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- PDB-6qim: Structure of AtPIP2;4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qim
タイトルStructure of AtPIP2;4
要素Probable aquaporin PIP2-4
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Aquaporin / hydrogen peroxide transport
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrogen peroxide transmembrane transport / root hair elongation / plasmodesma / water channel activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable aquaporin PIP2-4
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Schoebel, S. / Wang, H.
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Biomembr / 年: 2020
タイトル: Characterization of aquaporin-driven hydrogen peroxide transport.
著者: Wang, H. / Schoebel, S. / Schmitz, F. / Dong, H. / Hedfalk, K.
履歴
登録2019年1月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source
Item: _citation.journal_volume / _citation.year ..._citation.journal_volume / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable aquaporin PIP2-4
B: Probable aquaporin PIP2-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5122
ポリマ－55,5122
非ポリマー00
水00
1
A: Probable aquaporin PIP2-4
B: Probable aquaporin PIP2-4

A: Probable aquaporin PIP2-4
B: Probable aquaporin PIP2-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,0254
ポリマ－111,0254
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
Buried area12300 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area34240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)218.985, 218.985, 100.637
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Probable aquaporin PIP2-4 / Plasma membrane intrinsic protein 2.4 / AtPIP2 / 4


分子量: 27756.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: synthetic gene
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PIP2-4, At5g60660, MUP24.9 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / Variant (発現宿主): x33 / 参照: UniProt: Q9FF53

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 1.5 M sodium formate, 0.05 M sodium cacodylate pH 5.5, 30% (v/v) PEG400, 3% w/v 6-Aminohexanoic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→48.636 Å / Num. obs: 15438 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 14.2 % / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 3.7→3.8 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHASERPhenix位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JC6

4jc6


解像度: 3.7→48.636 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 42.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3561 1541 10 %
Rwork0.3277 --
obs0.3307 15409 98.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→48.636 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3649 0 0 0 3649
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043747
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8095113
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7241245
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03585
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005639
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7001-3.81950.35371360.36751234X-RAY DIFFRACTION99
3.8195-3.95590.40011330.39341193X-RAY DIFFRACTION96
3.9559-4.11420.31861360.3581224X-RAY DIFFRACTION98
4.1142-4.30140.43211390.33641246X-RAY DIFFRACTION99
4.3014-4.5280.38311380.33431242X-RAY DIFFRACTION99
4.528-4.81150.33751390.33481254X-RAY DIFFRACTION99
4.8115-5.18260.34541390.32381252X-RAY DIFFRACTION99
5.1826-5.70340.45941410.33721280X-RAY DIFFRACTION100
5.7034-6.5270.38311430.37281283X-RAY DIFFRACTION99
6.527-8.21690.29181430.3041284X-RAY DIFFRACTION98
8.2169-48.63980.34431540.30321376X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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