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万見

- PDB-6r2e: Crystal structure of the human thymidylate synthase (hTS) interfa... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 6r2e

タイトル

Crystal structure of the human thymidylate synthase (hTS) interface variant Q62R

要素

(Thymidylate synthase) x 2

キーワード

TRANSFERASE / human thymidylate synthase / folate pathway / Q62R / interface variant

機能・相同性

機能・相同性情報

uracil metabolic process / response to organophosphorus / intestinal epithelial cell maturation / response to folic acid / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / thymidylate synthase / response to vitamin A / sequence-specific mRNA binding / cartilage development / tetrahydrofolate interconversion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Pozzi, C. / Mangani, M.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Biomolecules / 年: 2019
タイトル: Evidence of Destabilization of the Human Thymidylate Synthase (hTS) Dimeric Structure Induced by the Interface Mutation Q62R.
著者: Pozzi, C. / Lopresti, L. / Santucci, M. / Costi, M.P. / Mangani, S.

履歴

登録	2019年3月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月24日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6r2e.cif.gz	997.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6r2e.ent.gz	835.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6r2e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/6r2e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/6r2e	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1hvyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3gn6-5 5x69-2 6f6z-d 7cca-d 1juj-1 6pf5-1 1hvy-2 6pf5-2 3hmq-1 5x5d-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: Thymidylate synthase

C: Thymidylate synthase

D: Thymidylate synthase

B: Thymidylate synthase

F: Thymidylate synthase

H: Thymidylate synthase

E: Thymidylate synthase

G: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

305 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

A: Thymidylate synthase

B: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
76.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

C: Thymidylate synthase

D: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
76.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

F: Thymidylate synthase

E: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
76 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

H: Thymidylate synthase

G: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
76.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.939, 167.070, 189.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 ACDBFHEG

#1: タンパク質	Thymidylate synthase / TSase 分子量: 37349.754 Da / 分子数: 6 / 変異: Q62R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TYMS, TS, OK/SW-cl.29 / プラスミド: pQE80L / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04818, thymidylate synthase
#2: タンパク質	Thymidylate synthase / TSase 分子量: 37319.730 Da / 分子数: 2 / 変異: Q62R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TYMS, TS, OK/SW-cl.29 / プラスミド: pQE80L / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04818, thymidylate synthase

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非ポリマー , 5種, 2465分子

#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-FFO / N-[4-({[(6S)-2-amino-5-formyl-4-oxo-3,4,5,6,7,8-hexahydropteridin-6-yl]methyl}amino)benzoyl]-L-glutamic acid / [6S]-5-FORMYL-TETRAHYDROFOLATE / 6S-FOLINIC ACID / l-ロイコボリン分子量: 473.439 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₃N₇O₇
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 4.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 2.0-2.2 M ammonium sulfate, 0.1 M bicine pH 9.0

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.96861 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月16日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96861 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→94.99 Å / Num. obs: 145044 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 26.83 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.163 / R_pim(I) all: 0.072 / R_rim(I) all: 0.178 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 2.55→2.69 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.704 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 20911 / CC_1/2: 0.83 / R_pim(I) all: 0.334 / R_rim(I) all: 0.782 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1HVY

1hvy

解像度: 2.55→94.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 16.576 / SU ML: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.326 / ESU R Free: 0.264

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25834	7182	5 %	RANDOM
R_work	0.19643	-	-	-
obs	0.19948	137694	99.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.012 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.24 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.334 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→94.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18544	0	377	2430	21351

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	19397
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.167	1.642	26260
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.798	5	2299
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.608	21.086	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.373	15	3195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.415	15	158
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.148	0.2	2386
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	15076
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.153	1.73	9238
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.518	2.576	11520
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.24	2.041	10159
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.655	24.249	29808
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.389	554	-
R_work	0.315	10032	-
obs	-	-	99.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.2107	1.6297	4.3208	0.4393	1.0071	4.7323	0.4282	-0.2473	-0.8399	0.1353	-0.0475	-0.2309	-0.201	-0.1302	-0.3807	0.3693	0.0301	-0.0493	0.2701	0.0897	0.3053	53.2685	-28.1364	-14.8441
2	3.3233	2.5368	1.3382	4.5337	2.5384	1.4326	-0.0129	-0.0066	-0.0473	0.2325	0.0139	-0.086	0.1267	-0.0171	-0.001	0.4235	0.0313	-0.0047	0.2162	0.0169	0.2707	43.9725	-33.5306	-23.4272
3	4.3833	2.0194	-4.8395	5.5423	-1.791	5.3938	0.3021	0.6136	-0.08	0.1841	-0.35	0.1413	-0.358	-0.732	0.0479	0.3146	-0.0194	-0.0264	0.2897	0.0026	0.2967	39.7871	-26.2839	-37.5717
4	0.1416	0.5009	-0.1102	1.7997	-0.4061	0.0977	0.049	-0.0086	-0.0127	0.0455	-0.0614	0.0067	0.0377	0.0296	0.0124	0.3841	0.1231	-0.0162	0.2317	-0.0058	0.3032	43.4816	-24.2924	-20.2006
5	10.2422	1.1156	-5.7191	3.7743	-0.0379	3.2875	-0.0208	-0.2252	-0.363	0.1295	-0.1566	-0.2135	0.0278	0.0959	0.1774	0.2368	0.0073	-0.0666	0.3355	0.0535	0.2987	58.2067	-16.657	-9.6152
6	0.2793	0.0513	-0.3962	0.1227	-0.1355	0.6453	0.0203	-0.014	-0.0046	0.0149	-0.1027	-0.0473	-0.0552	0.1805	0.0824	0.2596	-0.0203	-0.0497	0.338	0.0803	0.3201	58.3252	-11.493	-27.2155
7	4.9982	-0.2417	3.2003	0.899	-0.3306	2.3973	0.0676	0.1457	0.2668	-0.1786	0.0051	0.0192	0.0352	0.2198	-0.0727	0.3858	0.0323	0.0591	0.2251	0.0211	0.2653	51.2143	-8.1142	-41.7671
8	1.876	-0.3086	0.9018	0.0565	-0.1445	0.4462	0.0795	-0.1306	0.054	-0.0118	-0.0372	-0.0326	0.0984	-0.0691	-0.0423	0.4198	-0.0082	-0.0403	0.2578	0.0681	0.2331	46.4057	-1.3464	-31.0815
9	1.4624	-1.0734	-1.4828	0.972	0.144	6.3824	0.1408	0.0036	0.0113	-0.0559	-0.0462	0.0007	-0.4138	0.1395	-0.0946	0.3753	-0.0411	-0.0399	0.2077	0.0546	0.2788	46.2943	6.0499	-32.5661
10	3.0229	1.2512	-0.7542	0.8069	1.1784	7.8773	0.0647	-0.109	-0.2282	-0.068	-0.0551	-0.1036	-0.4865	-0.0332	-0.0097	0.3686	-0.0243	-0.0078	0.2101	-0.0023	0.2866	46.6365	1.9864	-10.2356
11	0.1633	0.2175	0.5288	0.3006	0.7352	1.8375	0.0718	0.0073	-0.0008	0.0409	0.0047	-0.0427	0.0395	-0.0867	-0.0766	0.475	-0.0018	0.0325	0.2415	0.0408	0.2269	38.3202	-3.729	-20.8778
12	0.0522	0.2119	-0.2035	1.1906	0.0133	3.1422	0.005	0.0069	0.0242	0.0118	0.0233	0.0376	0.0151	0.0593	-0.0283	0.3183	-0.0061	0.005	0.3193	0.0664	0.2684	42.0521	-8.472	-28.0656
13	0.4579	0.1612	-0.4484	0.8516	1.0294	2.242	0.0352	-0.0149	0.0126	0.0395	0.0037	0.0083	0.004	0.1176	-0.0389	0.3813	0.0334	-0.0319	0.2612	0.0131	0.2643	46.5299	-14.1403	-16.1986
14	0.2492	0.141	-0.2191	0.6681	0.5804	1.0616	-0.0109	-0.1083	-0.0616	-0.0078	-0.0948	-0.0289	0.0499	0.1145	0.1056	0.3409	0.0486	-0.0188	0.2719	0.0385	0.2969	51.1743	-16.5307	-20.5829
15	9.8684	3.1236	8.6023	3.0152	1.2351	8.5976	0.3802	-0.0781	-0.5455	0.0605	0.028	-0.3004	0.4106	-0.094	-0.4081	0.3276	0.0994	-0.0173	0.2032	0.0253	0.2873	58.5751	-33.0176	-22.3784
16	1.397	-0.2853	-1.8288	0.0599	0.3545	2.6579	0.0031	-0.0936	-0.0423	-0.0027	-0.0022	0.0214	0.0479	0.4399	-0.0009	0.2251	0.0137	-0.0442	0.4105	0.0008	0.3164	64.1882	-16.407	-13.1485
17	4.2311	1.561	0.9164	0.6207	0.4877	0.7032	-0.1489	0.2193	-0.044	-0.176	0.1672	-0.0304	-0.4502	0.3245	-0.0183	0.3969	-0.1653	-0.0281	0.3123	0.0378	0.335	63.2721	0.2207	-14.7556
18	7.8566	4.3516	-0.6284	4.5567	3.539	7.0906	-0.0745	-0.6691	0.1823	-0.3128	0.1796	0.0452	-0.4723	1.0329	-0.1051	0.3114	-0.0963	0.0176	0.2688	0.0557	0.2641	61.8909	0.2912	-20.5587
19	0.4293	0.133	-0.344	5.295	2.9888	2.1525	-0.008	-0.2012	-0.0985	0.1649	0.094	-0.1664	0.0862	0.3454	-0.086	0.2226	0.0312	-0.0709	0.3643	0.0167	0.3375	66.885	-16.8524	-18.7494
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146	0.0292	-0.0594	-0.1081	1.4192	2.327	3.8343	0.0827	-0.0314	0.0438	0.0018	0.059	-0.0482	-0.0078	0.0561	-0.1417	0.3207	-0.0084	0.0052	0.3101	0.0389	0.288	82.0705	-10.5586	-30.7686
147	2.367	2.5945	0.8326	3.5243	1.0816	0.335	-0.2143	0.1992	0.1347	-0.1686	0.1717	0.1473	-0.0542	0.0554	0.0426	0.3955	0.0423	-0.0212	0.268	0.1204	0.2559	91.2713	-4.7179	-44.5624
148	4.7099	1.3398	0.0378	0.8864	0.1462	0.1131	0.1288	0.0943	0.32	-0.0098	-0.0013	0.0039	-0.1263	-0.1029	-0.1274	0.4066	0.1049	0.0478	0.1685	0.1141	0.3408	95.8932	6.3211	-39.6629
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160	13.6345	2.2516	-4.8419	0.3918	-0.8792	2.2891	0.331	0.0593	0.5017	0.0984	-0.0024	0.0993	-0.2578	-0.1885	-0.3286	0.2989	0.0503	-0.0024	0.258	-0.002	0.3145	90.0199	2.5358	-24.9047

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	26 - 35
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	36 - 44
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	45 - 53
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	54 - 66
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	67 - 71
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	72 - 99
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	100 - 127
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	128 - 144
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	145 - 160
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	161 - 174
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	175 - 185
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	186 - 201
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	202 - 222
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	223 - 264
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	265 - 275
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	276 - 280
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	281 - 288
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	289 - 293
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	294 - 304
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	305 - 313
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	25 - 35
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	36 - 43
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	44 - 60
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77	X-RAY DIFFRACTION	77	D	280 - 285
78	X-RAY DIFFRACTION	78	D	286 - 294
79	X-RAY DIFFRACTION	79	D	295 - 306
80	X-RAY DIFFRACTION	80	D	307 - 313
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82	X-RAY DIFFRACTION	82	E	38 - 43
83	X-RAY DIFFRACTION	83	E	44 - 61
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97	X-RAY DIFFRACTION	97	E	281 - 288
98	X-RAY DIFFRACTION	98	E	289 - 296
99	X-RAY DIFFRACTION	99	E	297 - 304
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102	X-RAY DIFFRACTION	102	F	36 - 41
103	X-RAY DIFFRACTION	103	F	42 - 50
104	X-RAY DIFFRACTION	104	F	51 - 65
105	X-RAY DIFFRACTION	105	F	66 - 82
106	X-RAY DIFFRACTION	106	F	83 - 98
107	X-RAY DIFFRACTION	107	F	99 - 109
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109	X-RAY DIFFRACTION	109	F	126 - 135
110	X-RAY DIFFRACTION	110	F	136 - 154
111	X-RAY DIFFRACTION	111	F	155 - 162
112	X-RAY DIFFRACTION	112	F	163 - 174
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120	X-RAY DIFFRACTION	120	F	308 - 313
121	X-RAY DIFFRACTION	121	G	26 - 36
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160	X-RAY DIFFRACTION	160	H	306 - 313

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