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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qq8 | ||||||
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タイトル | Cryogenic temperature structure of the fluorescent protein Cerulean recorded after an accumulated dose of 290 kGy | ||||||
![]() | Green fluorescent protein | ||||||
![]() | FLUORESCENT PROTEIN / tryptophan-based chromophore / Cerulean / hydrogen atoms | ||||||
機能・相同性 | Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Green fluorescent protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gotthard, G. / Aumonier, S. / Royant, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Specific radiation damage is a lesser concern at room temperature. 著者: Gotthard, G. / Aumonier, S. / De Sanctis, D. / Leonard, G. / von Stetten, D. / Royant, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 68.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 49.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 425.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 426.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6qq9C ![]() 6qqaC ![]() 6qqbC ![]() 6qqcC ![]() 6qqdC ![]() 6qqeC ![]() 6qqfC ![]() 6qqhC ![]() 6qqiC ![]() 6qqjC ![]() 6qqkC ![]() 6qsaC ![]() 2wsoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26789.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: GFP / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100mM HEPES pH 7.0, 12% PEG8000, 100mM MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月1日 |
放射 | モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.46→46.82 Å / Num. obs: 39910 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 28.345 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 24.07 |
反射 シェル | 解像度: 1.46→1.5 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.56 / Num. unique obs: 2939 / CC1/2: 0.724 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2WSO 解像度: 1.46→46.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 1.355 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.035 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.46→46.81 Å
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拘束条件 |
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