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- PDB-6qba: Crystal Structure of Retinol-Binding Protein 4 (RBP4) in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qba
タイトルCrystal Structure of Retinol-Binding Protein 4 (RBP4) in complex with non-retinoid ligand A1120 and engineered binding scaffold
要素
  • DNA-binding protein 7a
  • Retinol-binding protein 4
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Lipocalin / RBP4 / Retinol binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Retinoid metabolism disease events / urinary bladder development / embryonic organ morphogenesis / embryonic retina morphogenesis in camera-type eye / retinol transport / female genitalia morphogenesis / retinol transmembrane transporter activity / maintenance of gastrointestinal epithelium / embryonic skeletal system development / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation ...Retinoid metabolism disease events / urinary bladder development / embryonic organ morphogenesis / embryonic retina morphogenesis in camera-type eye / retinol transport / female genitalia morphogenesis / retinol transmembrane transporter activity / maintenance of gastrointestinal epithelium / embryonic skeletal system development / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / eye development / heart trabecula formation / retinal binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / cardiac muscle tissue development / retinol metabolic process / retinol binding / positive regulation of immunoglobulin production / Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / vagina development / uterus development / response to retinoic acid / Retinoid metabolism and transport / RNA endonuclease activity / visual perception / gluconeogenesis / lung development / positive regulation of insulin secretion / glucose homeostasis / heart development / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Retinol binding protein/Purpurin / DNA-binding 7kDa protein / 7kD DNA-binding domain / Lipocalin, ApoD type / Lipocalin family conserved site / Chromo-like domain superfamily / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Calycin ...Retinol binding protein/Purpurin / DNA-binding 7kDa protein / 7kD DNA-binding domain / Lipocalin, ApoD type / Lipocalin family conserved site / Chromo-like domain superfamily / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2T1 / ACETATE ION / IMIDAZOLE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Retinol-binding protein 4 / DNA-binding protein 7a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Mlynek, G. / Brey, C.U. / Djinovic-Carugo, K. / Puehringer, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: A conformation-specific ON-switch for controlling CAR T cells with an orally available drug.
著者: Zajc, C.U. / Dobersberger, M. / Schaffner, I. / Mlynek, G. / Puhringer, D. / Salzer, B. / Djinovic-Carugo, K. / Steinberger, P. / De Sousa Linhares, A. / Yang, N.J. / Obinger, C. / Holter, W. ...著者: Zajc, C.U. / Dobersberger, M. / Schaffner, I. / Mlynek, G. / Puhringer, D. / Salzer, B. / Djinovic-Carugo, K. / Steinberger, P. / De Sousa Linhares, A. / Yang, N.J. / Obinger, C. / Holter, W. / Traxlmayr, M.W. / Lehner, M.
履歴
登録2018年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinol-binding protein 4
B: DNA-binding protein 7a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,28213
ポリマ－28,1832
非ポリマー1,09911
水3,765209
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area12260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.456, 77.614, 80.509
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Retinol-binding protein 4 / Plasma retinol-binding protein / RBP


分子量: 21251.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBP4, PRO2222 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P02753
#2: タンパク質 DNA-binding protein 7a / 7 kDa DNA-binding protein a / Endoribonuclease P2 / p7ss


分子量: 6930.735 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌)
遺伝子: sso7a1, sso7d-2, SSO9180, sso7a2, sso7d-3, SSO9535
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P61991, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ

-
非ポリマー , 6種, 220分子

#3: 化合物 ChemComp-2T1 / 2-[({4-[2-(trifluoromethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)amino]benzoic acid / A-1120


分子量: 392.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19F3N2O3
#4: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.63 % / 解説: 15x15x300 um
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Zn acetate 0.1 M imidazole pH 8 20% PEG 3K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.968 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月29日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40.25 Å / Num. obs: 26332 / % possible obs: 99.27 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 28.59 Å2 / Net I/σ(I): 9.65
反射 シェル解像度: 1.8→1.913 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.88 / Num. unique obs: 4317 / Rrim(I) all: 1.98 / % possible all: 99.68

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3353精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
EDNAデータ収集
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4O9S, 1XYI

4o9s

1xyi


解像度: 1.8→40.25 Å / SU ML: 0.2346 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.1867
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2207 1679 6.38 %
Rwork0.1881 --
obs0.1901 26327 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 36.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1906 0 67 209 2182
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00672012
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90972704
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0508272
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044355
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.96731170
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.850.34731320.33742035X-RAY DIFFRACTION99.36
1.85-1.910.32191400.31172009X-RAY DIFFRACTION100
1.91-1.980.27461490.26712024X-RAY DIFFRACTION99.77
1.98-2.060.25951300.24462030X-RAY DIFFRACTION99.68
2.06-2.150.25621370.23052050X-RAY DIFFRACTION99.73
2.15-2.270.2431370.21792042X-RAY DIFFRACTION99.95
2.27-2.410.24021430.2012050X-RAY DIFFRACTION99.86
2.41-2.60.21181360.19032040X-RAY DIFFRACTION98.24
2.6-2.860.22841300.17561972X-RAY DIFFRACTION95.2
2.86-3.270.18721490.15942067X-RAY DIFFRACTION99.91
3.27-4.120.19481450.15592106X-RAY DIFFRACTION100
4.12-40.260.20751510.17072223X-RAY DIFFRACTION99.75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6739307351140.229487203059-1.316305157932.729074255931.021961356353.57712105622-0.2360687941590.7855194903820.477269958127-0.4296739352960.08984950460980.792411559724-0.558228067881-0.575683979558-0.4834618133070.322095329399-0.0559453215319-0.09149214195770.5847484481820.1584544633460.2633524438486.5479935781537.665342873416.8030906076
23.75860579152-2.63779205814-1.327660874274.461878024841.189583644812.65313961383-0.08685900658380.03637952809050.175144147291-0.1550491869910.2170308235440.270800900251-0.127666278736-0.394314972484-0.08266110745330.282827999579-0.0270713697684-0.02439832526810.273841610160.03797792682240.3069824575868.2952283216930.540043209332.0466053735
32.45237795391.091298486381.405579620662.73476009329-1.363739043562.56545178965-0.112076656230.0460179899736-0.358759474505-0.2259295901490.0360630764068-0.2399530545740.1911773931080.4440479027740.1387504972230.2492721321330.0327992283394-0.0174281686780.2794171626850.008903475448540.28706659219919.747760463927.743218527931.7780770402
42.97076389474-2.367970497040.9281498291171.90474461969-0.7019023053110.695970470574-0.001275412854750.134860937740.6348558158120.265022876404-0.06725671161690.351187054925-0.695085225733-0.0488641162962-0.1239376201760.4452263082130.05181715081220.001233568895510.2301748717140.03454130555830.4868492058918.2632901284547.127122423133.9742731362
52.44936553299-1.870720854310.8823557939684.00138310719-1.834186757691.64831373213-0.129581683523-0.231286048975-0.0990308554370.1595867187860.2356984473970.43445827695-0.118188271714-0.219453522802-0.1481647181220.210713587516-0.00497922081999-0.02773854410970.184792164270.009608552343480.26182747311519.835455255430.462849564538.5694886255
61.12677623876-0.5419955325530.05503501859852.51307746859-1.464148412072.55540702311-0.128661030722-0.1990662618590.2399457840940.2882182025350.273334988830.0110313900498-0.332648788496-0.201085751176-0.1879081292420.25632505199-0.0163836723352-0.01714498395620.128660474168-0.0004084504805390.30717581659918.894570303337.502410252336.4930012838
74.30231451749-1.294898215662.923641262551.01187090718-1.307646903934.61794096279-0.1811233245610.5221641673710.8220221504790.0913045506922-0.0956124228195-0.126769529111-0.4774186812360.2117703199630.3084926855860.342751883541-0.0189330164108-0.04013435145890.2705385004630.1326181571630.45146708053315.42743328144.647503140124.630880043
82.12344078315-0.8050484766051.289321961261.0398410103-1.193413546813.46343003712-0.258440001930.01790795277030.267529201433-0.05801390182040.1152183874720.00494346387579-0.380665348831-0.1950208387250.1038270479750.2679415090120.0112416755966-0.02239244148890.2138424793150.01099455528490.29876967739517.898231107738.711928164729.2438111406
91.317028225560.229532772411-0.194665646571.16619846501-0.5195391022281.48966122511-0.14670710530.2765018216820.140806316477-0.1480090214170.1477683333490.0901303956665-0.0106245340657-0.10139394224-0.02489701713930.254659361325-0.0368952734512-0.04099946499240.2655124346110.05436901686090.25353569285310.891799069232.098807846423.6676431674
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 21 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 30 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 31 through 41 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 42 through 52 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 53 through 66 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 67 through 79 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 80 through 92 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 93 through 109 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 110 through 145 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 146 through 158 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 159 through 168 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 169 through 176 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 1 through 7 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 8 through 14 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 15 through 20 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 21 through 42 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 43 through 51 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 52 through 61 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る