+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6qid | ||||||
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Title | Crystal structure of DEAH-box ATPase Prp43-S387A | ||||||
Components | Prp43 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Splicing / DEAH / ATPase / helicase | ||||||
Function / homology | Function and homology information spliceosomal complex / RNA helicase activity / hydrolase activity / RNA helicase / RNA binding / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Chaetomium thermophilum (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.204 Å | ||||||
Authors | Hamann, F. / Ficner, R. / Enders, M. | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2019 Title: Structural basis for RNA translocation by DEAH-box ATPases. Authors: Hamann, F. / Enders, M. / Ficner, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6qid.cif.gz | 336.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6qid.ent.gz | 268.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6qid.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/6qid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/6qid | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6i3oC 6i3pC 6qicC 6qieC 5ltjS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 80437.961 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (fungus) Gene: CTHT_0005780 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Rosetta II / References: UniProt: G0RY84 |
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-Non-polymers , 8 types, 727 molecules
#2: Chemical | ChemComp-MPD / ( #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Chemical | ChemComp-MG / | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-ADP / | #8: Chemical | ChemComp-BEF / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.47 Å3/Da / Density % sol: 64.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 100mM HEPES pH 7, 3% PEG4000, 35% MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SEALED TUBE / Type: RIGAKU MICROMAX-003 / Wavelength: 1.54187 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 R 200K-A / Detector: PIXEL / Date: Dec 18, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54187 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→35.614 Å / Num. obs: 57004 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 7.474 % / Biso Wilson estimate: 36.44 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 1.076 / Net I/σ(I): 20.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5LTJ Resolution: 2.204→35.614 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 20.93 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 115.01 Å2 / Biso mean: 36.912 Å2 / Biso min: 13.53 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.204→35.614 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 1.8609 Å / Origin y: 218.868 Å / Origin z: 41.6579 Å
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Refinement TLS group |
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