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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qld | ||||||||||||
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タイトル | Structure of inner kinetochore CCAN-Cenp-A complex | ||||||||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / inner kinetochore / DNA / nucleosome | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() 2-micrometer circle DNA / 2-micrometer plasmid partitioning / negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation involved in reciprocal meiotic recombination / COMA complex / maintenance of meiotic sister chromatid cohesion / HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / Mis6-Sim4 complex / centromere complex assembly / meiotic sister chromatid segregation ...2-micrometer circle DNA / 2-micrometer plasmid partitioning / negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation involved in reciprocal meiotic recombination / COMA complex / maintenance of meiotic sister chromatid cohesion / HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / Mis6-Sim4 complex / centromere complex assembly / meiotic sister chromatid segregation / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / ascospore formation / spindle attachment to meiosis I kinetochore / HATs acetylate histones / RNA polymerase I upstream activating factor complex / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / attachment of spindle microtubules to kinetochore / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / centromeric DNA binding / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / CENP-A containing chromatin assembly / HDACs deacetylate histones / outer kinetochore / protein localization to chromosome, centromeric region / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / kinetochore assembly / condensed chromosome, centromeric region / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / spindle pole body / protein localization to kinetochore / replication fork protection complex / Oxidative Stress Induced Senescence / RMTs methylate histone arginines / postreplication repair / SUMOylation of chromatin organization proteins / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / mitotic sister chromatid segregation / Estrogen-dependent gene expression / rRNA transcription / DNA replication initiation / localization / Ub-specific processing proteases / protein localization to CENP-A containing chromatin / CENP-A containing nucleosome / heterochromatin organization / nucleosomal DNA binding / mitotic spindle organization / meiotic cell cycle / chromosome segregation / kinetochore / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / cell division / DNA repair / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / structural molecule activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.15 Å | ||||||||||||
![]() | Yan, K. / Yang, J. / Zhang, Z. / McLaughlin, S.H. / Chang, L. / Fasci, D. / Heck, A.J.R. / Barford, D. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the inner kinetochore CCAN complex assembled onto a centromeric nucleosome. 著者: Kaige Yan / Jing Yang / Ziguo Zhang / Stephen H McLaughlin / Leifu Chang / Domenico Fasci / Ann E Ehrenhofer-Murray / Albert J R Heck / David Barford / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: In eukaryotes, accurate chromosome segregation in mitosis and meiosis maintains genome stability and prevents aneuploidy. Kinetochores are large protein complexes that, by assembling onto specialized ...In eukaryotes, accurate chromosome segregation in mitosis and meiosis maintains genome stability and prevents aneuploidy. Kinetochores are large protein complexes that, by assembling onto specialized Cenp-A nucleosomes, function to connect centromeric chromatin to microtubules of the mitotic spindle. Whereas the centromeres of vertebrate chromosomes comprise millions of DNA base pairs and attach to multiple microtubules, the simple point centromeres of budding yeast are connected to individual microtubules. All 16 budding yeast chromosomes assemble complete kinetochores using a single Cenp-A nucleosome (Cenp-A), each of which is perfectly centred on its cognate centromere. The inner and outer kinetochore modules are responsible for interacting with centromeric chromatin and microtubules, respectively. Here we describe the cryo-electron microscopy structure of the Saccharomyces cerevisiae inner kinetochore module, the constitutive centromere associated network (CCAN) complex, assembled onto a Cenp-A nucleosome (CCAN-Cenp-A). The structure explains the interdependency of the constituent subcomplexes of CCAN and shows how the Y-shaped opening of CCAN accommodates Cenp-A to enable specific CCAN subunits to contact the nucleosomal DNA and histone subunits. Interactions with the unwrapped DNA duplex at the two termini of Cenp-A are mediated predominantly by a DNA-binding groove in the Cenp-L-Cenp-N subcomplex. Disruption of these interactions impairs assembly of CCAN onto Cenp-A. Our data indicate a mechanism of Cenp-A nucleosome recognition by CCAN and how CCAN acts as a platform for assembly of the outer kinetochore to link centromeres to the mitotic spindle for chromosome segregation. | ||||||||||||
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 802.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 820.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 81.2 KB | 表示 | |
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アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Inner kinetochore subunit ... , 12種, 12分子 CHIKLNOPQUYZ
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2754.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MIF2, YKL089W / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: ![]() |
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#3: タンパク質 | 分子量: 15815.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM16, YPR046W / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 47222.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CTF3, CHL3, YLR381W / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 14082.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM22, YJR135C, J2122 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 27644.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: IML3, MCM19, YBR107C, YBR0836 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 51642.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CHL4, CTF17, MCM17, YDR254W, YD9320A.04 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 24746.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM21, CTF5, YDR318W / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 31659.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CTF19, MCM18, YPL018W, LPB13W / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 27358.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: OKP1, YGR179C / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: ![]() |
#12: タンパク質 | 分子量: 22157.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: AME1, ARP100, YBR211C, YBR1458 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: ![]() |
#13: タンパク質 | 分子量: 26875.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NKP1, YDR383C / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: ![]() |
#14: タンパク質 | 分子量: 17631.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NKP2, YLR315W / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: ![]() |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 GJ
#2: DNA鎖 | 分子量: 38030.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#5: DNA鎖 | 分子量: 38510.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-Histone H3-like centromeric protein ... , 2種, 2分子 ae
#15: タンパク質 | 分子量: 10535.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CSE4, CSL2, YKL049C, YKL262 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#18: タンパク質 | 分子量: 13715.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CSE4, CSL2, YKL049C, YKL262 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-タンパク質 , 5種, 6分子 bfdghi
#16: タンパク質 | 分子量: 8897.329 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: HHF1, YBR009C, YBR0122, HHF2, YNL030W, N2752 / 発現宿主: ![]() ![]() #17: タンパク質 | | 分子量: 10342.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: HTB2, H2B2, YBL002W, YBL0104 / 発現宿主: ![]() ![]() #19: タンパク質 | | 分子量: 11546.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: HTA1, H2A1, SPT11, YDR225W, YD9934.10 / 発現宿主: ![]() ![]() #20: タンパク質 | | 分子量: 10413.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: HTB1, H2B1, SPT12, YDR224C, YD9934.09C / 発現宿主: ![]() ![]() #21: タンパク質 | | 分子量: 11190.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: HTA1, H2A1, SPT11, YDR225W, YD9934.10 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 32 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 145783 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 4.15 Å / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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