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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qu2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of DYRK1A complexed with FC162 inhibitor | ||||||
要素 | Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / DYRK1A / splicing kinase / kinase inhibitor / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histone H3T45 kinase activity / positive regulation of protein deacetylation / peptidyl-serine autophosphorylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of microtubule polymerization / tau-protein kinase activity / amyloid-beta formation / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator ...histone H3T45 kinase activity / positive regulation of protein deacetylation / peptidyl-serine autophosphorylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of microtubule polymerization / tau-protein kinase activity / amyloid-beta formation / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / G0 and Early G1 / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / cytoskeletal protein binding / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / tubulin binding / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / positive regulation of RNA splicing / peptidyl-threonine phosphorylation / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / tau protein binding / circadian rhythm / peptidyl-tyrosine phosphorylation / : / nervous system development / actin binding / peptidyl-serine phosphorylation / protein tyrosine kinase activity / protein autophosphorylation / transcription coactivator activity / cytoskeleton / protein kinase activity / nuclear speck / ribonucleoprotein complex / axon / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / dendrite / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Chaikuad, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Besson, T. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of DYRK1A complexed with FC162 inhibitor 著者: Chaikuad, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Besson, T. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6qu2.cif.gz | 578.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6qu2.ent.gz | 481.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6qu2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6qu2_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6qu2_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6qu2_validation.xml.gz | 52.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6qu2_validation.cif.gz | 70.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/6qu2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/6qu2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4yllS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 134 - 482 / Label seq-ID: 10 - 358
NCSアンサンブル:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 42081.535 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYRK1A, DYRK, MNB, MNBH / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3-pRARE2 / 参照: UniProt: Q13627, dual-specificity kinase |
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-非ポリマー , 6種, 264分子
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-PG4 / #4: 化合物 | ChemComp-DMS / #5: 化合物 | ChemComp-JHW / #6: 化合物 | ChemComp-EPE / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.89 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.75 詳細: 31% PEG 400, 0.25 M lithium sulfate and 0.1 M Tris, pH 8.75 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→49.04 Å / Num. obs: 47406 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 35.9 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.098 / Rrim(I) all: 0.173 / Net I/σ(I): 6.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.573 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 6853 / CC1/2: 0.661 / Rpim(I) all: 0.448 / Rrim(I) all: 0.794 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4yll 解像度: 2.9→49.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 33.589 / SU ML: 0.3 / SU R Cruickshank DPI: 0.3218 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.368 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 117.76 Å2 / Biso mean: 48.558 Å2 / Biso min: 10.12 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.9→49.04 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→2.975 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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