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Yorodumi- PDB-7k34: Crystal structure of L-threonine transaldolase from Pseudomonas f... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7k34 | ||||||
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Title | Crystal structure of L-threonine transaldolase from Pseudomonas fluorescens in internal aldimine state | ||||||
Components | Threonine aldolase | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / SYNTHASE / threonine transaldolase / pyridoxal phosphate / PLP / biocatalysis | ||||||
Function / homology | Function and homology information L-threonine aldolase / threonine aldolase activity / serine binding / L-serine catabolic process / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate metabolic process / cobalt ion binding / folic acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding ...L-threonine aldolase / threonine aldolase activity / serine binding / L-serine catabolic process / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate metabolic process / cobalt ion binding / folic acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding / one-carbon metabolic process / zinc ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas fluorescens (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.66 Å | ||||||
Authors | Kumar, P. / Bingman, C.A. / Buller, A.R. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Acs Chem.Biol. / Year: 2021 Title: l-Threonine Transaldolase Activity Is Enabled by a Persistent Catalytic Intermediate. Authors: Kumar, P. / Meza, A. / Ellis, J.M. / Carlson, G.A. / Bingman, C.A. / Buller, A.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7k34.cif.gz | 648 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7k34.ent.gz | 518.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7k34.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7k34_validation.pdf.gz | 468.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7k34_full_validation.pdf.gz | 476.5 KB | Display | |
Data in XML | 7k34_validation.xml.gz | 69 KB | Display | |
Data in CIF | 7k34_validation.cif.gz | 98.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/7k34 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/7k34 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4ot8S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 50244.836 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas fluorescens (bacteria) / Gene: obiH, CIB54_12585 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A1X9LWZ7, L-threonine aldolase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.93 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: N-His-ObiH at 30 mg/ml was dissolved in 10 mM Tris pH 8.5. Two microliter of protein solution was mixed with two microliter of reservoir solution, 0.1 M Bis-Tris pH 6.75 - 7.0, 1.8 - 2.0 M ...Details: N-His-ObiH at 30 mg/ml was dissolved in 10 mM Tris pH 8.5. Two microliter of protein solution was mixed with two microliter of reservoir solution, 0.1 M Bis-Tris pH 6.75 - 7.0, 1.8 - 2.0 M ammonium sulfate and equilibrated against the reservoir at 21 C (294K) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1.03321 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 8, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03321 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.66→118.6 Å / Num. obs: 211275 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.4 % / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.083 / Rrim(I) all: 0.216 / Net I/σ(I): 6.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.66→1.7 Å / Redundancy: 13.1 % / Num. unique obs: 15546 / CC1/2: 0.45 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4OT8 Resolution: 1.66→50.005 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / WRfactor Rfree: 0.247 / WRfactor Rwork: 0.216 / SU B: 6.784 / SU ML: 0.109 / Average fsc free: 0.8546 / Average fsc work: 0.8673 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.11 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.211 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.66→50.005 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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