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- PDB-6r0e: Structure of F11TCR in complex with DR1 MHC Class II presenting P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r0e
タイトルStructure of F11TCR in complex with DR1 MHC Class II presenting PKYVKQNTLKLAT
要素
  • (HLA class II histocompatibility antigen, ...) x 2
  • F11-TCR Alpha Chain
  • F11-TCR Beta Chain
  • Hemagglutinin
キーワードIMMUNE SYSTEM / FLU / MHC Class II / Human / DR1 / HLA-DR1 / 3D
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II ...regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of kinase activity / positive regulation of memory T cell differentiation / positive regulation of monocyte differentiation / inflammatory response to antigenic stimulus / CD4 receptor binding / intermediate filament / T-helper 1 type immune response / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / polysaccharide binding / negative regulation of type II interferon production / humoral immune response / Generation of second messenger molecules / macrophage differentiation / immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / epidermis development / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / detection of bacterium / T cell receptor binding / negative regulation of T cell proliferation / MHC class II antigen presentation / viral budding from plasma membrane / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / protein tetramerization / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / MHC class II protein complex / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / structural constituent of cytoskeleton / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cognition / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / endocytic vesicle membrane / late endosome membrane / positive regulation of protein phosphorylation / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / early endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / positive regulation of viral entry into host cell / lysosome / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / host cell surface receptor binding / immune response / external side of plasma membrane / Golgi membrane / lysosomal membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / positive regulation of DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin ...MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / Hemagglutinin / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Greenshields-Watson, A.L.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: CD4+T Cells Recognize Conserved Influenza A Epitopes through Shared Patterns of V-Gene Usage and Complementary Biochemical Features.
著者: Greenshields-Watson, A. / Attaf, M. / MacLachlan, B.J. / Whalley, T. / Rius, C. / Wall, A. / Lloyd, A. / Hughes, H. / Strange, K.E. / Mason, G.H. / Schauenburg, A.J. / Hulin-Curtis, S.L. / ...著者: Greenshields-Watson, A. / Attaf, M. / MacLachlan, B.J. / Whalley, T. / Rius, C. / Wall, A. / Lloyd, A. / Hughes, H. / Strange, K.E. / Mason, G.H. / Schauenburg, A.J. / Hulin-Curtis, S.L. / Geary, J. / Chen, Y. / Lauder, S.N. / Smart, K. / Vijaykrishna, D. / Grau, M.L. / Shugay, M. / Andrews, R. / Dolton, G. / Rizkallah, P.J. / Gallimore, A.M. / Sewell, A.K. / Godkin, A.J. / Cole, D.K.
履歴
登録2019年3月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
BBB: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
CCC: Hemagglutinin
DDD: F11-TCR Alpha Chain
EEE: F11-TCR Beta Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,33314
ポリマ－94,6525
非ポリマー6819
水5,549308
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15880 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area36640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.280, 184.900, 50.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

-
HLA class II histocompatibility antigen, ... , 2種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / MHC class II antigen DRA


分子量: 21287.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRA, HLA-DRA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain / MHC class II antigen DRB1*1 / DR1


分子量: 22211.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04229

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 CCC

#3: タンパク質・ペプチド Hemagglutinin


分子量: 1506.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: P03435

-
タンパク質 , 2種, 2分子 DDDEEE

#4: タンパク質 F11-TCR Alpha Chain


分子量: 22438.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: タンパク質 F11-TCR Beta Chain


分子量: 27208.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 317分子

#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.07 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M Na Cacodylate, 0.2 M NH4 SO4, 15 % PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97623 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97623 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→92.46 Å / Num. obs: 96543 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 39.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.91→1.96 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 1.26 / Num. unique obs: 7001 / Rpim(I) all: 0.491 / Rrim(I) all: 1.354 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FYT

1fyt


解像度: 1.91→92.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.241 / WRfactor Rwork: 0.21 / SU B: 7.516 / SU ML: 0.105 / Average fsc free: 0.903 / Average fsc work: 0.9121 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.125 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2332 4763 4.938 %
Rwork0.2055 91698 -
all0.207 --
obs-96461 99.905 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 49.547 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.331 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.679 Å20 Å2
3---1.009 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→92.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6567 0 43 308 6918
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0136829
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176049
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7091.659288
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3161.57414041
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg18.6565.42858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.26422.356365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.772151066
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg11.6671510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0131543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2870
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.028513
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021501
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.21098
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1920.25783
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1680.23129
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0850.23374
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2320
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2650.220
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2150.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1670.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6132.5463317
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6132.5453316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5563.8034148
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5553.8044149
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2192.8033509
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2192.8053510
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3824.0885139
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3824.0895140
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.54229.5177202
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.54329.5267203
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.91-1.960.3853330.33566650.33870020.7580.76599.94290.331
1.96-2.0130.3043440.28965650.2969100.8220.84299.98550.279
2.013-2.0720.2733290.26163280.26266660.8660.87299.8650.249
2.072-2.1350.2733210.23561740.23764950.8960.8951000.221
2.135-2.2050.2713180.22259830.22563020.8980.91199.98410.206
2.205-2.2830.2513130.21958400.2261600.9140.92499.88640.203
2.283-2.3690.2423010.20955720.2158740.9190.92499.9830.19
2.369-2.4650.2372810.18953560.19156370.9250.9431000.171
2.465-2.5750.2312790.18851810.1954620.9280.94699.96340.172
2.575-2.7010.2612560.19749920.252490.9220.9499.98090.181
2.701-2.8470.242500.247300.20249800.9370.9441000.187
2.847-3.0190.2362350.19344860.19547300.9340.94499.80970.187
3.019-3.2270.2132120.18942390.1944530.9450.94999.95510.19
3.227-3.4850.2192030.20139450.20241510.9440.94599.92770.207
3.485-3.8180.2271850.20436610.20538500.9380.94499.89610.217
3.818-4.2670.2321510.1933530.19235130.9390.9599.74380.213
4.267-4.9260.1941650.17529260.17630910.9590.9641000.208
4.926-6.0280.2211310.21125170.21226620.9440.95199.47410.241
6.028-8.5070.2531140.2319980.23121150.9340.9499.85820.264
8.507-92.450.159420.20211870.212500.970.96398.320.239
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4346-0.5039-0.18763.49990.28521.26930.04970.1285-0.2938-0.2448-0.15250.2461-0.07-0.21820.10290.09590.1512-0.07390.3045-0.05340.2952-45.91834.3803-28.0801
24.91393.6513-3.57393.1443-2.91585.78990.2018-0.4572-0.1030.3463-0.24920.45670.1551-0.40050.04740.30180.16240.16750.5671-0.08610.7613-66.699939.6959-12.2557
37.06580.63440.15270.1010.03030.01450.06790.41880.0312-0.0515-0.0602-0.1158-0.0243-0.076-0.00760.24210.06070.00330.7868-0.03170.7024-84.184622.5419-24.5455
41.2969-0.885-0.60771.80131.53872.5886-0.0151-0.06370.0523-0.0329-0.08110.1494-0.3609-0.27230.09620.15630.1209-0.02630.1571-0.0060.0815-20.118122.3323-23.8972
52.7382-0.1197-0.36796.06431.65073.1591-0.0762-0.1268-0.06380.45660.1553-0.27670.07730.1865-0.07910.03820.0131-0.01350.0655-0.00740.043412.37957.276-28.4647
61.52390.0919-1.21062.29750.53975.0527-0.0531-0.0768-0.02760.22040.1498-0.2287-0.15340.1732-0.09680.0505-0.0023-0.0270.0389-0.00070.032610.110821.9877-19.7474
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLAAA3 - 82
2X-RAY DIFFRACTION1ALLBBB0 - 93
3X-RAY DIFFRACTION1ALLCCC1 - 13
4X-RAY DIFFRACTION2ALLAAA83 - 180
5X-RAY DIFFRACTION3ALLBBB94 - 189
6X-RAY DIFFRACTION4ALLDDD0 - 111
7X-RAY DIFFRACTION4ALLEEE0 - 110
8X-RAY DIFFRACTION5ALLDDD112 - 201
9X-RAY DIFFRACTION6ALLEEE111 - 239

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万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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