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- PDB-3hmq: 1.9 Angstrom resolution crystal structure of a NAD synthetase (na... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hmq
タイトル1.9 Angstrom resolution crystal structure of a NAD synthetase (nadE) from Salmonella typhimurium LT2 in complex with NAD(+)
要素NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
キーワードLIGASE / NAD Synthetase (nadE) / Structural Genomics / Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / ATP-binding / NAD / Nucleotide-binding / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ synthase / NAD+ synthase activity / NAD+ synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / NAD+ biosynthetic process / glutaminase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NH(3)-dependent NAD(+) synthetase / NAD(+) synthetase / NAD/GMP synthase / NAD synthase / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Peterson, S.N. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.9 Angstrom resolution crystal structure of a NAD synthetase (nadE) from Salmonella typhimurium LT2 in complex with NAD(+)
著者: Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Peterson, S.N. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2009年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年12月7日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,14210
ポリマ－30,7101
非ポリマー1,4329
水7,782432
1
A: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
ヘテロ分子

A: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,28420
ポリマ－61,4202
非ポリマー2,86418
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area10260 Å2
ΔGint-253 kcal/mol
Surface area22500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.820, 91.820, 75.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 NH(3)-dependent NAD(+) synthetase


分子量: 30710.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: nadE, STM1310 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3) / 参照: UniProt: Q8ZPU5, NAD+ synthase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.64 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: protein in 300mM NaCl, 10mM Hepes Na pH 7.5, 0.5mM TCEP was mixed at 1:1 v/v ratio with NH4Sulphat 2M, Bis-Tris 0.1m pH 5.5, 10mm NAD-magic solution, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月16日 / 詳細: Be Lenses/Diamond Laue Mono
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→29.06 Å / Num. all: 29311 / Num. obs: 29311 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 29.9 Å2 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.504 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1350 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
REFMAC5.5.0051精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
StructureSolution Crank (SHELXC位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
Bp3位相決定
SOLOMON位相決定
ARPin CCP4モデル構築
WARPin CCP4モデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→29.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 4.607 / SU ML: 0.066 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1866 1477 5.1 %RANDOM
Rwork0.14404 ---
obs0.14611 27647 99.74 %-
all-27647 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.529 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4 Å2-0.2 Å20 Å2
2---0.4 Å20 Å2
3---0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2049 0 84 432 2565
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222325
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021573
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3742.0043169
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91833844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.3365289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.61124.364110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.83815406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1941517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022608
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02465
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6981.51386
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1961.5565
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2222237
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9113939
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0564.5932
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.198 98 -
Rwork0.174 2044 -
obs-2044 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.23250.27490.18361.0209-0.11280.6046-0.06690.10120.1142-0.09220.05780.0117-0.08670.01020.00910.0333-0.0158-0.00550.01560.01050.0114-16.728253.0826-2.5387
21.21960.2363-0.87850.6495-1.59013.9856-0.15460.2417-0.365-0.3138-0.0069-0.02130.76310.01580.16150.1952-0.03640.03930.1391-0.05840.1523-12.598928.2114-3.6946
30.65050.3327-0.21070.7793-0.26210.59-0.06940.0881-0.0652-0.1420.0416-0.02780.0868-0.01070.02780.0309-0.01020.00680.0163-0.00880.0067-19.788737.0251.0158
48.71992.797-2.32440.9875-0.70790.6371-0.2710.4064-0.0989-0.1680.22970.03240.0477-0.05560.04120.2121-0.0668-0.04720.19350.01340.1266-28.580237.0241-14.9581
50.56850.2170.06470.48470.03982.2913-0.04530.04290.1164-0.09020.05970.2086-0.0618-0.2457-0.01440.0188-0.0067-0.03860.03850.0310.0916-39.753644.9842.6192
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 80
2X-RAY DIFFRACTION2A81 - 91
3X-RAY DIFFRACTION3A92 - 202
4X-RAY DIFFRACTION4A203 - 228
5X-RAY DIFFRACTION5A229 - 275

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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