[日本語] English
万見
- PDB-6qxz: Solution structure of the ASHH2 CW domain with the N-terminal his... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qxz
タイトルSolution structure of the ASHH2 CW domain with the N-terminal histone H3 tail mimicking peptide monomethylated on lysine 4
要素
  • ALA-ARG-THR-MLZ-GLN-THR-ALA-ARG-TYR
  • Histone-lysine N-methyltransferase ASHH2
キーワードTRANSFERASE / The CW domain of the methyltransferase from Arabidopsis (ASHH2). ASHH2 binds mono- di- and tri-methylated on K4 N-terminal histone tail H3 via CW domain. / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


carotenoid metabolic process / response to nitrate starvation / anther development / regulation of plant-type hypersensitive response / negative regulation of flower development / plant ovule development / embryo sac development / secondary shoot formation / pollen development / regulation of programmed cell death ...carotenoid metabolic process / response to nitrate starvation / anther development / regulation of plant-type hypersensitive response / negative regulation of flower development / plant ovule development / embryo sac development / secondary shoot formation / pollen development / regulation of programmed cell death / SUMO binding / histone H3K4 methyltransferase activity / chromosome, centromeric region / Chromatin modifying enzymes / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / epigenetic regulation of gene expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDMs demethylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / nucleosome / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / nucleosome assembly / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Oxidative Stress Induced Senescence / methylation / gene expression / Estrogen-dependent gene expression / cadherin binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
SETD2/Set2, SET domain / Zinc finger, CW-type / CW-type Zinc Finger / Zinc finger CW-type profile. / : / AWS domain / AWS domain / AWS domain profile. / associated with SET domains / Cysteine-rich motif following a subset of SET domains ...SETD2/Set2, SET domain / Zinc finger, CW-type / CW-type Zinc Finger / Zinc finger CW-type profile. / : / AWS domain / AWS domain / AWS domain profile. / associated with SET domains / Cysteine-rich motif following a subset of SET domains / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3.1 / Histone-lysine N-methyltransferase ASHH2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Dobrovolska, O. / Madeleine, N. / Teigen, K. / Halskau, O. / Bril'kov, M.
資金援助 ノルウェー, 1件
組織認可番号国
Research Council of Norway226244/F50 ノルウェー
引用
ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: The Arabidopsis (ASHH2) CW domain binds monomethylated K4 of the histone H3 tail through conformational selection.
著者: Dobrovolska, O. / Brilkov, M. / Madeleine, N. / Odegard-Fougner, O. / Stromland, O. / Martin, S.R. / De Marco, V. / Christodoulou, E. / Teigen, K. / Isaksson, J. / Underhaug, J. / Reuter, N. ...著者: Dobrovolska, O. / Brilkov, M. / Madeleine, N. / Odegard-Fougner, O. / Stromland, O. / Martin, S.R. / De Marco, V. / Christodoulou, E. / Teigen, K. / Isaksson, J. / Underhaug, J. / Reuter, N. / Aalen, R.B. / Aasland, R. / Halskau, O.
#1: ジャーナル: Biomol NMR Assign / 年: 2018
タイトル: 1H, 13C, and 15N resonance assignments of CW domain of the N-methyltransferase ASHH2 free and bound to the mono-, di- and tri-methylated histone H3 tail peptides.
著者: Dobrovolska, O. / Bril'kov, M. / Odegard-Fougner, O. / Aasland, R. / Halskau, O.
履歴
登録2019年3月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2019年12月4日ID: 6HBO
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.22020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.database_code / _database_2.pdbx_DOI ..._database_2.database_code / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Histone-lysine N-methyltransferase ASHH2
B: ALA-ARG-THR-MLZ-GLN-THR-ALA-ARG-TYR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0673
ポリマ－10,0022
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1600 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area5750 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

-
要素

#1: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase ASHH2 / ASH1 homolog 2 / H3-K4-HMTase / Histone H3-K36 methyltransferase 8 / H3-K36-HMTase 8 / Protein ...ASH1 homolog 2 / H3-K4-HMTase / Histone H3-K36 methyltransferase 8 / H3-K36-HMTase 8 / Protein EARLY FLOWERING IN SHORT DAYS / Protein LAZARUS 2 / Protein SET DOMAIN GROUP 8


分子量: 8891.677 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ASHH2, EFS, LAZ2, SDG8, SET8, At1g77300, T14N5.15
発現宿主: Escherichia coli / 参照: UniProt: Q2LAE1, histone-lysine N-methyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド ALA-ARG-THR-MLZ-GLN-THR-ALA-ARG-TYR


分子量: 1110.267 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D 1H-15N NOESY
151isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1151isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
161isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic filtered-edited
171isotropic13D 1H-13C NOESY filtered-edited
181isotropic13D 1H-15N NOESY filtered-edited
192isotropic12D 1H-15N HSQC
1102isotropic13D 1H-15N NOESY
1112isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
1122isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1131isotropic12D 1H-1H NOESY filtered
1141isotropic12D 1H-1H TOCSY filtered

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution11 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] CW domain of methyltransferase from Arabidopsis (ASHH2), 1 mM H3K4me1 (ART(MLZ)QTARY), 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O15N, 13C-labeled CW domain in complex With unlabeled H3K4me115N13C_CW_H3K4me190% H2O/10% D2O
solution21 mM CW domain of methyltransferase from Arabidopsis (ASHH2), 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] H3K4me1 (ART(MLZ)QTARY), 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2OUnlabeled CW domain in complex with selectively 13C15N-labeled H3K4me1 (A*R*T(MLZ)QTA*R*Y)CW_15N13C_H3K4me190% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMCW domain of methyltransferase from Arabidopsis (ASHH2)[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1 mMH3K4me1 (ART(MLZ)QTARY)natural abundance1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
1 mMDTTnatural abundance1
1 mMCW domain of methyltransferase from Arabidopsis (ASHH2)natural abundance2
1 mMH3K4me1 (ART(MLZ)QTARY)[U-99% 13C; U-99% 15N]2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
1 mMDTTnatural abundance2
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 850 MHz

-
解析

NMR software
名称開発者分類
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る