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万見
- PDB-6qv2: Structure of ATPgS-bound outward-facing TM287/288 in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qv2
タイトルStructure of ATPgS-bound outward-facing TM287/288 in complex with nanobody Nb_TM#2
要素
  • ABC transporter, ATP-binding protein
  • Nb_TM No.2
  • Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ABC exporter / ABC transporter / Membrane Transporter / nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ABC transporter, ATP-binding protein / Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.23 Å
データ登録者Hutter, C.A.J. / Huerlimann, L.M. / Zimmermann, I. / Egloff, P. / Seeger, M.A.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science FoundationPP00P3_144823 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: The extracellular gate shapes the energy profile of an ABC exporter.
著者: Hutter, C.A.J. / Timachi, M.H. / Hurlimann, L.M. / Zimmermann, I. / Egloff, P. / Goddeke, H. / Kucher, S. / Stefanic, S. / Karttunen, M. / Schafer, L.V. / Bordignon, E. / Seeger, M.A.
履歴
登録2019年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter, ATP-binding protein
B: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288
C: ABC transporter, ATP-binding protein
D: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288
E: Nb_TM No.2
F: Nb_TM No.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)296,00514
ポリマ－293,8156
非ポリマー2,1908
水00
1
A: ABC transporter, ATP-binding protein
B: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288
E: Nb_TM No.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,0037
ポリマ－146,9073
非ポリマー1,0954
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: ABC transporter, ATP-binding protein
D: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288
F: Nb_TM No.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,0037
ポリマ－146,9073
非ポリマー1,0954
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.600, 113.070, 126.890
Angle α, β, γ (deg.)83.180, 73.000, 67.370
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 ABC transporter, ATP-binding protein


分子量: 65016.781 Da / 分子数: 2 / 断片: ABC transporter / 変異: D41A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_0287 / プラスミド: pBXNH3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061 / 参照: UniProt: Q9WYC3
#2: タンパク質 Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288


分子量: 67758.914 Da / 分子数: 2 / 断片: ABC transporter / 変異: D65A, E517A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_0288 / プラスミド: pBXNH3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061 / 参照: UniProt: Q9WYC4
#3: 抗体 Nb_TM No.2


分子量: 14131.722 Da / 分子数: 2 / 断片: nanobody / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / プラスミド: pBXPHM3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061
#4: 化合物
ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M TRIS, 0.1M NaCl, 30% (v/v) PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.22→32.59 Å / Num. obs: 18010 / % possible obs: 57.4 % / 冗長度: 3.533 % / Biso Wilson estimate: 111.97 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 0.934 / Net I/σ(I): 16.12
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
4.22-4.323.5830.3513.25480.8380.412.1
4.32-4.443.3260.2624.761380.8310.3136.1
4.44-4.572.940.283.872340.8770.34710.7
4.57-4.712.7810.2923.643420.880.36915.6
4.71-4.873.2270.293.994620.9130.3522.4
4.87-5.043.0720.2813.815970.930.34530.4
5.04-5.233.6760.313.978210.9480.36441.8
5.23-5.443.7870.3923.3811200.9350.45659.6
5.44-5.683.7140.612.1615700.8780.71288.5
5.68-5.963.6730.6342.0617180.8750.74199.4
5.96-6.283.6430.4812.7116000.8810.56599.1
6.28-6.673.6060.2924.3315170.9520.34299.5
6.67-7.133.6070.2255.4614210.9670.26399.1
7.13-7.73.5180.1368.5413290.9860.1699.2
7.7-8.433.3060.06915.512300.9950.08399
8.43-9.433.0490.03528.0311130.9970.04398.8
9.43-10.883.340.02345.079510.9990.02898.4
10.88-13.333.8870.01865.878250.9990.0299.2
13.33-18.853.8150.01582.7765410.01899.7
18.85-32.593.7340.01117.7732010.01292.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.23→32.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.722 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.644 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 1.673
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33 919 5.12 %RANDOM
Rwork0.306 ---
obs0.307 17961 57.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 300 Å2 / Biso mean: 167.72 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--26.0363 Å2-1.7135 Å23.211 Å2
2--34.4756 Å2-26.9889 Å2
3----8.4393 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.1 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.23→32.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19958 0 128 0 20086
Biso mean--146.73 --
残基数----2534
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d7300SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3442HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it20310HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd10SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2728SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact22938SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d20442HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg27674HARMONIC20.9
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.39
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.64
LS精密化 シェル解像度: 4.23→4.56 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3916 20 5 %
Rwork0.3529 380 -
all0.3545 400 -
obs--6.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7295-1.05730.74971.511-2.54860.20030.2781-0.1159-0.08420.0064-0.0027-0.0020.9097-0.3792-0.2754-0.1807-0.02460.25290.4865-0.02670.281754.406836.813659.2721
2-2.7131-1.9188-1.9342.3471-0.97821.8130.7265-0.29490.48460.0564-0.03660.68370.6655-0.461-0.6899-0.6126-0.1299-0.2782-0.148-0.0657-0.127570.626541.70170.4102
3-0.25480.09890.19432.37423.55420.3769-0.21320.3329-0.04320.33320.5381-0.1071-0.0408-0.108-0.3249-0.15250.0692-0.26880.10240.09520.061210.079740.735123.6457
40.22861.0543-0.07743.9688-0.35050.0261-0.10230.1409-0.01140.13350.2165-0.0433-0.0716-0.0204-0.1142-0.2207-0.0522-0.3268-0.0023-0.16150.22326.551936.169912.5626
517.4030.7931.13916.66722.561815.82250.0434-0.31920.4125-0.3069-0.2652-0.36530.47420.33950.22180.5453-0.0833-0.09230.6041-0.26970.6744108.385658.56263.1019
614.07250.2108-3.750515.97551.71418.2026-0.3163-0.1893-0.1972-0.29150.3257-0.0851-0.05110.1038-0.00930.5391-0.0966-0.09030.5678-0.26540.673864.69120.123819.9976
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A2 - 569
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B22 - 591
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C2 - 569
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D22 - 591
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E1 - 129
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F1 - 129

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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