[日本語] English
万見
- PDB-3w1k: Crystal structure of the selenocysteine synthase SelA and tRNASec... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w1k
タイトルCrystal structure of the selenocysteine synthase SelA and tRNASec complex
要素
  • L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
  • selenocysteine tRNA
キーワードTRANSFERASE/RNA / protein-RNA complex / homodecamer / pentamer of dimers / fold-type I pyridoxal 5'-phosphate (PLP) dependent enzyme / non-canonical tRNA / L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase / selenocysteine synthesis / selenium metabolism / TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


L-seryl-tRNASec selenium transferase / L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase activity / conversion of seryl-tRNAsec to selenocys-tRNAsec / selenocysteine incorporation / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase / L-seryl-tRNA selenium transferase-like / L-seryl-tRNA selenium transferase / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
Thermoanaerobacter tengcongensis MB4 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 7.5 Å
データ登録者Itoh, Y. / Sekine, S. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Decameric SelA-tRNA(Sec) ring structure reveals mechanism of bacterial selenocysteine formation
著者: Itoh, Y. / Brocker, M.J. / Sekine, S. / Hammond, G. / Suetsugu, S. / Soll, D. / Yokoyama, S.
履歴
登録2012年11月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
B: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
C: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
D: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
E: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
F: selenocysteine tRNA
G: selenocysteine tRNA
H: selenocysteine tRNA
I: selenocysteine tRNA
J: selenocysteine tRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)407,08610
ポリマ－407,08610
非ポリマー00
水00
1
A: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
B: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
C: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
D: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
E: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
F: selenocysteine tRNA
G: selenocysteine tRNA
H: selenocysteine tRNA
I: selenocysteine tRNA
J: selenocysteine tRNA

A: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
B: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
C: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
D: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
E: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
F: selenocysteine tRNA
G: selenocysteine tRNA
H: selenocysteine tRNA
I: selenocysteine tRNA
J: selenocysteine tRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)814,17220
ポリマ－814,17220
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)148.553, 355.972, 165.495
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.41, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase / Selenocysteine synthase / Sec synthase / Selenocysteinyl-tRNA(Sec) synthase


分子量: 50925.160 Da / 分子数: 5 / 変異: K19A, K21A, K46A, K48A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: selA / プラスミド: pET25b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3)
参照: UniProt: O67140, L-seryl-tRNASec selenium transferase
#2: RNA鎖
selenocysteine tRNA


分子量: 30492.035 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
詳細: The tRNASec from Thermoanaerobacter tengcongensis MB4 was prepared by in vitro transcription with T7 RNA polymerase.
由来: (合成) Thermoanaerobacter tengcongensis MB4 (バクテリア)
参照: GenBank: 20671658

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 35% ethylene glycol, 95mM NaNO3, 20mM Tris-HCl, 0.2M NaCl, 10mM MgCl2, 3mM 2-mercaptoethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 7.5→50 Å / Num. all: 9956 / Num. obs: 9777 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 250 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 7.5→7.77 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.712 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / Num. unique all: 990 / Rsym value: 0.712 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
CNS1.3精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W1H

3w1h


解像度: 7.5→49.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 7615012.16 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 475 4.9 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.194 9754 98.2 %-
all-9933 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 314.482 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 525.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-185.25 Å2-0 Å268.26 Å2
2---71.44 Å20 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error1.12 Å0.8 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a1.78 Å1.08 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 7.5→49.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17875 9785 0 0 27660
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.11
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it9.291.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it15.732
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it20.942
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it32.382.5
LS精密化 シェル解像度: 7.5→7.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.044 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 83 5.2 %
Rwork0.349 1509 -
obs--97 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep_add_LLP.paramprotein_add_LLP.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る