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万見
- PDB-6q6e: Structural and functional insights into the condensin ATPase cycle -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q6e
タイトルStructural and functional insights into the condensin ATPase cycle
要素Condensin complex subunit 2,Structural maintenance of chromosomes protein,Structural maintenance of chromosomes protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Condensin / cohesin / SMC protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


condensin complex / mitotic chromosome condensation / chromosome condensation / chromosome segregation / chromosome / cell division / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Smc2, ATP-binding cassette domain / Condensin complex subunit 2/barren / Condensin complex subunit 2 / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural maintenance of chromosomes protein / Condensin complex subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Simon, B. / Hassler, M. / Haering, C.H. / Hennig, J.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of an Asymmetric Condensin ATPase Cycle.
著者: Hassler, M. / Shaltiel, I.A. / Kschonsak, M. / Simon, B. / Merkel, F. / Tharichen, L. / Bailey, H.J. / Macosek, J. / Bravo, S. / Metz, J. / Hennig, J. / Haering, C.H.
履歴
登録2018年12月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Condensin complex subunit 2,Structural maintenance of chromosomes protein,Structural maintenance of chromosomes protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2001
ポリマ－25,2001
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR relaxation measurement
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area14920 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Condensin complex subunit 2,Structural maintenance of chromosomes protein,Structural maintenance of chromosomes protein


分子量: 25200.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0053810, CTHT_0033000 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: G0SBJ6, UniProt: G0S5H7

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
113isotropic13D HNCA
123isotropic13D HN(CA)CB
133isotropic13D HN(CO)CA
143isotropic13D HN(COCA)CB
151isotropic13D 1H-15N NOESY
161isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
182isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
172isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ct Smc2 Brn1 fusion protein, 90% H2O/10% D2O13C_15N_sample90% H2O/10% D2O
solution20.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ct Smc2 Brn1 fusion protein, 100% D2O13C_15N_sample_D2O100% D2O
solution30.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N;U-100% 2H] Ct Smc2 Brn1 fusion protein, 90% H2O/10% D2O2H_13C_15N_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMCt Smc2 Brn1 fusion protein[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.6 mMCt Smc2 Brn1 fusion protein[U-100% 13C; U-100% 15N]2
0.4 mMCt Smc2 Brn1 fusion protein[U-100% 13C; U-100% 15N;U-100% 2H]3
試料状態詳細: 10 mM Na/K phosphate, 50 mM NaCl, 1 mM DTT / イオン強度: 50 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.2Brunger A. T. et.al.structure calculation
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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