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- PDB-6quz: Structure of ATPgS-bound outward-facing TM287/288 in complex with... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6quz | ||||||
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Title | Structure of ATPgS-bound outward-facing TM287/288 in complex with sybody Sb_TM35 | ||||||
![]() |
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / ABC exporter / ABC transporter / Membrane Transporter / sybody / nanobody | ||||||
Function / homology | ![]() ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hutter, C.A.J. / Huerlimann, L.M. / Zimmermann, I. / Egloff, P. / Seeger, M.A. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: The extracellular gate shapes the energy profile of an ABC exporter. Authors: Hutter, C.A.J. / Timachi, M.H. / Hurlimann, L.M. / Zimmermann, I. / Egloff, P. / Goddeke, H. / Kucher, S. / Stefanic, S. / Karttunen, M. / Schafer, L.V. / Bordignon, E. / Seeger, M.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1012.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 862.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.5 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 80.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 108.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 65060.789 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: ABC transporter Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / Gene: TM_0287 / Plasmid: pBXNH3 / Production host: ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 67802.922 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: ABC transporter / Mutation: E517A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / Gene: TM_0288 / Plasmid: pBXNH3 / Production host: ![]() ![]() #3: Antibody | Mass: 13843.184 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: sybody Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Plasmid: pBXPHM3 / Production host: ![]() ![]() #4: Chemical | ChemComp-AGS / #5: Chemical | ChemComp-MG / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.16 Å3/Da / Density % sol: 70.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 Details: 0.1M Sodium acetate, 0.035M NaCl, 11.5% (w/v) PEG 6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Jun 30, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.2→48.84 Å / Num. obs: 63765 / % possible obs: 79.6 % / Redundancy: 13.589 % / Biso Wilson estimate: 62.01 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.249 / Rrim(I) all: 0.258 / Χ2: 0.89 / Net I/σ(I): 8.91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Displacement parameters | Biso max: 200.85 Å2 / Biso mean: 72.12 Å2 / Biso min: 16.3 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.56 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.21→48.84 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.21→3.35 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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