 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 170 through 182 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 183 through 195 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 196 through 207 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 208 through 220 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 119 through 124 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 119 through 124 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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