PDB-6kv3: Crystal Structure of NAD+ Synthetase from Staphylococcus aureus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kv3

タイトル

Crystal Structure of NAD+ Synthetase from Staphylococcus aureus

要素

NH(3)-dependent NAD(+) synthetase

キーワード

LIGASE / Staphylococcus aureus / NAD synthetase Nucleotide-binding protein / NAD pathway

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD+ synthase / NAD+ synthase activity / NAD+ synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / NAD+ biosynthetic process / glutaminase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Nasrin, S.K. / Sandeep, S.K.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2020
タイトル: Crystallographic and molecular dynamics simulation analysis of NAD synthetase from methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA).
著者: Sultana, K.N. / Kuldeep, J. / Siddiqi, M.I. / Srivastava, S.K.

履歴

登録	2019年9月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kv3.cif.gz	404.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kv3.ent.gz	329.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kv3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/6kv3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/6kv3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nsyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3hmq-1 3q4g-d 6n4k-d 1wxe-2 6c8q-2 1ih8-d 4q16-2 6c8q-4 3i5k-3 1wxf-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase

C: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase

B: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase

D: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase

127 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase

B: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
63.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase

D: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.979, 107.714, 93.986
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.720, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 3 through 86 or resid 89...
2	1	(chain B and (resid 3 through 86 or resid 89...
3	1	(chain C and (resid 3 through 86 or resid 89...
4	1	(chain D and resid 3 through 270)

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	VAL	VAL	(chain A and (resid 3 through 86 or resid 89...	A	A	3 - 86	3 - 86
1	2	ASP	ASP	ILE	ILE	(chain A and (resid 3 through 86 or resid 89...	A	A	89 - 166	89 - 166
1	3	TYR	TYR	GLU	GLU	(chain A and (resid 3 through 86 or resid 89...	A	A	170 - 203	170 - 203
1	4	GLY	GLY	TRP	TRP	(chain A and (resid 3 through 86 or resid 89...	A	A	227 - 270	227 - 270
2	1	LYS	LYS	VAL	VAL	(chain B and (resid 3 through 86 or resid 89...	B	C	3 - 86	3 - 86
2	2	ASP	ASP	ILE	ILE	(chain B and (resid 3 through 86 or resid 89...	B	C	89 - 166	89 - 166
2	3	TYR	TYR	GLU	GLU	(chain B and (resid 3 through 86 or resid 89...	B	C	170 - 203	170 - 203
2	4	GLY	GLY	TRP	TRP	(chain B and (resid 3 through 86 or resid 89...	B	C	227 - 270	227 - 270
3	1	LYS	LYS	VAL	VAL	(chain C and (resid 3 through 86 or resid 89...	C	B	3 - 86	3 - 86
3	2	ASP	ASP	ILE	ILE	(chain C and (resid 3 through 86 or resid 89...	C	B	89 - 166	89 - 166
3	3	TYR	TYR	GLU	GLU	(chain C and (resid 3 through 86 or resid 89...	C	B	170 - 203	170 - 203
3	4	GLY	GLY	TRP	TRP	(chain C and (resid 3 through 86 or resid 89...	C	B	227 - 270	227 - 270
4	1	LYS	LYS	TRP	TRP	(chain D and resid 3 through 270)	D	D	3 - 270	3 - 270

#1: タンパク質	NH(3)-dependent NAD(+) synthetase 分子量: 31806.959 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain COL) (黄色ブドウ球菌) 株: COL / 遺伝子: nadE, SACOL1974 / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5HEK9, NAD+ synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 715 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

NH(3)-dependent NAD(+) synthetase

分子量: 31806.959 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs.
由来: (組換発現)

Staphylococcus aureus (strain COL) (黄色ブドウ球菌)
株: COL / 遺伝子: nadE, SACOL1974 / プラスミド: pET-22b / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5HEK9, NAD+ synthase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 715 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.99 % / 解説: Rod shaped morphology Dimension 0.4 X 0.1 X 0.1 mm
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 詳細: 200 mM Calcium chloride, 100mM Tris-HCl pH7.5, 22% PEG 4000, PH範囲: 7.2-8.0 / Temp details: Temperature was maintained at incubator

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Oxford Cryo system / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年11月9日 / 詳細: VariMax
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→70.54 Å / Num. obs: 44717 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 17.197 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.055 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.065 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I): 20
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.092 / Mean I/σ(I) obs: 12.3 / Num. unique obs: 4382 / CC_1/2: 0.991 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.106 / Χ²: 0.94 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1NSY

1nsy

解像度: 2.3→46.671 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.49

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2674	3896	4.46 %	Anomalous flag
R_work	0.211	-	-	-
obs	0.2135	44556	99 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.99 Å² / B_iso mean: 28.2412 Å² / B_iso min: 3.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→46.671 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7771	0	0	715	8486
B_iso mean	-	-	-	29.86	-
残基数	-	-	-	-	992

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2876	X-RAY DIFFRACTION	11.742	TORSIONAL
1	2	B	2876	X-RAY DIFFRACTION	11.742	TORSIONAL
1	3	C	2876	X-RAY DIFFRACTION	11.742	TORSIONAL
1	4	D	2876	X-RAY DIFFRACTION	11.742	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.3-2.3281	0.2927	143	0.2025	3025	100
2.3281-2.3575	0.2287	141	0.1906	2987	100
2.3575-2.3885	0.2936	141	0.2015	3032	100
2.3885-2.4213	0.2867	144	0.2114	3045	100
2.4213-2.4558	0.302	140	0.2016	2943	100
2.4558-2.4925	0.3032	141	0.2029	3006	100
2.4925-2.5314	0.3062	142	0.2118	3030	100
2.5314-2.5729	0.2604	138	0.2056	2954	100
2.5729-2.6173	0.2933	142	0.2222	3018	100
2.6173-2.6649	0.3153	140	0.2184	2996	99
2.6649-2.7162	0.2801	134	0.2183	2931	98
2.7162-2.7716	0.2665	141	0.2013	3011	100
2.7716-2.8318	0.2525	144	0.206	3077	100
2.8318-2.8977	0.2749	140	0.2058	2919	100
2.8977-2.9702	0.2748	139	0.2169	3065	100
2.9702-3.0505	0.2734	139	0.2067	2970	100
3.0505-3.1402	0.2882	143	0.2036	3023	100
3.1402-3.2415	0.262	141	0.2008	3005	100
3.2415-3.3574	0.241	136	0.2023	3010	100
3.3574-3.4917	0.3201	136	0.2567	2959	99
3.4917-3.6506	0.306	136	0.2901	2917	97
3.6506-3.843	0.3501	129	0.2876	2723	90
3.843-4.0836	0.3172	137	0.2488	2950	98
4.0836-4.3987	0.183	138	0.1602	2985	100
4.3987-4.8409	0.187	141	0.1506	3034	100
4.8409-5.5405	0.226	139	0.1624	3020	100
5.5405-6.9767	0.2284	139	0.1923	2997	100
6.9767-46.671	0.1694	132	0.1465	2819	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7511	-0.2972	-0.3213	0.3958	-0.1012	0.9768	0.0477	-0.0287	0.0443	-0.0151	0.0118	0.1031	0.0704	0.0916	-0.0431	0.1747	-0.0077	-0.0026	0.2099	-0.03	0.2249	0.5347	1.5877	6.9104
2	0.4876	0.031	-0.0023	1.532	0.465	0.7417	-0.0408	0.0423	0.1168	-0.0226	0.0866	-0.1631	-0.0838	0.0946	-0.0235	0.1684	0.0014	0.0146	0.1957	0.0193	0.2137	-36.3556	21.7339	69.95
3	0.5004	0.2235	0.2218	1.3134	0.5934	0.2772	-0.1335	0.093	0.0141	0.05	0.1283	0.0211	0.0232	0.0442	0.0132	0.1813	-0.003	-0.0078	0.2436	-0.0016	0.2119	-3.1263	24.9188	19.8242
4	0.6837	0.2686	-0.2493	0.4907	-0.1246	0.8594	0.1061	0.1474	-0.0284	-0.1267	-0.0384	-0.0012	0.1305	0.1184	-0.0552	0.1957	0.0246	-0.0135	0.2479	-0.0326	0.1767	-29.886	2.0719	53.2984

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resseq 2:270)	A	2 - 270
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain C and resseq 2:270)	C	2 - 270
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resseq 2:271)	B	2 - 271
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resseq 3:273)	D	3 - 273

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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