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万見
- EMDB-22075: Cryo-EM structure of NLRP1-DPP9-VbP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22075
タイトルCryo-EM structure of NLRP1-DPP9-VbP complex
マップデータ
試料
  • 複合体: DPP9-NLRP1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Dipeptidyl peptidase 9
    • タンパク質・ペプチド: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1
  • リガンド: [(2~{R})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-methyl-butanoyl]pyrrolidin-2-yl]boronic acid
キーワードNLRP1 / DPP9 / inflammasome / Val-boroPro (VbP) / talabostat / innate immunity / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


NLRP1 inflammasome complex assembly / NLRP1 inflammasome complex / The NLRP1 inflammasome / NLRP3 inflammasome complex / self proteolysis / dipeptidyl-peptidase IV / cysteine-type endopeptidase activator activity / dipeptidyl-peptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / negative regulation of programmed cell death ...NLRP1 inflammasome complex assembly / NLRP1 inflammasome complex / The NLRP1 inflammasome / NLRP3 inflammasome complex / self proteolysis / dipeptidyl-peptidase IV / cysteine-type endopeptidase activator activity / dipeptidyl-peptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / negative regulation of programmed cell death / pattern recognition receptor signaling pathway / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / cellular response to UV-B / pattern recognition receptor activity / pyroptotic inflammatory response / cell leading edge / response to muramyl dipeptide / aminopeptidase activity / signaling adaptor activity / antiviral innate immune response / serine-type peptidase activity / activation of innate immune response / intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of interleukin-1 beta production / molecular condensate scaffold activity / protein homooligomerization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / positive regulation of inflammatory response / peptidase activity / double-stranded RNA binding / double-stranded DNA binding / regulation of inflammatory response / neuron apoptotic process / regulation of apoptotic process / defense response to virus / microtubule / defense response to bacterium / inflammatory response / protein domain specific binding / apoptotic process / nucleolus / enzyme binding / signal transduction / ATP hydrolysis activity / proteolysis / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
FIIND domain / Function to find / UPA-FIIND domain / FIIND domain profile. / CARD8/ASC/NALP1, CARD domain / Dipeptidyl peptidase 8 /9 ,N-terminal / Dipeptidyl peptidase 8 and 9 N-terminal / : / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 ...FIIND domain / Function to find / UPA-FIIND domain / FIIND domain profile. / CARD8/ASC/NALP1, CARD domain / Dipeptidyl peptidase 8 /9 ,N-terminal / Dipeptidyl peptidase 8 and 9 N-terminal / : / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / DAPIN domain profile. / NACHT-NTPase domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / : / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Leucine Rich repeat / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Leucine Rich Repeat / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Death-like domain superfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Dipeptidyl peptidase 9 / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Hollingsworth LR / Sharif H / Griswold AR / Fontana P / Mintseris J / Dagbay KB / Paulo JA / Gygi SP / Bachovchin DA / Wu H
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 Al124491 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: DPP9 sequesters the C terminus of NLRP1 to repress inflammasome activation.
著者: L Robert Hollingsworth / Humayun Sharif / Andrew R Griswold / Pietro Fontana / Julian Mintseris / Kevin B Dagbay / Joao A Paulo / Steven P Gygi / Daniel A Bachovchin / Hao Wu /
要旨: Nucleotide-binding domain and leucine-rich repeat pyrin-domain containing protein 1 (NLRP1) is an inflammasome sensor that mediates the activation of caspase-1 to induce cytokine maturation and ...Nucleotide-binding domain and leucine-rich repeat pyrin-domain containing protein 1 (NLRP1) is an inflammasome sensor that mediates the activation of caspase-1 to induce cytokine maturation and pyroptosis. Gain-of-function mutations of NLRP1 cause severe inflammatory diseases of the skin. NLRP1 contains a function-to-find domain that auto-proteolyses into noncovalently associated subdomains, and proteasomal degradation of the repressive N-terminal fragment of NLRP1 releases its inflammatory C-terminal fragment (NLRP1 CT). Cytosolic dipeptidyl peptidases 8 and 9 (hereafter, DPP8/DPP9) both interact with NLRP1, and small-molecule inhibitors of DPP8/DPP9 activate NLRP1 by mechanisms that are currently unclear. Here we report cryo-electron microscopy structures of the human NLRP1-DPP9 complex alone and with Val-boroPro (VbP), an inhibitor of DPP8/DPP9. The structures reveal a ternary complex that comprises DPP9, full-length NLRP1 and the NLRPT CT. The binding of the NLRP1 CT to DPP9 requires full-length NLRP1, which suggests that NLRP1 activation is regulated by the ratio of NLRP1 CT to full-length NLRP1. Activation of the inflammasome by ectopic expression of the NLRP1 CT is consistently rescued by co-expression of autoproteolysis-deficient full-length NLRP1. The N terminus of the NLRP1 CT inserts into the DPP9 active site, and VbP disrupts this interaction. Thus, VbP weakens the NLRP1-DPP9 interaction and accelerates degradation of the N-terminal fragment to induce inflammasome activation. Overall, these data demonstrate that DPP9 quenches low levels of NLRP1 CT and thus serves as a checkpoint for activation of the NLRP1 inflammasome.
履歴
登録2020年5月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月10日-
マップ公開2021年3月10日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6x6c
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22075.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22075.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 330. Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 330. Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 330. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00564 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.04700823 - 0.10395835
平均 (標準偏差)0.00008058418 (±0.0016833417)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 330.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8250.8250.825
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z330.000330.000330.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-170-170-170
NX/NY/NZ340340340
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0470.1040.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : DPP9-NLRP1 complex

全体名称: DPP9-NLRP1 complex
要素
  • 複合体: DPP9-NLRP1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Dipeptidyl peptidase 9
    • タンパク質・ペプチド: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1
  • リガンド: [(2~{R})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-methyl-butanoyl]pyrrolidin-2-yl]boronic acid

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超分子 #1: DPP9-NLRP1 complex

超分子名称: DPP9-NLRP1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Dipeptidyl peptidase 9

分子名称: Dipeptidyl peptidase 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: dipeptidyl-peptidase IV
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 101.761984 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMGSMA TTGTPTADRG DAAATDDPAA RFQVQKHSWD GLRSIIHGSR KYSGLIVNKA PHDFQFVQK TDESGPHSHR LYYLGMPYGS RENSLLYSEI PKKVRKEALL LLSWKQMLDH FQATPHHGVY SREEELLRER K RLGVFGIT ...文字列:
MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMGSMA TTGTPTADRG DAAATDDPAA RFQVQKHSWD GLRSIIHGSR KYSGLIVNKA PHDFQFVQK TDESGPHSHR LYYLGMPYGS RENSLLYSEI PKKVRKEALL LLSWKQMLDH FQATPHHGVY SREEELLRER K RLGVFGIT SYDFHSESGL FLFQASNSLF HCRDGGKNGF MVSPMKPLEI KTQCSGPRMD PKICPADPAF FSFINNSDLW VA NIETGEE RRLTFCHQGL SNVLDDPKSA GVATFVIQEE FDRFTGYWWC PTASWEGSEG LKTLRILYEE VDESEVEVIH VPS PALEER KTDSYRYPRT GSKNPKIALK LAEFQTDSQG KIVSTQEKEL VQPFSSLFPK VEYIARAGWT RDGKYAWAMF LDRP QQWLQ LVLLPPALFI PSTENEEQRL ASARAVPRNV QPYVVYEEVT NVWINVHDIF YPFPQSEGED ELCFLRANEC KTGFC HLYK VTAVLKSQGY DWSEPFSPGE DEFKCPIKEE IALTSGEWEV LARHGSKIWV NEETKLVYFQ GTKDTPLEHH LYVVSY EAA GEIVRLTTPG FSHSCSMSQN FDMFVSHYSS VSTPPCVHVY KLSGPDDDPL HKQPRFWASM MEAASCPPDY VPPEIFH FH TRSDVRLYGM IYKPHALQPG KKHPTVLFVY GGPQVQLVNN SFKGIKYLRL NTLASLGYAV VVIDGRGSCQ RGLRFEGA L KNQMGQVEIE DQVEGLQFVA EKYGFIDLSR VAIHGWSYGG FLSLMGLIHK PQVFKVAIAG APVTVWMAYD TGYTERYMD VPENNQHGYE AGSVALHVEK LPNEPNRLLI LHGFLDENVH FFHTNFLVSQ LIRAGKPYQL QIYPNERHSI RCPESGEHYE VTLLHFLQE YL

UniProtKB: Dipeptidyl peptidase 9

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分子 #2: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1

分子名称: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 166.069484 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAGGAWGRLA CYLEFLKKEE LKEFQLLLAN KAHSRSSSGE TPAQPEKTSG MEVASYLVAQ YGEQRAWDLA LHTWEQMGLR SLCAQAQEG AGHSPSFPYS PSEPHLGSPS QPTSTAVLMP WIHELPAGCT QGSERRVLRQ LPDTSGRRWR EISASLLYQA L PSSPDHES ...文字列:
MAGGAWGRLA CYLEFLKKEE LKEFQLLLAN KAHSRSSSGE TPAQPEKTSG MEVASYLVAQ YGEQRAWDLA LHTWEQMGLR SLCAQAQEG AGHSPSFPYS PSEPHLGSPS QPTSTAVLMP WIHELPAGCT QGSERRVLRQ LPDTSGRRWR EISASLLYQA L PSSPDHES PSQESPNAPT STAVLGSWGS PPQPSLAPRE QEAPGTQWPL DETSGIYYTE IREREREKSE KGRPPWAAVV GT PPQAHTS LQPHHHPWEP SVRESLCSTW PWKNEDFNQK FTQLLLLQRP HPRSQDPLVK RSWPDYVEEN RGHLIEIRDL FGP GLDTQE PRIVILQGAA GIGKSTLARQ VKEAWGRGQL YGDRFQHVFY FSCRELAQSK VVSLAELIGK DGTATPAPIR QILS RPERL LFILDGVDEP GWVLQEPSSE LCLHWSQPQP ADALLGSLLG KTILPEASFL ITARTTALQN LIPSLEQARW VEVLG FSES SRKEYFYRYF TDERQAIRAF RLVKSNKELW ALCLVPWVSW LACTCLMQQM KRKEKLTLTS KTTTTLCLHY LAQALQ AQP LGPQLRDLCS LAAEGIWQKK TLFSPDDLRK HGLDGAIIST FLKMGILQEH PIPLSYSFIH LCFQEFFAAM SYVLEDE KG RGKHSNCIID LEKTLEAYGI HGLFGASTTR FLLGLLSDEG EREMENIFHC RLSQGRNLMQ WVPSLQLLLQ PHSLESLH C LYETRNKTFL TQVMAHFEEM GMCVETDMEL LVCTFCIKFS RHVKKLQLIE GRQHRSTWSP TMVVLFRWVP VTDAYWQIL FSVLKVTRNL KELDLSGNSL SHSAVKSLCK TLRRPRCLLE TLRLAGCGLT AEDCKDLAFG LRANQTLTEL DLSFNVLTDA GAKHLCQRL RQPSCKLQRL QLVSCGLTSD CCQDLASVLS ASPSLKELDL QQNNLDDVGV RLLCEGLRHP ACKLIRLGLD Q TTLSDEMR QELRALEQEK PQLLIFSRRK PSVMTPTEGL DTGEMSNSTS SLKRQRLGSE RAASHVAQAN LKLLDVSKIF PI AEIAEES SPEVVPVELL CVPSPASQGD LHTKPLGTDD DFWGPTGPVA TEVVDKEKNL YRVHFPVAGS YRWPNTGLCF VMR EAVTVE IEFCVWDQFL GEINPQHSWM VAGPLLDIKA EPGAVEAVHL PHFVALQGGH VDTSLFQMAH FKEEGMLLEK PARV ELHHI VLENPSFSPL GVLLKMIHNA LRFIPVTSVV LLYHRVHPEE VTFHLYLIPS DCSIRKAIDD LEMKFQFVRI HKPPP LTPL YMGCRYTVSG SGSGMLEILP KELELCYRSP GEDQLFSEFY VGHLGSGIRL QVKDKKDETL VWEALVKPGD LMPATT LIP PARIAVPSPL DAPQLLHFVD QYREQLIARV TSVEVVLDKL HGQVLSQEQY ERVLAENTRP SQMRKLFSLS QSWDRKC KD GLYQALKETH PHLIMELWEK GSKKGLLPLS S

UniProtKB: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1

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分子 #3: [(2~{R})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-methyl-butanoyl]pyrrolidin-2-yl]bo...

分子名称: [(2~{R})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-methyl-butanoyl]pyrrolidin-2-yl]boronic acid
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: GK2
分子量理論値: 214.07 Da
Chemical component information

ChemComp-GK2:
[(2~{R})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-methyl-butanoyl]pyrrolidin-2-yl]boronic acid

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 25 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
#0 - 撮影したグリッド数: 4 / #0 - 実像数: 3553 / #0 - 平均露光時間: 2.0 sec. / #0 - 平均電子線量: 52.0 e/Å2 / #0 - 詳細: stage tilt 0 degrees / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
#1 - 撮影したグリッド数: 4 / #1 - 実像数: 1954 / #1 - 平均露光時間: 2.4 sec. / #1 - 平均電子線量: 65.0 e/Å2 / #1 - 詳細: stage tilt 37 degrees
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系倍率（補正後）: 10500 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 9.03) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 205538
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 50000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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