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- PDB-6qu1: Crystal structure of the KAP1 RBCC domain in complex with the SMA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qu1
タイトルCrystal structure of the KAP1 RBCC domain in complex with the SMARCAD1 CUE1 domain at 3.7 angstrom resolution.
要素
  • SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A containing DEAD/H box 1
  • Transcription intermediary factor 1-beta,Transcription intermediary factor 1-beta
キーワードLIGASE / TRIM28 / transcriptional co-repressor / CUE domain / Ubuiquitin
機能・相同性
機能・相同性情報


convergent extension involved in axis elongation / Krueppel-associated box domain binding / embryonic placenta morphogenesis / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / forked DNA-dependent helicase activity / suppression of viral release by host / regulation of DNA recombination / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / chromosome separation ...convergent extension involved in axis elongation / Krueppel-associated box domain binding / embryonic placenta morphogenesis / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / forked DNA-dependent helicase activity / suppression of viral release by host / regulation of DNA recombination / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / chromosome separation / chromo shadow domain binding / DNA double-strand break processing / nucleosome array spacer activity / four-way junction helicase activity / genomic imprinting / Generic Transcription Pathway / ATP-dependent chromatin remodeler activity / SUMO transferase activity / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / nuclear replication fork / protein sumoylation / epithelial to mesenchymal transition / heterochromatin / embryo implantation / SUMOylation of transcription cofactors / positive regulation of DNA repair / ubiquitin binding / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / promoter-specific chromatin binding / euchromatin / RING-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of protein import into nucleus / RNA polymerase II transcription regulator complex / HCMV Early Events / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / transcription corepressor activity / site of double-strand break / chromatin organization / DNA helicase / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / protein kinase activity / chromatin remodeling / innate immune response / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / chromatin binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription intermediary factor 1-beta / TIF1-beta, RING finger, HC subclass / : / : / zinc-RING finger domain / Ubiquitin system component CUE / CUE domain profile. / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / B-box zinc finger ...Transcription intermediary factor 1-beta / TIF1-beta, RING finger, HC subclass / : / : / zinc-RING finger domain / Ubiquitin system component CUE / CUE domain profile. / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Ring finger / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Helicase conserved C-terminal domain / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription intermediary factor 1-beta / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A containing DEAD/H box 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Newman, J.A. / Aitkenhead, H. / Gavard, A. / Lim, M. / Williams, H.L. / Svejstrup, J.Q. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Gileadi, O.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: A Ubiquitin-Binding Domain that Binds a Structural Fold Distinct from that of Ubiquitin.
著者: Lim, M. / Newman, J.A. / Williams, H.L. / Masino, L. / Aitkenhead, H. / Gravard, A.E. / Gileadi, O. / Svejstrup, J.Q.
履歴
登録2019年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription intermediary factor 1-beta,Transcription intermediary factor 1-beta
D: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A containing DEAD/H box 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5906
ポリマ－41,3282
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area180 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area26600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.496, 64.496, 287.986
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Transcription intermediary factor 1-beta,Transcription intermediary factor 1-beta / TIF1-beta / E3 SUMO-protein ligase TRIM28 / KRAB-associated protein 1 / KAP-1 / KRAB-interacting ...TIF1-beta / E3 SUMO-protein ligase TRIM28 / KRAB-associated protein 1 / KAP-1 / KRAB-interacting protein 1 / KRIP-1 / Nuclear corepressor KAP-1 / RING finger protein 96 / RING-type E3 ubiquitin transferase TIF1-beta / Tripartite motif-containing protein 28


分子量: 35985.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The protein is a construct with an internal deletion of residues 141-202,The protein is a construct with an internal deletion of residues 141-202,The protein is a construct with an internal ...詳細: The protein is a construct with an internal deletion of residues 141-202,The protein is a construct with an internal deletion of residues 141-202,The protein is a construct with an internal deletion of residues 141-202,The protein is a construct with an internal deletion of residues 141-202,The protein is a construct with an internal deletion of residues 141-202,The protein is a construct with an internal deletion of residues 141-202
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM28, KAP1, RNF96, TIF1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13263, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質・ペプチド SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A containing DEAD/H box 1 / ATP-dependent helicase 1 / hHEL1


分子量: 5343.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCAD1, KIAA1122 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H4L7, DNA helicase
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25 % PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→29.431 Å / Num. obs: 7157 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.2 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.235 / Rpim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 3.7→4.14 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 2.081 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1948 / CC1/2: 0.816 / Rpim(I) all: 0.805 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6H3A

6h3a


解像度: 3.7→29.431 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.23
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3464 565 7.5 %
Rwork0.2997 --
obs0.3036 7061 98.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→29.431 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2440 0 4 0 2444
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032477
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6783344
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.2881531
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039389
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005430
LS精密化 シェル解像度: 3.7→3.895 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3752 --
Rwork0.386 --
all-1687 -
obs--96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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