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- PDB-6qzc: HLA-DR1 with the QAR Peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qzc
タイトルHLA-DR1 with the QAR Peptide
要素
  • (HLA class II histocompatibility antigen, ...) x 2
  • M1-208-222-QAR-Peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA-DR1 / CD4 / T-cell / Influenza / Matrix / Conserved
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II ...regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of kinase activity / positive regulation of memory T cell differentiation / CD4 receptor binding / positive regulation of monocyte differentiation / inflammatory response to antigenic stimulus / intermediate filament / T-helper 1 type immune response / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / polysaccharide binding / negative regulation of type II interferon production / humoral immune response / macrophage differentiation / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / epidermis development / detection of bacterium / T cell receptor binding / negative regulation of T cell proliferation / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / protein tetramerization / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / MHC class II protein complex / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / structural constituent of cytoskeleton / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell activation / cognition / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / endocytic vesicle membrane / late endosome membrane / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / positive regulation of protein phosphorylation / early endosome membrane / adaptive immune response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of viral entry into host cell / lysosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / immune response / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Greenshields-Watson, A. / Rizkallah, P.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: CD4+T Cells Recognize Conserved Influenza A Epitopes through Shared Patterns of V-Gene Usage and Complementary Biochemical Features.
著者: Greenshields-Watson, A. / Attaf, M. / MacLachlan, B.J. / Whalley, T. / Rius, C. / Wall, A. / Lloyd, A. / Hughes, H. / Strange, K.E. / Mason, G.H. / Schauenburg, A.J. / Hulin-Curtis, S.L. / ...著者: Greenshields-Watson, A. / Attaf, M. / MacLachlan, B.J. / Whalley, T. / Rius, C. / Wall, A. / Lloyd, A. / Hughes, H. / Strange, K.E. / Mason, G.H. / Schauenburg, A.J. / Hulin-Curtis, S.L. / Geary, J. / Chen, Y. / Lauder, S.N. / Smart, K. / Vijaykrishna, D. / Grau, M.L. / Shugay, M. / Andrews, R. / Dolton, G. / Rizkallah, P.J. / Gallimore, A.M. / Sewell, A.K. / Godkin, A.J. / Cole, D.K.
履歴
登録2019年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
BBB: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
CCC: M1-208-222-QAR-Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,51210
ポリマ－44,9703
非ポリマー5437
水3,963220
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8730 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area18560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.060, 116.080, 43.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

-
HLA class II histocompatibility antigen, ... , 2種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / MHC class II antigen DRA


分子量: 20913.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRA, HLA-DRA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain / MHC class II antigen DRB1*1 / DR1


分子量: 22227.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04229

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 CCC

#3: タンパク質・ペプチド M1-208-222-QAR-Peptide


分子量: 1828.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

-
非ポリマー , 5種, 227分子

#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.15 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M Na Cacodylate, 0.2 M NH4 SO4, 20% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→71.16 Å / Num. obs: 56957 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.64→1.68 Å / Rmerge(I) obs: 1.912 / Num. unique obs: 4141 / CC1/2: 0.518 / Rpim(I) all: 0.753

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DLH

1dlh


解像度: 1.64→71.156 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 7.607 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.1 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2399 2819 4.954 %
Rwork0.2018 --
all0.204 --
obs-56904 99.797 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 36.371 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.414 Å20 Å20 Å2
2---1.492 Å20 Å2
3---2.906 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→71.156 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3135 0 34 220 3389
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0133258
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0172898
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6871.6564428
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3491.5716705
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg23.3355.593405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.51821.828186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.97115498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg11.96153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9541523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2407
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024187
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02744
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.2506
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1860.22699
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1660.21496
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0790.21593
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.2166
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0170.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2710.222
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2120.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1880.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0631.8321549
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0631.8311548
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6852.7371934
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6852.7381935
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.472.0821708
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4672.0521705
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2633.0312494
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.2572.9832489
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.92721.7793427
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.86621.3823393
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.64-1.6830.4441730.40539670.40641520.3440.39599.7110.409
1.683-1.7290.3951920.38638640.38640680.1650.15199.7050.384
1.729-1.7790.3791930.35837070.35939160.4370.48699.59140.35
1.779-1.8330.3382020.3336230.33138370.6370.64299.68730.316
1.833-1.8940.2861890.28935330.28937320.7670.75899.7320.269
1.894-1.960.3051730.26134240.26336020.8370.8499.86120.238
1.96-2.0340.251730.22832680.2334550.8850.88799.59480.205
2.034-2.1170.2321820.20831630.20933490.9120.92299.88060.188
2.117-2.2110.251620.1930690.19332380.9110.93399.78380.174
2.211-2.3190.2391540.18929350.19130940.9260.93799.83840.175
2.319-2.4440.2371630.19427740.19629400.9250.93499.8980.178
2.444-2.5920.2211500.19626450.19727950.9370.9331000.187
2.592-2.7710.2491140.1925030.19326190.9250.94199.92360.183
2.771-2.9920.2451120.1823410.18224540.9330.95399.95930.18
2.992-3.2770.221260.18621370.18822650.9370.95499.91170.193
3.277-3.6630.194980.1819850.18120840.9590.96199.9520.195
3.663-4.2280.242930.17317340.17618300.9410.96199.83610.196
4.228-5.1740.166770.14515050.14615820.9740.9771000.176
5.174-7.2980.265630.19611990.19912660.9380.96299.6840.228
7.298-71.1560.22300.1877090.1897420.9670.9699.59570.234
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.71081.19380.27241.49190.18013.86960.06980.29760.3618-0.34110.02290.1009-0.1514-0.2361-0.09270.2523-0.0266-0.02880.2204-0.03310.220566.050229.7028-12.131
24.09390.5172-1.87211.23530.09580.9512-0.01530.0496-0.0683-0.03310.0024-0.04540.0027-0.02720.01290.0163-0.0094-0.04930.0515-0.00750.199781.092930.2392-2.1034
35.9036-1.36541.55152.027-2.06792.7876-0.1589-0.2046-0.1920.31210.1061-0.0665-0.01130.08370.05280.24470.0362-0.02240.1842-0.00670.14177.959829.76388.4574
47.8795-0.2653-2.8461.4378-0.0012.1458-0.048-0.3367-0.54370.11430.04090.01170.2303-0.01040.00710.082-0.0206-0.05940.0673-0.01920.20781.935123.83921.0993
54.5787-4.0445-3.51056.96183.22113.42460.33420.5222-0.1581-0.6367-0.2222-0.0185-0.193-0.1434-0.1120.06790.0361-0.02420.1713-0.09260.103790.812539.6-10.0235
64.1693-1.4079-1.58673.00044.1695.9092-0.0926-0.13310.23490.0136-0.12670.2042-0.0846-0.20190.21930.22790.03150.02550.22410.02010.258465.624758.686.6564
72.4738-0.992-1.31372.81661.44532.43180.0565-0.04610.06610.1270.05350.0699-0.0091-0.1381-0.110.01150.00480.00820.03890.03550.111680.560846.67741.6446
87.2833-2.9247-2.69985.57322.93483.80930.15110.12480.4596-0.05840.00080.094-0.3432-0.1907-0.15190.05990.0109-0.00480.03570.03480.133284.01156.84740.9322
98.90892.58031.27582.3260.13841.5616-0.0990.4458-0.266-0.20140.11970.07170.1436-0.2069-0.02080.0921-0.0094-0.02450.1255-0.06530.112582.410428.9337-11.2425
1010.86654.51720.26172.1563-0.36484.3088-0.30470.875-0.2274-0.41340.25260.05140.5254-0.08930.0520.3778-0.0342-0.06130.3409-0.2140.255783.559721.8659-20.7619
1110.1877-0.415-0.1561.66970.16821.6853-0.20060.3483-0.7355-0.11960.05880.13340.4365-0.08260.14180.3733-0.05760.01690.226-0.19960.379585.417613.1032-16.6937
123.5606-3.67840.057810.54951.07470.28030.13550.1594-0.5183-0.60590.04740.28960.0382-0.1553-0.18290.1752-0.2653-0.12240.50920.11730.393665.795322.0433-6.2435
131.34481.9223-0.48487.0837-1.13060.77390.1604-0.1060.04150.1666-0.19910.0118-0.1839-0.01410.03870.16430.03970.00280.22420.01720.149459.031853.6873-1.5628
147.4013-0.7294.81473.7914-5.10698.9087-0.78810.7978-0.23850.00790.5194-0.3058-0.4629-0.17280.26870.770.07990.10690.4938-0.00710.435364.951871.1278-11.3126
151.4807-2.79921.326110.7476-3.57682.42890.15040.1608-0.1313-0.5913-0.1372-0.2189-0.1986-0.3867-0.01320.18430.18990.010.29890.01480.159958.46852.1932-8.5778
1613.9593-4.6306-3.31581.71190.74851.61070.4391.13280.028-0.2102-0.40740.0157-0.2115-0.2867-0.03150.49620.2235-0.02260.52310.09780.244455.654359.9647-16.5684
171.0005-2.4060.90788.2747-5.01064.63170.02090.1655-0.0558-0.0533-0.0716-0.081-0.1514-0.04510.05070.1348-0.00710.02410.21-0.00650.171366.643546.6366-5.0332
183.0275-2.1447-0.13346.6975-0.97511.67590.14760.17760.2851-0.5548-0.21780.0582-0.2734-0.2560.07030.19680.1985-0.030.40890.01070.113552.177559.1311-8.5186
190.003-0.0394-0.01911.270.45850.3944-0.0331-0.01650.00680.7056-0.11660.03040.2110.29330.14970.4851-0.0595-0.03640.63240.04030.351665.460317.86418.2976
207.865-1.3214-5.93344.89211.02964.4787-0.256-0.0177-0.25840.01370.0694-0.08570.21450.01220.18660.2069-0.0332-0.04310.1759-0.01640.226976.147518.2243-2.6924
2115.7478-2.6523-12.34151.36441.806610.3234-0.09790.3489-0.5147-0.1009-0.10090.05670.14230.09740.19880.22730.013-0.03540.2624-0.09210.250690.68816.1011-10.9528
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLAAA3 - 7
2X-RAY DIFFRACTION2ALLAAA8 - 34
3X-RAY DIFFRACTION3ALLAAA35 - 45
4X-RAY DIFFRACTION4ALLAAA46 - 74
5X-RAY DIFFRACTION5ALLAAA75 - 93
6X-RAY DIFFRACTION6ALLAAA94 - 101
7X-RAY DIFFRACTION7ALLAAA102 - 155
8X-RAY DIFFRACTION8ALLAAA156 - 182
9X-RAY DIFFRACTION9ALLBBB0 - 34
10X-RAY DIFFRACTION10ALLBBB35 - 53
11X-RAY DIFFRACTION11ALLBBB54 - 71
12X-RAY DIFFRACTION12ALLBBB72 - 93
13X-RAY DIFFRACTION13ALLBBB94 - 105
14X-RAY DIFFRACTION14ALLBBB106 - 113
15X-RAY DIFFRACTION15ALLBBB114 - 132
16X-RAY DIFFRACTION16ALLBBB133 - 145
17X-RAY DIFFRACTION17ALLBBB146 - 159
18X-RAY DIFFRACTION18ALLBBB160 - 190
19X-RAY DIFFRACTION19ALLCCC3 - 7
20X-RAY DIFFRACTION20ALLCCC8 - 12
21X-RAY DIFFRACTION21ALLCCC13 - 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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