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- PDB-5bn2: Room Temperature Structure of Pichia pastoris aquaporin at 1.3 A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bn2
タイトルRoom Temperature Structure of Pichia pastoris aquaporin at 1.3 A
要素AQY1 protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / aquaporin / transmembrane channel / water transport / room temperature crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


water channel activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Komagataella pastoris (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Fischer, G. / Kosinska Eriksson, U. / Hedfalk, K. / Neutze, R.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
European Research CouncilMArie Curie Training Network "Aqua(glycero)porins" スウェーデン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Room Temperature Structure of Pichia pastoris aquaporin at 1.3 A
著者: Fischer, G. / Aponte Santamaria, C. / Kosinska Eriksson, U. / Hedfalk, K. / deGroot, B. / Neutze, R.
履歴
登録2015年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月10日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AQY1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3365
ポリマ－29,9321
非ポリマー4034
水1,76598
1
A: AQY1 protein
ヘテロ分子

A: AQY1 protein
ヘテロ分子

A: AQY1 protein
ヘテロ分子

A: AQY1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,34320
ポリマ－119,7304
非ポリマー1,61316
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area22050 Å2
ΔGint-246 kcal/mol
Surface area32700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.487, 92.487, 81.191
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

CL

21A-498-

HOH

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要素

#1: タンパク質 AQY1 protein / aquaporin


分子量: 29932.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella pastoris (菌類) / 遺伝子: AQY1, PP7435_Chr3-0430 / プラスミド: ppiczB
詳細 (発現宿主): stably introduced into genome through homologous recombination
発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: F2QVG4
#2: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.59 % / 解説: cube
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 26% PEG600, 100 MM TRIS (PH=8.0), 200 MM CACL2

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
Ambient temp details: room temperature, data collected in loop with plastic capillaries (Mitegen RT system)
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-5 / 波長: 0.9083 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9083 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→34.49 Å / Num. all: 83459 / Num. obs: 83459 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 12.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3zoj

3zoj


解像度: 1.3→34.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 1.259 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.031 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14261 4176 5 %RANDOM
Rwork0.11406 ---
obs0.11551 79248 99.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.505 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.3→34.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1983 0 19 98 2100
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0192136
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022010
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.91.9372933
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97434593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9525275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.41222.02579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.60715287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.949159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0212469
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02548
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3321.4271079
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.271.4241078
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5762.1521361
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5982.1541362
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.4981.8691057
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.4971.8691057
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.2822.671573
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.37913.4342622
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.37913.4352622
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.50434146
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free44.168540
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded16.01654130
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 321 -
Rwork0.221 5863 -
obs--99.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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