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- PDB-6qid: Crystal structure of DEAH-box ATPase Prp43-S387A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qid
タイトルCrystal structure of DEAH-box ATPase Prp43-S387A
要素Prp43
キーワードHYDROLASE / Splicing / DEAH / ATPase / helicase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid binding / RNA helicase activity / hydrolase activity / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DHX15, DEXH-box helicase domain / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. ...DHX15, DEXH-box helicase domain / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / RNA helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.204 Å
データ登録者Hamann, F. / Ficner, R. / Enders, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for RNA translocation by DEAH-box ATPases.
著者: Hamann, F. / Enders, M. / Ficner, R.
履歴
登録2019年1月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年7月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prp43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,83724
ポリマ－80,4381
非ポリマー2,39923
水12,683704
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5710 Å2
ΔGint-175 kcal/mol
Surface area31620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.820, 105.450, 119.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Prp43


分子量: 80437.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
遺伝子: CTHT_0005780 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta II / 参照: UniProt: G0RY84

-
非ポリマー , 8種, 727分子

#2: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 704 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100mM HEPES pH 7, 3% PEG4000, 35% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 200K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→35.614 Å / Num. obs: 57004 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.474 % / Biso Wilson estimate: 36.44 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 1.076 / Net I/σ(I): 20.81
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.2-2.34.1980.5662.5165870.8190.64693
2.3-2.45.10.4483.6359740.9070.5100
2.4-2.65.4780.3165.2493400.9490.35100
2.6-2.86.0120.2237.7968880.9770.244100
2.8-3.16.650.13912.6673160.9920.151100
3.1-3.68.0550.07624.5774050.9980.081100
3.6-4.29.8640.04641.5549030.9990.049100
4.2-512.4280.03658.88343710.038100
5-615.5030.0459.97212010.041100
6-815.0020.03566.51171710.036100
8-1014.1880.02293.4663310.022100
10-2012.6620.01996.8260010.019100
20-508.9880.0271.278410.02291.3
35.614-50

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LTJ

5ltj


解像度: 2.204→35.614 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2081 2850 5 %
Rwork0.1836 54135 -
obs0.1849 56985 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 115.01 Å2 / Biso mean: 36.912 Å2 / Biso min: 13.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.204→35.614 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5601 0 149 704 6454
Biso mean--68.2 45.88 -
残基数----703
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2041-2.24210.28291330.27022515264894
2.2421-2.28290.25861410.247726792820100
2.2829-2.32680.28121400.230426582798100
2.3268-2.37420.26341420.231827022844100
2.3742-2.42590.24941400.21626682808100
2.4259-2.48230.25941430.217527022845100
2.4823-2.54430.24381410.212626792820100
2.5443-2.61310.23251420.209426982840100
2.6131-2.690.2691400.200826732813100
2.69-2.77680.21761430.203827062849100
2.7768-2.8760.24911410.200626892830100
2.876-2.99110.23151430.194927172860100
2.9911-3.12710.21091420.195726952837100
3.1271-3.29190.22861430.185427212864100
3.2919-3.49790.19111430.17527132856100
3.4979-3.76780.18481430.156427202863100
3.7678-4.14640.15751450.149827432888100
4.1464-4.74520.1611450.145227552900100
4.7452-5.97390.20271470.16728022949100
5.9739-35.61880.17631530.177129003053100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.8609 Å / Origin y: 218.868 Å / Origin z: 41.6579 Å
111213212223313233
T0.1456 Å2-0.0053 Å2-0.0096 Å2-0.1191 Å2-0.0066 Å2--0.1816 Å2
L0.1864 °20.0191 °20.036 °2-0.3346 °20.4257 °2--1.3001 °2
S0.005 Å °0.0111 Å °-0.0138 Å °0.0083 Å °0.013 Å °-0.0111 Å °0.0005 Å °0.0387 Å °-0.0035 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA60 - 762
2X-RAY DIFFRACTION1allA1301 - 2601
3X-RAY DIFFRACTION1allA2701 - 2901
4X-RAY DIFFRACTION1allA3001
5X-RAY DIFFRACTION1allA3101
6X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 3
7X-RAY DIFFRACTION1allB5 - 6
8X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 765
9X-RAY DIFFRACTION1allC1
10X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 2
11X-RAY DIFFRACTION1allE1
12X-RAY DIFFRACTION1allF1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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