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- PDB-6q2n: Cryo-EM structure of RET/GFRa1/GDNF extracellular complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q2n
タイトルCryo-EM structure of RET/GFRa1/GDNF extracellular complex
要素
  • GDNF family receptor alpha-1
  • Glial cell line-derived neurotrophic factor
  • Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
キーワードSIGNALING PROTEIN / RET / receptor tyrosine kinase / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


chemoattractant activity involved in axon guidance / mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / dorsal spinal cord development / positive regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / ureteric bud formation / positive regulation of ureteric bud formation / regulation of semaphorin-plexin signaling pathway / postganglionic parasympathetic fiber development / : / glial cell-derived neurotrophic factor receptor activity ...chemoattractant activity involved in axon guidance / mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / dorsal spinal cord development / positive regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / ureteric bud formation / positive regulation of ureteric bud formation / regulation of semaphorin-plexin signaling pathway / postganglionic parasympathetic fiber development / : / glial cell-derived neurotrophic factor receptor activity / glial cell-derived neurotrophic factor receptor binding / postsynaptic membrane organization / Peyer's patch morphogenesis / GDF15-GFRAL signaling pathway / positive regulation of metanephric glomerulus development / ureter maturation / embryonic epithelial tube formation / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / lymphocyte migration into lymphoid organs / posterior midgut development / regulation of morphogenesis of a branching structure / neurotrophin receptor activity / membrane protein proteolysis / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / Formation of the ureteric bud / positive regulation of neuron maturation / neuron cell-cell adhesion / Formation of the nephric duct / enteric nervous system development / peristalsis / positive regulation of dopamine secretion / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / sympathetic nervous system development / peripheral nervous system development / organ induction / innervation / commissural neuron axon guidance / plasma membrane protein complex / metanephros development / neuron maturation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / NCAM1 interactions / regulation of stem cell differentiation / mRNA stabilization / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / neural crest cell migration / extrinsic component of membrane / ureteric bud development / regulation of axonogenesis / branching involved in ureteric bud morphogenesis / response to pain / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / RET signaling / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of cell size / embryonic organ development / regulation of cell adhesion / cellular response to retinoic acid / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / NPAS4 regulates expression of target genes / multivesicular body / axon guidance / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / adult locomotory behavior / kidney development / positive regulation of cell differentiation / growth factor activity / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of neuron projection development / receptor tyrosine kinase binding / male gonad development / neuron projection development / integrin binding / MAPK cascade / cell migration / nervous system development / signaling receptor activity / regulation of gene expression / retina development in camera-type eye / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / negative regulation of neuron apoptotic process / early endosome / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction
類似検索 - 分子機能
Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor, alpha 1 / Glial cell line-derived neurotrophic factor / : / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor, alpha 1/2 / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor / GDNF receptor alpha / Glial cell line-derived neurotrophic factor family / GDNF/GAS1 / GDNF/GAS1 domain / GDNF/GAS1 domain ...Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor, alpha 1 / Glial cell line-derived neurotrophic factor / : / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor, alpha 1/2 / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor / GDNF receptor alpha / Glial cell line-derived neurotrophic factor family / GDNF/GAS1 / GDNF/GAS1 domain / GDNF/GAS1 domain / Tyrosine-protein kinase, Ret receptor / Tyrosine-protein kinase receptor Ret, cadherin like domain 3 / Ret, cadherin like domain 1 / RET, cadherin-like domain 4 / : / RET Cadherin like domain 1 / RET Cadherin like domain 3 / RET Cadherin like domain 4 / RET, Cysteine Rich Domain / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily / Cystine-knot cytokine / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret / Glial cell line-derived neurotrophic factor / GDNF family receptor alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Li, J. / Shang, G.J. / Chen, Y.J. / Brautigam, C.A. / Liou, J. / Zhang, X.W. / Bai, X.C.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM analyses reveal the common mechanism and diversification in the activation of RET by different ligands.
著者: Jie Li / Guijun Shang / Yu-Ju Chen / Chad A Brautigam / Jen Liou / Xuewu Zhang / Xiao-Chen Bai /
要旨: RET is a receptor tyrosine kinase (RTK) that plays essential roles in development and has been implicated in several human diseases. Different from most of RTKs, RET requires not only its cognate ...RET is a receptor tyrosine kinase (RTK) that plays essential roles in development and has been implicated in several human diseases. Different from most of RTKs, RET requires not only its cognate ligands but also co-receptors for activation, the mechanisms of which remain unclear due to lack of high-resolution structures of the ligand/co-receptor/receptor complexes. Here, we report cryo-EM structures of the extracellular region ternary complexes of GDF15/GFRAL/RET, GDNF/GFRα1/RET, NRTN/GFRα2/RET and ARTN/GFRα3/RET. These structures reveal that all the four ligand/co-receptor pairs, while using different atomic interactions, induce a specific dimerization mode of RET that is poised to bring the two kinase domains into close proximity for cross-phosphorylation. The NRTN/GFRα2/RET dimeric complex further pack into a tetrameric assembly, which is shown by our cell-based assays to regulate the endocytosis of RET. Our analyses therefore reveal both the common mechanism and diversification in the activation of RET by different ligands.
履歴
登録2019年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20575
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glial cell line-derived neurotrophic factor
C: GDNF family receptor alpha-1
E: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
B: Glial cell line-derived neurotrophic factor
D: GDNF family receptor alpha-1
F: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,43214
ポリマ－261,1116
非ポリマー3218
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Glial cell line-derived neurotrophic factor / hGDNF / Astrocyte-derived trophic factor / ATF


分子量: 15096.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GDNF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39905
#2: タンパク質 GDNF family receptor alpha-1 / GFR-alpha-1 / RET ligand 1 / TGF-beta-related neurotrophic factor receptor 1


分子量: 46358.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GFRA1, GDNFRA, RETL1, TRNR1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P56159
#3: タンパク質 Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret / Cadherin family member 12 / Proto-oncogene c-Ret


分子量: 69100.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RET, CDHF12, CDHR16, PTC, RET51 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P07949, receptor protein-tyrosine kinase
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RET, GFRAL and GDF15 extracellular complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 200 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 46729 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 15 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 1-30

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1RELION粒子像選択
2EPU画像取得
4RELIONCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37098 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 190 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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