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- PDB-6r2l: NYBR1-A2-SLSKILDTV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r2l
タイトルNYBR1-A2-SLSKILDTV
要素
  • (T cell receptor ...T細胞受容体) x 2
  • Beta-2-microglobulinΒ2-ミクログロブリン
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
  • SER-LEU-SER-LYS-ILE-LEU-ASP-THR-VAL
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / NYBR1 / TCR / HLA-A*0201 / A2 / HLA-A2 / MHC-I (MHCクラスI分子) / cancer (悪性腫瘍) / NY-BR-1 / breast cancer / high affinity TCR / immunotherapy (免疫療法) / T-cell (T細胞) / 3D Structure
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell receptor complex / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I ...T cell receptor complex / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / beta-2-microglobulin binding / detection of bacterium / T cell receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / response to bacterium / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of type II interferon production / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell differentiation in thymus / T cell receptor signaling pathway / ER-Phagosome pathway / iron ion transport / early endosome membrane / protein refolding / antibacterial humoral response / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / 獲得免疫系 / amyloid fibril formation / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / defense response to Gram-positive bacterium / 免疫応答 / Amyloid fiber formation / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / 小胞体 / ゴルジ体 / signaling receptor binding / focal adhesion / 自然免疫系 / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses
類似検索 - 分子機能
CCDC144C-like, coiled-coil domain / CCDC144C protein coiled-coil region / Domain of unknown function DUF3447 / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / Ankyrin repeat / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 ...CCDC144C-like, coiled-coil domain / CCDC144C protein coiled-coil region / Domain of unknown function DUF3447 / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / Ankyrin repeat / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / Β2-ミクログロブリン / ankyrin repeats / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Ankyrin repeat / Immunoglobulin V-set domain / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / T cell receptor alpha variable 22 / T cell receptor beta variable 11-2 / Human nkt tcr alpha chain / Human nkt tcr beta chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Β2-ミクログロブリン / Ankyrin repeat domain-containing protein 30A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Cole, D.K. / Sami, M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NYBR1-A2-SLSKILDTV
著者: Rizkallah, P.J. / Cole, D.K. / Sami, M.
履歴
登録2019年3月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: SER-LEU-SER-LYS-ILE-LEU-ASP-THR-VAL
D: T cell receptor alpha variable 22,Human nkt tcr alpha chain
E: T cell receptor beta variable 11-2,Human nkt tcr beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,89020
ポリマ－94,3775
非ポリマー1,51315
水6,846380
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14630 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area39160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.210, 99.330, 111.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 31951.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Β2-ミクログロブリン


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド SER-LEU-SER-LYS-ILE-LEU-ASP-THR-VAL


分子量: 976.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BXX3*PLUS

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T cell receptor ... , 2種, 2分子 DE

#4: タンパク質 T cell receptor alpha variable 22,Human nkt tcr alpha chain / Human nkt tcr beta chain


分子量: 21676.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAV22, B2M, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B4J277, UniProt: K7N5M3
#5: タンパク質 T cell receptor beta variable 11-2,Human nkt tcr beta chain


分子量: 27893.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRBV11-2, TCRBV21S3A2N2T, B2M, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A584, UniProt: K7N5M4

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非ポリマー , 6種, 395分子

#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#10: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.83 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M MES, 20% PEG 6000, pH 6.0 . Condition B07 from Molecular Dimensions PACT premier HT-96/FX-96, MD1-36

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→52.21 Å / Num. obs: 50452 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.207 / Rrim(I) all: 0.24 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 1.089 / Num. unique obs: 3747 / CC1/2: 0.522 / Rrim(I) all: 1.278 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
xia2データ削減
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→52.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 18.957 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.305 / ESU R Free: 0.239 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26498 2435 4.8 %RANDOM
Rwork0.21432 ---
obs0.21677 47996 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 40.008 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20 Å20.96 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→52.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6654 0 88 380 7122
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0136951
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176056
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8531.6499452
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2521.58114097
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.8625829
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.72522.393397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.375151108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5611546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2867
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027813
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021529
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6751.3933319
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6751.3923318
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2082.0824147
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.2082.0834148
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9151.6133632
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.7851.5293601
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.2752.2425258
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.35315.9637091
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.11415.6597044
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 198 -
Rwork0.312 3542 -
obs--99.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4624-0.04760.09931.70250.28031.40240.05160.00070.2183-0.13340.0285-0.0256-0.050.0051-0.08010.151-0.0137-0.16090.00140.01340.221217.637863.716437.351
23.56032.72430.09657.6393-0.48082.6947-0.02310.65130.6279-0.59220.15920.585-0.5570.0069-0.13610.3925-0.0262-0.16940.29690.09330.359316.670399.909840.7728
31.3218-0.9343-0.68626.23933.34323.42680.0076-0.10310.06370.08110.1187-0.24660.02520.3312-0.12640.1358-0.0312-0.17720.09690.0130.245928.874184.135452.3741
42.73490.44232.0582.38821.10363.9595-0.06660.131-0.0053-0.2726-0.1460.25150.096-0.43750.21260.1634-0.0377-0.16040.1341-0.04460.2362-2.425747.458820.0138
53.67430.81-0.71657.7298-1.79274.4881-0.1288-0.0692-0.12490.07480.12020.84410.0137-0.50690.00860.4124-0.0369-0.20840.5376-0.1680.4243-21.459423.33463.9177
63.14592.93530.12155.38450.01621.1431-0.0626-0.1315-0.30530.1922-0.0357-0.18080.4613-0.14540.09830.3514-0.0232-0.09640.069-0.03060.2434.915832.504935.4292
70.57240.03411.36991.26650.03967.41840.04470.0395-0.13370.0493-0.15680.25350.3484-0.14660.11210.3381-0.0768-0.15350.3009-0.09620.3615-9.521915.498513.1316
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1C1 - 9
3X-RAY DIFFRACTION2A181 - 276
4X-RAY DIFFRACTION3B0 - 99
5X-RAY DIFFRACTION4D1 - 113
6X-RAY DIFFRACTION5D114 - 194
7X-RAY DIFFRACTION6E3 - 112
8X-RAY DIFFRACTION7E113 - 249

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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