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万見
- PDB-6q3v: Crystal structure of Human N4BP1 KH domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q3v
タイトルCrystal structure of Human N4BP1 KH domains
要素NEDD4-binding protein 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / N4BP1 KH domains
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cytokine production / negative regulation of viral genome replication / regulation of innate immune response / RNA nuclease activity / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of protein ubiquitination / ubiquitin binding / Regulation of NF-kappa B signaling / PML body / cellular response to UV ...negative regulation of cytokine production / negative regulation of viral genome replication / regulation of innate immune response / RNA nuclease activity / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of protein ubiquitination / ubiquitin binding / Regulation of NF-kappa B signaling / PML body / cellular response to UV / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / innate immune response / mRNA binding / nucleolus / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
N4BP1, UBA-like domain / N4BP1, first type I KH-domain / N4BP1, second type I KH-domain / N4BP1, C-terminal UBA domain / Ribonuclease Zc3h12a-like, NYN domain / : / Zc3h12a-like Ribonuclease NYN domain
類似検索 - ドメイン・相同性
NEDD4-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.882 Å
データ登録者Garg, A. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Human N4BP1 KH domains
著者: Garg, A. / Heinemann, U.
履歴
登録2018年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEDD4-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8471
ポリマ－20,8471
非ポリマー00
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.690, 108.690, 27.727
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-305-

HOH

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要素

#1: タンパク質 NEDD4-binding protein 1 / N4BP1


分子量: 20846.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: N4BP1, KIAA0615 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75113
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.76 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月5日
放射モノクロメーター: Se / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.882→47.06 Å / Num. obs: 15568 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 6.51 % / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 19.78
反射 シェル解像度: 1.882→1.95 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
Cootモデル構築
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.882→35.577 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 779 5 %
Rwork0.1806 --
obs0.1831 15566 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 166.88 Å2 / Biso mean: 47.8727 Å2 / Biso min: 21.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.882→35.577 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1434 0 0 106 1540
Biso mean---50.75 -
残基数----188
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061490
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9512021
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038232
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004266
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.376561
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8823-2.00020.34571280.28052420254899
2.0002-2.15460.25321280.211524442572100
2.1546-2.37140.25531270.196724182545100
2.3714-2.71450.20951300.196324692599100
2.7145-3.41950.26851310.189224722603100
3.4195-35.58350.1981350.153325642699100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.88730.8863-0.76297.12910.75496.1533-0.04360.50760.5164-0.2219-0.0405-0.209-0.26510.27710.07850.2166-0.0006-0.08080.24650.05450.21347.050643.834621.3305
28.5315-0.09620.78541.2551-0.25891.51820.05860.1594-0.76940.150.010.13580.1376-0.1344-0.05040.29-0.00660.04290.2228-0.04280.327430.909426.130622.9914
32.3118-1.89750.31447.56140.27427.5597-0.0041-0.0571-0.03890.503-0.00580.57880.2073-0.38750.0470.239-0.01720.07520.2768-0.0340.298213.998330.469424.3617
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 68 )A-1 - 68
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 69 through 135)A69 - 135
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 136 through 186 )A136 - 186

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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