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- PDB-6ymx: CIII2/CIV respiratory supercomplex from Saccharomyces cerevisiae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ymx
タイトルCIII2/CIV respiratory supercomplex from Saccharomyces cerevisiae
要素
  • (Cytochrome b-c1 complex subunit ...) x 11
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 12
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
キーワードELECTRON TRANSPORT / Complex / CIII / CIV / Supercomplex
機能・相同性
機能・相同性情報


matrix side of mitochondrial inner membrane / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / Respiratory electron transport / mitochondrial respirasome assembly / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial respiratory chain complex IV / mitochondrial respiratory chain complex III / cytochrome-c oxidase ...matrix side of mitochondrial inner membrane / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / Respiratory electron transport / mitochondrial respirasome assembly / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial respiratory chain complex IV / mitochondrial respiratory chain complex III / cytochrome-c oxidase / mitochondrial respirasome / quinol-cytochrome-c reductase / cellular respiration / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / proton transmembrane transport / aerobic respiration / nuclear periphery / mitochondrial membrane / mitochondrial intermembrane space / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / proteolysis / zinc ion binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase subunit VII, budding yeast / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa, fungal / Cytochrome b-c1 complex subunit 10, fungi / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex subunit (QCR10) / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily ...Cytochrome c oxidase subunit VII, budding yeast / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa, fungal / Cytochrome b-c1 complex subunit 10, fungi / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex subunit (QCR10) / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome b / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / : / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6PH / Chem-7PH / Chem-8PE / Chem-9PE / Chem-CN3 / Chem-CN5 / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME-A ...Chem-6PH / Chem-7PH / Chem-8PE / Chem-9PE / Chem-CN3 / Chem-CN5 / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME-A / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Chem-UQ6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial / Cytochrome b / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 8, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 26, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Berndtsson, J. / Rathore, S. / Ott, M.
資金援助 スウェーデン, 4件
組織認可番号国
Swedish Research Council2014-4116 スウェーデン
Swedish Research Council2018-03694 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation2017.0091 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation2013.0006 スウェーデン
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2020
タイトル: Respiratory supercomplexes enhance electron transport by decreasing cytochrome c diffusion distance.
著者: Jens Berndtsson / Andreas Kohler / Sorbhi Rathore / Lorena Marin-Buera / Hannah Dawitz / Jutta Diessl / Verena Kohler / Antoni Barrientos / Sabrina Büttner / Flavia Fontanesi / Martin Ott /
要旨: Respiratory chains are crucial for cellular energy conversion and consist of multi-subunit complexes that can assemble into supercomplexes. These structures have been intensively characterized in ...Respiratory chains are crucial for cellular energy conversion and consist of multi-subunit complexes that can assemble into supercomplexes. These structures have been intensively characterized in various organisms, but their physiological roles remain unclear. Here, we elucidate their function by leveraging a high-resolution structural model of yeast respiratory supercomplexes that allowed us to inhibit supercomplex formation by mutation of key residues in the interaction interface. Analyses of a mutant defective in supercomplex formation, which still contains fully functional individual complexes, show that the lack of supercomplex assembly delays the diffusion of cytochrome c between the separated complexes, thus reducing electron transfer efficiency. Consequently, competitive cellular fitness is severely reduced in the absence of supercomplex formation and can be restored by overexpression of cytochrome c. In sum, our results establish how respiratory supercomplexes increase the efficiency of cellular energy conversion, thereby providing an evolutionary advantage for aerobic organisms.
履歴
登録2020年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10847
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: Cytochrome c oxidase subunit 1
b: Cytochrome c oxidase subunit 2
c: Cytochrome c oxidase subunit 3
d: Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial
e: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
f: Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial
g: Cytochrome c oxidase subunit 7, mitochondrial
h: Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial
i: Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial
j: Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial
k: Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial
m: Cytochrome c oxidase subunit 26, mitochondrial
A: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
B: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
C: Cytochrome b
D: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
E: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
F: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
G: Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial
H: Cytochrome b-c1 complex subunit 8, mitochondrial
I: Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial
L: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
M: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
N: Cytochrome b
O: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
P: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
Q: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
R: Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial
S: Cytochrome b-c1 complex subunit 8, mitochondrial
T: Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial
U: Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial
V: Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)669,78770
ポリマ－646,59032
非ポリマー23,19738
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area161880 Å2
ΔGint-1265 kcal/mol
Surface area217880 Å2
手法PISA

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要素

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Cytochrome c oxidase subunit ... , 12種, 12分子 abcdefghijkm

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase polypeptide I


分子量: 58316.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P00401, cytochrome-c oxidase
#2: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase polypeptide II


分子量: 26779.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P00410, cytochrome-c oxidase
#3: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase polypeptide III


分子量: 30252.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P00420, cytochrome-c oxidase
#4: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide IV


分子量: 12694.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P04037
#5: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide Va


分子量: 14324.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P00424
#6: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VI


分子量: 11725.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P00427
#7: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VII


分子量: 6410.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P10174
#8: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIII


分子量: 5737.735 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P04039
#9: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIA


分子量: 6241.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P07255
#10: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIb


分子量: 9225.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q01519
#11: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa


分子量: 13306.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P32799
#12: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 26, mitochondrial


分子量: 4347.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q2V2P9

-
Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 11種, 16分子 ALBMEPFGRHSIQTUV

#13: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Complex III subunit 1 / Core protein I / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase core protein 1 / ...Complex III subunit 1 / Core protein I / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase core protein 1 / Ubiquinol-cytochrome c reductase 44 kDa protein


分子量: 47459.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P07256
#14: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Complex III subunit 2 / Core protein II / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase core protein 2


分子量: 38751.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P07257
#17: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Complex III subunit 5 / Rieske iron-sulfur protein / RISP / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase ...Complex III subunit 5 / Rieske iron-sulfur protein / RISP / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase iron-sulfur subunit


分子量: 20122.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P08067, quinol-cytochrome-c reductase
#18: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Complex III subunit 6 / Complex III subunit VI / Cytochrome c1 non-heme 17 kDa protein / ...Complex III subunit 6 / Complex III subunit VI / Cytochrome c1 non-heme 17 kDa protein / Mitochondrial hinge protein / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 6 / Ubiquinol-cytochrome c reductase 17 kDa protein


分子量: 8854.792 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P00127
#19: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial / Complex III subunit 7 / Complex III subunit VII / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 7 / ...Complex III subunit 7 / Complex III subunit VII / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 7 / Ubiquinol-cytochrome c reductase 14 kDa protein


分子量: 14452.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P00128
#20: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 8, mitochondrial / Complex III subunit 8 / Complex III subunit VII / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 8 / ...Complex III subunit 8 / Complex III subunit VII / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 8 / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 11 kDa protein / Ubiquinone-binding protein QP-C


分子量: 10856.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P08525
#21: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial / Complex III subunit 9 / Complex III subunit X / Cytochrome c1 non-heme 7.3 kDa protein / Ubiquinol- ...Complex III subunit 9 / Complex III subunit X / Cytochrome c1 non-heme 7.3 kDa protein / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome c reductase 7.3 kDa protein


分子量: 6214.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P22289
#22: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Complex III subunit 6 / Complex III subunit VI / Cytochrome c1 non-heme 17 kDa protein / ...Complex III subunit 6 / Complex III subunit VI / Cytochrome c1 non-heme 17 kDa protein / Mitochondrial hinge protein / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 6 / Ubiquinol-cytochrome c reductase 17 kDa protein


分子量: 8983.905 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P00127
#23: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial / Complex III subunit 9 / Complex III subunit X / Cytochrome c1 non-heme 7.3 kDa protein / Ubiquinol- ...Complex III subunit 9 / Complex III subunit X / Cytochrome c1 non-heme 7.3 kDa protein / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome c reductase 7.3 kDa protein


分子量: 6230.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P22289
#24: タンパク質・ペプチド Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial / Complex III subunit 10 / Complex III subunit XI / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 10 ...Complex III subunit 10 / Complex III subunit XI / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 10 / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8.5 kDa protein


分子量: 4920.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P37299
#25: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial / Complex III subunit 10 / Complex III subunit XI / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 10 ...Complex III subunit 10 / Complex III subunit XI / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 10 / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8.5 kDa protein


分子量: 5750.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P37299

-
タンパク質 , 2種, 4分子 CNDO

#15: タンパク質 Cytochrome b / Complex III subunit 3 / Complex III subunit CYTB / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 ...Complex III subunit 3 / Complex III subunit CYTB / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Cytochrome b-c1 complex subunit CYTB / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase complex cytochrome b subunit


分子量: 43686.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P00163, quinol-cytochrome-c reductase
#16: タンパク質 Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Complex III subunit 4 / Complex III subunit IV / Cytochrome b-c1 complex subunit 4 / Ubiquinol- ...Complex III subunit 4 / Complex III subunit IV / Cytochrome b-c1 complex subunit 4 / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase cytochrome c1 subunit / Cytochrome c-1


分子量: 27807.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P07143, quinol-cytochrome-c reductase

-
非ポリマー , 15種, 38分子

#26: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#27: 化合物 ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#28: 化合物
ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#29: 化合物 ChemComp-CN3 / (2R,5S,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-2-(nonanoyloxy)-5,11-dioxido-16-oxo-14-[(propanoyloxy)methyl]-4,6,10,12,15-pentaoxa-5,11-diphosphanonadec-1-yl undecanoate / CARDIOLIPIN


分子量: 834.862 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H68O17P2
#30: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2
#31: 化合物
ChemComp-PCF / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#32: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#33: 化合物 ChemComp-6PH / (1R)-2-(phosphonooxy)-1-[(tridecanoyloxy)methyl]ethyl pentadecanoate / PHOSPHATIDIC ACID


分子量: 592.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H61O8P
#34: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#35: 化合物 ChemComp-8PE / (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl octadecanoate / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 691.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H74NO8P / コメント: リン脂質*YM
#36: 化合物 ChemComp-CN5 / (5S,11R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphaoctadec-1-yl pentadecanoate / CARDIOLIPIN


分子量: 634.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H52O13P2
#37: 化合物 ChemComp-UQ6 / 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL


分子量: 592.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H60O4
#38: 化合物 ChemComp-9PE / (1R)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(heptanoyloxy)methyl]ethyl octadecanoate / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 593.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H60NO8P / コメント: リン脂質*YM
#39: 化合物 ChemComp-7PH / (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate / PHOSPHATIDIC ACID


分子量: 564.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H57O8P
#40: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Respiratroy supercopmlex CIII2/CIV / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#25 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: W303-1b / Organelle: Mitochondria
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMTrisC4H11NO31
2150 mMSodium chlorideNaCl1
30.1 %DigitoninC56H92O291
41 mMphenylmethylsulfonyl fluorideC7H7FO2S1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -3 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.4 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 8775
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
10cryoSPARC2初期オイラー角割当
11cryoSPARC2最終オイラー角割当
12cryoSPARC2分類
13cryoSPARC2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 647805
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 201223 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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