+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6i3o | ||||||
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Title | Crystal structure of DEAH-box ATPase Prp22 | ||||||
Components | Putative pre-mRNA splicing factor | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Splicing / DEAH / ATPase / helicase | ||||||
Function / homology | Function and homology information spliceosomal complex disassembly / catalytic step 2 spliceosome / RNA helicase activity / hydrolase activity / RNA helicase / RNA binding / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Chaetomium thermophilum (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 3.25 Å | ||||||
Authors | Hamann, F. / Ficner, R. | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2019 Title: Structural basis for RNA translocation by DEAH-box ATPases. Authors: Hamann, F. / Enders, M. / Ficner, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6i3o.cif.gz | 476.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6i3o.ent.gz | 394.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6i3o.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6i3o_validation.pdf.gz | 444.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6i3o_full_validation.pdf.gz | 468.5 KB | Display | |
Data in XML | 6i3o_validation.xml.gz | 41.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6i3o_validation.cif.gz | 56.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/6i3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/6i3o | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6i3pC 6qicC 6qidC 6qieC 6fa5S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: 549 - 1177 / Label seq-ID: 4 - 632
|
-Components
#1: Protein | Mass: 76396.719 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (fungus) Strain: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / Gene: CTHT_0035640 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: G0S700 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 100mM Bis-Tris propane pH6.5, 400mM K-Thiocyanate, 20% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 0.9919 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 16, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9919 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.25→86.06 Å / Num. obs: 22460 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 5.205 % / Biso Wilson estimate: 76.354 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rrim(I) all: 0.126 / Χ2: 1.042 / Net I/σ(I): 12.04 / Num. measured all: 116904 / Scaling rejects: 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6fa5 Resolution: 3.25→86.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 78.219 / SU ML: 0.548 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.574 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 233.92 Å2 / Biso mean: 103.034 Å2 / Biso min: 41.94 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.25→86.06 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 16030 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Rms dev position: 0.2 Å / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 3.251→3.336 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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