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- PDB-6qdv: Human post-catalytic P complex spliceosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qdv
タイトルHuman post-catalytic P complex spliceosome
要素
  • (Pre-mRNA-processing factor ...) x 2
  • (Pre-mRNA-splicing factor ...) x 6
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...) x 6
  • (U2 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 2
  • (U5 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 2
  • 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
  • ATP-dependent RNA helicase DHX8
  • Cactin
  • Cell division cycle 5-like protein
  • Crooked neck-like protein 1
  • Eukaryotic initiation factor 4A-III, N-terminally processed
  • Intron lariat: MINX RNA
  • Intron-binding protein aquarius
  • Ligated exons: MINX mRNA
  • NF-kappa-B-activating protein
  • PRKR-interacting protein 1
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1
  • Pleiotropic regulator 1
  • Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
  • Protein BUD31 homolog
  • Protein FAM32A
  • Protein mago nashi homolog 2
  • RNA-binding protein 8A
  • Replication stress response regulator SDE2
  • SNW domain-containing protein 1
  • Serine/arginine repetitive matrix protein 2
  • Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
  • Spliceosome-associated protein CWC15 homolog
  • U2 snRNA
  • U5 snRNA
  • U6 snRNA
キーワードSPLICING / spliceosome / RNA / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


second spliceosomal transesterification activity / exon-exon junction subcomplex mago-y14 / negative regulation of selenocysteine incorporation / regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / cellular response to selenite ion / selenocysteine insertion sequence binding / exon-exon junction complex / pre-mRNA 3'-splice site binding / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway ...second spliceosomal transesterification activity / exon-exon junction subcomplex mago-y14 / negative regulation of selenocysteine incorporation / regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / cellular response to selenite ion / selenocysteine insertion sequence binding / exon-exon junction complex / pre-mRNA 3'-splice site binding / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / granulocyte differentiation / post-mRNA release spliceosomal complex / renal system process / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / histone pre-mRNA DCP binding / 3'-5' RNA helicase activity / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / U7 snRNP / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / histone pre-mRNA 3'end processing complex / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / regulation of mRNA processing / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / negative regulation of interleukin-8 production / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / Deadenylation of mRNA / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / nuclear retinoic acid receptor binding / embryonic brain development / protein methylation / oocyte development / embryonic cranial skeleton morphogenesis / U12-type spliceosomal complex / alternative mRNA splicing, via spliceosome / poly(A) binding / 7-methylguanosine cap hypermethylation / negative regulation of interferon-beta production / U1 snRNP binding / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / mRNA 3'-end processing / methylosome / RNA splicing, via transesterification reactions / ATP-dependent activity, acting on RNA / pICln-Sm protein complex / C2H2 zinc finger domain binding / U2-type catalytic step 1 spliceosome / pre-mRNA binding / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / snRNP binding / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / host-mediated activation of viral transcription / spliceosomal tri-snRNP complex / P granule / telomerase holoenzyme complex / U2-type precatalytic spliceosome / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / commitment complex / telomerase RNA binding / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type spliceosomal complex / nuclear vitamin D receptor binding / U2-type prespliceosome assembly / Notch binding / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / U2-type catalytic step 2 spliceosome / RUNX3 regulates NOTCH signaling / positive regulation of neurogenesis / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / U4 snRNP / RNA Polymerase II Transcription Termination / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / U2 snRNP / U1 snRNP / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / U2-type prespliceosome / inner cell mass cell proliferation / WD40-repeat domain binding / protein peptidyl-prolyl isomerization / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / nuclear androgen receptor binding / snoRNA binding / precatalytic spliceosome / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / Notch-HLH transcription pathway / lipid biosynthetic process / hematopoietic stem cell proliferation
類似検索 - 分子機能
NF-kappa-B-activating protein, C-terminal / NF-kappa-B-activating protein / NF-kappa-B-activating protein C-terminal domain / NF-kappa-B-activating protein / : / Vertebrate Splicing regulator sde2, N-terminal ubiquitin domain / Protein FAM32A / Cactin, central domain / Cactin, C-terminal / FAM32A ...NF-kappa-B-activating protein, C-terminal / NF-kappa-B-activating protein / NF-kappa-B-activating protein C-terminal domain / NF-kappa-B-activating protein / : / Vertebrate Splicing regulator sde2, N-terminal ubiquitin domain / Protein FAM32A / Cactin, central domain / Cactin, C-terminal / FAM32A / Cactus-binding C-terminus of cactin protein / Conserved mid region of cactin / PRKR-interacting protein 1 / Protein of unknown function (DUF1168) / : / Splicing regulator SDE2, SDE2 domain / Pre-mRNA-splicing factor SLU7 domain / Pre-mRNA-splicing factor SLU7 / Pre-mRNA splicing Prp18-interacting factor / DHX8/ Prp22, DEXH-box helicase domain / Mago nashi protein / RNA-binding motif protein 8 / RBM8, RNA recognition motif / Mago nashi superfamily / Mago nashi protein / : / : / HAT (Half-A-TPR) repeat / : / Prp19 WD40 domain / : / : / Intron-binding protein aquarius, beta-barrel / Intron-binding protein aquarius insert domain / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Breast carcinoma amplified sequence 2 (BCAS2) / CWF11 family / Intron-binding protein aquarius, N-terminal / Intron-binding protein aquarius N-terminal / mRNA splicing factor SYF2 / SYF2 splicing factor / Cactus-binding C-terminus of cactin protein / : / Replication stress response SDE2 C-terminal / : / : / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'', RNA recognition motif 2 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'', RNA recognition motif 1 / mRNA splicing factor Cwf21 domain / cwf21 domain / Pre-mRNA-processing factor 17 / : / Pre-mRNA-splicing factor 19 / Pre-mRNA-processing factor 19 / : / Prp19/Pso4-like / : / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 middle HAT repeat / G10 protein signature 2. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin A-like / U-box domain / BUD31/G10-related, conserved site / G10 protein signature 1. / : / STL11, N-terminal / : / Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CRNKL1 C-terminal HAT repeat / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / AAA domain / SKI-interacting protein SKIP, SNW domain / SKI-interacting protein, SKIP / SKIP/SNW domain / : / Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CNRKL1 N-terminal HAT repeat / Pre-mRNA-splicing factor Cwf15/Cwc15 / Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / WD repeat Prp46/PLRG1-like / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / : / G10 protein / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA splicing factor component Cdc5p/Cef1, C-terminal / : / : / pre-mRNA splicing factor component / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / DNA2/NAM7-like helicase / : / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / MIF4G domain / Small ribonucleoprotein associated, SmB/SmN / Myb-like DNA-binding domain / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Spt5 C-terminal domain / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / Small nuclear ribonucleoprotein D1
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Pleiotropic regulator 1 / RNA helicase aquarius ...ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Pleiotropic regulator 1 / RNA helicase aquarius / Pre-mRNA-processing factor 17 / U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Pre-mRNA-splicing factor SLU7 / Pre-mRNA-splicing factor SYF2 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / Eukaryotic initiation factor 4A-III / Protein BUD31 homolog / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / SNW domain-containing protein 1 / ATP-dependent RNA helicase DHX8 / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Splicing regulator SDE2 / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / NF-kappa-B-activating protein / Splicing factor Cactin / Protein mago nashi homolog 2 / U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein / Cell division cycle 5-like protein / Crooked neck-like protein 1 / PRKR-interacting protein 1 / Pre-mRNA-splicing factor CWC22 homolog / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 / Pre-mRNA-splicing factor RBM22 / Spliceosome-associated protein CWC15 homolog / Pre-mRNA-processing factor 19 / Serine/arginine repetitive matrix protein 2 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1 / Protein FAM32A / RNA-binding protein 8A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human adenovirus 2 (ヒトアデノウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Fica, S.M. / Oubridge, C. / Wilkinson, M.E. / Newman, A.J. / Nagai, K.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105184330 英国
European Research CouncilAdG-693087-SPLICE3D
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: A human postcatalytic spliceosome structure reveals essential roles of metazoan factors for exon ligation.
著者: Sebastian M Fica / Chris Oubridge / Max E Wilkinson / Andrew J Newman / Kiyoshi Nagai /
要旨: During exon ligation, the spliceosome recognizes the 3'-splice site (3'SS) of precursor messenger RNA (pre-mRNA) through non-Watson-Crick pairing with the 5'SS and the branch adenosine, in a ...During exon ligation, the spliceosome recognizes the 3'-splice site (3'SS) of precursor messenger RNA (pre-mRNA) through non-Watson-Crick pairing with the 5'SS and the branch adenosine, in a conformation stabilized by Prp18 and Prp8. Here we present the 3.3-angstrom cryo-electron microscopy structure of a human postcatalytic spliceosome just after exon ligation. The 3'SS docks at the active site through conserved RNA interactions in the absence of Prp18. Unexpectedly, the metazoan-specific FAM32A directly bridges the 5'-exon and intron 3'SS of pre-mRNA and promotes exon ligation, as shown by functional assays. CACTIN, SDE2, and NKAP-factors implicated in alternative splicing-further stabilize the catalytic conformation of the spliceosome during exon ligation. Together these four proteins act as exon ligation factors. Our study reveals how the human spliceosome has co-opted additional proteins to modulate a conserved RNA-based mechanism for 3'SS selection and to potentially fine-tune alternative splicing at the exon ligation stage.
履歴
登録2019年1月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references
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改定 2.02020年10月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_poly / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
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改定 2.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.02024年9月11日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
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改定 3.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4525
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
2: U2 snRNA
5: U5 snRNA
6: U6 snRNA
7: Eukaryotic initiation factor 4A-III, N-terminally processed
8: RNA-binding protein 8A
9: Protein mago nashi homolog 2
A: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
B: U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase
C: 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
D: PRKR-interacting protein 1
E: Ligated exons: MINX mRNA
F: Cactin
G: Protein FAM32A
H: Pre-mRNA-splicing factor CWC22 homolog
I: Intron lariat: MINX RNA
J: Pleiotropic regulator 1
K: SNW domain-containing protein 1
L: Protein BUD31 homolog
M: Pre-mRNA-splicing factor RBM22
N: U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein
O: Cell division cycle 5-like protein
P: Spliceosome-associated protein CWC15 homolog
R: Serine/arginine repetitive matrix protein 2
S: Crooked neck-like protein 1
T: Pre-mRNA-splicing factor SYF1
U: Intron-binding protein aquarius
V: ATP-dependent RNA helicase DHX8
W: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
Y: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''
Z: NF-kappa-B-activating protein
b: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
c: Pre-mRNA-splicing factor SLU7
d: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
e: Small nuclear ribonucleoprotein E
f: Small nuclear ribonucleoprotein F
g: Small nuclear ribonucleoprotein G
h: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
i: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1
j: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
k: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
l: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
m: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
n: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
o: Pre-mRNA-processing factor 17
p: Small nuclear ribonucleoprotein E
q: Small nuclear ribonucleoprotein F
r: Small nuclear ribonucleoprotein G
s: Pre-mRNA-splicing factor SPF27
t: Pre-mRNA-processing factor 19
u: Pre-mRNA-processing factor 19
v: Pre-mRNA-processing factor 19
w: Pre-mRNA-processing factor 19
y: Pre-mRNA-splicing factor SYF2
z: Replication stress response regulator SDE2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,322,14372
ポリマ－2,319,78654
非ポリマー2,35718
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 256EI

#1: RNA鎖 U2 snRNA


分子量: 60459.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#2: RNA鎖 U5 snRNA


分子量: 36908.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 36515
#3: RNA鎖 U6 snRNA


分子量: 34098.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#11: RNA鎖 Ligated exons: MINX mRNA


分子量: 4437.700 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human adenovirus 2 (ヒトアデノウイルス)
#15: RNA鎖 Intron lariat: MINX RNA


分子量: 27772.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human adenovirus 2 (ヒトアデノウイルス)

-
タンパク質 , 18種, 19分子 789ACDFGJKLOPSUVbki

#4: タンパク質 Eukaryotic initiation factor 4A-III, N-terminally processed


分子量: 44691.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P38919
#5: タンパク質 RNA-binding protein 8A / Binder of OVCA1-1 / BOV-1 / RNA-binding motif protein 8A / RNA-binding protein Y14 / Ribonucleoprotein RBM8A


分子量: 10370.526 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y5S9
#6: タンパク質 Protein mago nashi homolog 2


分子量: 16929.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96A72
#7: タンパク質 Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / 220 kDa U5 snRNP-specific protein / PRP8 homolog / Splicing factor Prp8 / p220


分子量: 273974.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P2Q9
#9: タンパク質 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Elongation factor Tu GTP-binding domain-containing protein 2 / SNU114 homolog / hSNU114 / U5 snRNP- ...Elongation factor Tu GTP-binding domain-containing protein 2 / SNU114 homolog / hSNU114 / U5 snRNP-specific protein / 116 kDa / U5-116 kDa


分子量: 101231.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15029
#10: タンパク質 PRKR-interacting protein 1


分子量: 14476.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H875
#12: タンパク質 Cactin / Renal carcinoma antigen NY-REN-24


分子量: 15210.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WUQ7
#13: タンパク質 Protein FAM32A / Ovarian tumor-associated gene 12 / OTAG-12


分子量: 7269.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y421
#16: タンパク質 Pleiotropic regulator 1


分子量: 35782.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43660
#17: タンパク質 SNW domain-containing protein 1 / Nuclear protein SkiP / Nuclear receptor coactivator NCoA-62 / Ski-interacting protein


分子量: 33819.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13573
#18: タンパク質 Protein BUD31 homolog / Protein EDG-2 / Protein G10 homolog


分子量: 17032.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P41223
#21: タンパク質 Cell division cycle 5-like protein / Cdc5-like protein / Pombe cdc5-related protein


分子量: 92406.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99459
#22: タンパク質 Spliceosome-associated protein CWC15 homolog


分子量: 26674.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P013
#24: タンパク質 Crooked neck-like protein 1 / Crooked neck homolog / hCrn


分子量: 100610.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BZJ0
#26: タンパク質 Intron-binding protein aquarius / Intron-binding protein of 160 kDa / IBP160


分子量: 171502.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60306, RNA helicase
#27: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase DHX8 / DEAH box protein 8 / RNA helicase HRH1


分子量: 139522.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHX8, DDX8 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q14562, RNA helicase
#31: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / snRNP-B / Sm protein B/B' / SmB/B'


分子量: 9551.284 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14678
#38: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1 / PPIase / Rotamase PPIL1


分子量: 18055.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3C6, peptidylprolyl isomerase

-
U5 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 BN

#8: タンパク質 U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / Activating signal cointegrator 1 complex subunit 3-like 1 / BRR2 homolog / U5 snRNP-specific 200 ...Activating signal cointegrator 1 complex subunit 3-like 1 / BRR2 homolog / U5 snRNP-specific 200 kDa protein / U5-200KD


分子量: 197053.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75643, RNA helicase
#20: タンパク質 U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein / U5-40K / 38 kDa-splicing factor / Prp8-binding protein / hPRP8BP / U5 snRNP-specific 40 kDa protein ...U5-40K / 38 kDa-splicing factor / Prp8-binding protein / hPRP8BP / U5 snRNP-specific 40 kDa protein / WD repeat-containing protein 57


分子量: 34092.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96DI7

-
Pre-mRNA-splicing factor ... , 6種, 6分子 HMTcsy

#14: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC22 homolog / Nucampholin homolog / fSAPb


分子量: 105646.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HCG8
#19: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor RBM22 / RNA-binding motif protein 22 / Zinc finger CCCH domain-containing protein 16


分子量: 33156.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NW64
#25: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SYF1 / Protein HCNP / XPA-binding protein 2


分子量: 100148.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HCS7
#32: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SLU7 / hSlu7


分子量: 68510.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95391
#41: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Breast carcinoma-amplified sequence 2 / DNA amplified in mammary carcinoma 1 protein / Spliceosome- ...Breast carcinoma-amplified sequence 2 / DNA amplified in mammary carcinoma 1 protein / Spliceosome-associated protein SPF 27


分子量: 26163.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75934
#43: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SYF2 / CCNDBP1-interactor / p29


分子量: 17302.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95926

-
タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 RZz

#23: タンパク質・ペプチド Serine/arginine repetitive matrix protein 2 / 300 kDa nuclear matrix antigen / Serine/arginine-rich splicing factor-related nuclear matrix ...300 kDa nuclear matrix antigen / Serine/arginine-rich splicing factor-related nuclear matrix protein of 300 kDa / Ser/Arg-related nuclear matrix protein of 300 kDa / Splicing coactivator subunit SRm300 / Tax-responsive enhancer element-binding protein 803 / TaxREB803


分子量: 2767.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UQ35
#30: タンパク質・ペプチド NF-kappa-B-activating protein


分子量: 3321.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N5F7
#44: タンパク質・ペプチド Replication stress response regulator SDE2


分子量: 4036.538 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6IQ49

-
U2 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 WY

#28: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / U2 snRNP A'


分子量: 18697.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09661
#29: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U2 snRNP B''


分子量: 10688.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08579

-
Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 12分子 dnepfqgrhljm

#33: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3


分子量: 9460.979 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62318
#34: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E / SmE


分子量: 9582.185 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62304
#35: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein F / snRNP-F / Sm protein F / SmF


分子量: 8038.415 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62306
#36: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / SmG


分子量: 8160.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62308
#37: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D1 / Sm-D autoantigen / snRNP core protein D1


分子量: 9086.731 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62314
#39: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / snRNP core protein D2


分子量: 13551.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62316

-
Pre-mRNA-processing factor ... , 2種, 5分子 otuvw

#40: タンパク質 Pre-mRNA-processing factor 17 / Cell division cycle 40 homolog / EH-binding protein 3 / Ehb3 / PRP17 homolog / hPRP17


分子量: 59116.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60508
#42: タンパク質
Pre-mRNA-processing factor 19 / Nuclear matrix protein 200 / PRP19/PSO4 homolog / hPso4 / RING-type E3 ubiquitin transferase PRP19 ...Nuclear matrix protein 200 / PRP19/PSO4 homolog / hPso4 / RING-type E3 ubiquitin transferase PRP19 / Senescence evasion factor


分子量: 55245.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UMS4, RING-type E3 ubiquitin transferase

-
非ポリマー , 6種, 18分子

#45: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#46: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#47: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#48: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#49: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#50: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Human post-catalytic P complex spliceosomeCOMPLEX#1-#440MULTIPLE SOURCES
2Human post-catalytic P complex spliceosomeCOMPLEX#1-#10, #12-#14, #16-#26, #28-#441NATURAL
3ATP-dependent RNA helicase DHX8COMPLEX#271RECOMBINANT
4MINX introns and exonsCOMPLEX#11, #151RECOMBINANT
分子量値: 3.0 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Homo sapiens (ヒト)9606
34Human adenovirus 2 (ヒトアデノウイルス)10515
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
13Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
24synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.9
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES1
2100 mMKCl1
30.2 mMEDTA1
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: 3 uL sample was applied to the grid, left for 25s, then blotted for 2.5-3.5s and immediately plunged into liquid ethane.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 135000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 53 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6200
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
9PHENIX1.14モデル精密化
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 103860 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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