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万見
- PDB-1i3r: CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT IEK CLASS II MHC MOLECULE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i3r
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT IEK CLASS II MHC MOLECULE
要素
  • FUSION PROTEIN CONSISTING OF MHC E-BETA-K PRECURSOR, GLYCINE RICH LINKER, AND HEMOGLOBIN BETA-2 CHAIN
  • H-2 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, E-K ALPHA CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC ClassII
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of myeloid cell differentiation / myeloid cell differentiation / nitric oxide transport / erythrocyte development / hemoglobin complex / immunoglobulin mediated immune response / oxygen transport / oxygen carrier activity / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / carbon dioxide transport ...positive regulation of myeloid cell differentiation / myeloid cell differentiation / nitric oxide transport / erythrocyte development / hemoglobin complex / immunoglobulin mediated immune response / oxygen transport / oxygen carrier activity / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / carbon dioxide transport / MHC class II protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / oxygen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / lysosome / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin ...Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Hemoglobin subunit beta-2 / H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kappler, J.W. / Wilson, N.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2001
タイトル: Mutations changing the kinetics of class II MHC peptide exchange.
著者: Wilson, N. / Fremont, D. / Marrack, P. / Kappler, J.
履歴
登録2001年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月27日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, E-K ALPHA CHAIN
B: FUSION PROTEIN CONSISTING OF MHC E-BETA-K PRECURSOR, GLYCINE RICH LINKER, AND HEMOGLOBIN BETA-2 CHAIN
C: H-2 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, E-K ALPHA CHAIN
D: FUSION PROTEIN CONSISTING OF MHC E-BETA-K PRECURSOR, GLYCINE RICH LINKER, AND HEMOGLOBIN BETA-2 CHAIN
E: H-2 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, E-K ALPHA CHAIN
F: FUSION PROTEIN CONSISTING OF MHC E-BETA-K PRECURSOR, GLYCINE RICH LINKER, AND HEMOGLOBIN BETA-2 CHAIN
G: H-2 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, E-K ALPHA CHAIN
H: FUSION PROTEIN CONSISTING OF MHC E-BETA-K PRECURSOR, GLYCINE RICH LINKER, AND HEMOGLOBIN BETA-2 CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,47520
ポリマ－193,0088
非ポリマー3,46712
水5,747319
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: H-2 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, E-K ALPHA CHAIN
D: FUSION PROTEIN CONSISTING OF MHC E-BETA-K PRECURSOR, GLYCINE RICH LINKER, AND HEMOGLOBIN BETA-2 CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1195
ポリマ－48,2522
非ポリマー8673
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7410 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19220 Å2
手法PISA
3
E: H-2 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, E-K ALPHA CHAIN
F: FUSION PROTEIN CONSISTING OF MHC E-BETA-K PRECURSOR, GLYCINE RICH LINKER, AND HEMOGLOBIN BETA-2 CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1195
ポリマ－48,2522
非ポリマー8673
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7400 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19310 Å2
手法PISA
4
G: H-2 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, E-K ALPHA CHAIN
H: FUSION PROTEIN CONSISTING OF MHC E-BETA-K PRECURSOR, GLYCINE RICH LINKER, AND HEMOGLOBIN BETA-2 CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1195
ポリマ－48,2522
非ポリマー8673
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7480 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19020 Å2
手法PISA
5
A: H-2 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, E-K ALPHA CHAIN
B: FUSION PROTEIN CONSISTING OF MHC E-BETA-K PRECURSOR, GLYCINE RICH LINKER, AND HEMOGLOBIN BETA-2 CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1195
ポリマ－48,2522
非ポリマー8673
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7340 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19250 Å2
手法PISA
6
E: H-2 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, E-K ALPHA CHAIN
F: FUSION PROTEIN CONSISTING OF MHC E-BETA-K PRECURSOR, GLYCINE RICH LINKER, AND HEMOGLOBIN BETA-2 CHAIN
G: H-2 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, E-K ALPHA CHAIN
H: FUSION PROTEIN CONSISTING OF MHC E-BETA-K PRECURSOR, GLYCINE RICH LINKER, AND HEMOGLOBIN BETA-2 CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,23710
ポリマ－96,5044
非ポリマー1,7346
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
7
A: H-2 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, E-K ALPHA CHAIN
B: FUSION PROTEIN CONSISTING OF MHC E-BETA-K PRECURSOR, GLYCINE RICH LINKER, AND HEMOGLOBIN BETA-2 CHAIN
C: H-2 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, E-K ALPHA CHAIN
D: FUSION PROTEIN CONSISTING OF MHC E-BETA-K PRECURSOR, GLYCINE RICH LINKER, AND HEMOGLOBIN BETA-2 CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,23710
ポリマ－96,5044
非ポリマー1,7346
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)117.059, 58.020, 143.222
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
H-2 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, E-K ALPHA CHAIN


分子量: 22359.082 Da / 分子数: 4 / 変異: E11Q, D66N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: IEK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P04224
#2: タンパク質
FUSION PROTEIN CONSISTING OF MHC E-BETA-K PRECURSOR, GLYCINE RICH LINKER, AND HEMOGLOBIN BETA-2 CHAIN


分子量: 25892.832 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: IEK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P02089, GenBank: 199396
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 12.8% PEG4000, 80mM MgCl2, 80mM HEPES pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
14.1 mg/mlprotein1drop
212.8 %PEG40001drop
380 mM1dropMgCl2
480 mMHEPES1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→25 Å / Num. all: 76526 / Num. obs: 74154 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.445 / % possible all: 90.8
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 25 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.8 % / Num. unique obs: 6856

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→25 Å / Data cutoff high rms absF: 100000 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 3615 -Random
Rwork0.229 ---
all-76526 --
obs-74154 96.9 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12782 0 224 319 13325
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.27
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0066
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 25 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.229 / Rfactor Rfree: 0.27
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 51.9 Å2
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.0066
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.38 / Num. reflection Rfree: 316 / Rfactor Rwork: 0.331 / Num. reflection obs: 6212

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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