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万見
- PDB-6pvs: Structure of Nicotinamide N-Methyltransferase (NNMT) in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pvs
タイトルStructure of Nicotinamide N-Methyltransferase (NNMT) in complex with inhibitor LL320
要素NNMT protein
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE Inhibitor / Methyltransferase / Inhibitor / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridine N-methyltransferase activity / nicotinamide N-methyltransferase / nicotinamide N-methyltransferase activity / nicotinamide metabolic process / positive regulation of protein deacetylation / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / Methylation / : / positive regulation of gluconeogenesis / methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase, NNMT/PNMT/TEMT / Methyltransferase NNMT/PNMT/TEMT, conserved site / : / NNMT/PNMT/TEMT family / NNMT/PNMT/TEMT family of methyltransferases signature. / SAM-dependent methyltransferase NNMT/PNMT/TEMT-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P0V / Nicotinamide N-methyltransferase / NNMT protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.575 Å
データ登録者Noinaj, N. / Huang, R. / Chen, D. / Yadav, R.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM127896-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM127884-01A1 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01AI127793 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01GM117275 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)U01CA214649-01 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Novel Propargyl-Linked Bisubstrate Analogues as Tight-Binding Inhibitors for NicotinamideN-Methyltransferase.
著者: Chen, D. / Li, L. / Diaz, K. / Iyamu, I.D. / Yadav, R. / Noinaj, N. / Huang, R.
履歴
登録2019年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NNMT protein
B: NNMT protein
C: NNMT protein
D: NNMT protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,9628
ポリマ－125,8644
非ポリマー2,0984
水1,910106
1
A: NNMT protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9912
ポリマ－31,4661
非ポリマー5251
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: NNMT protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9912
ポリマ－31,4661
非ポリマー5251
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: NNMT protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9912
ポリマ－31,4661
非ポリマー5251
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: NNMT protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9912
ポリマ－31,4661
非ポリマー5251
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.230, 62.530, 108.359
Angle α, β, γ (deg.)82.720, 82.480, 68.340
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 4 through 29 or (resid 30...
21(chain B and (resid 4 through 98 or (resid 99...
31(chain C and (resid 4 through 29 or (resid 30...
41(chain D and (resid 4 through 29 or (resid 30...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYSERSER(chain A and (resid 4 through 29 or (resid 30...AA4 - 2923 - 48
12ARGARGARGARG(chain A and (resid 4 through 29 or (resid 30...AA3049
13HISHISLEULEU(chain A and (resid 4 through 29 or (resid 30...AA-9 - 26010 - 279
14HISHISLEULEU(chain A and (resid 4 through 29 or (resid 30...AA-9 - 26010 - 279
15HISHISLEULEU(chain A and (resid 4 through 29 or (resid 30...AA-9 - 26010 - 279
16HISHISLEULEU(chain A and (resid 4 through 29 or (resid 30...AA-9 - 26010 - 279
21GLYGLYLEULEU(chain B and (resid 4 through 98 or (resid 99...BB4 - 9823 - 117
22LYSLYSALAALA(chain B and (resid 4 through 98 or (resid 99...BB99 - 101118 - 120
23HISHISLEULEU(chain B and (resid 4 through 98 or (resid 99...BB-9 - 26010 - 279
24HISHISLEULEU(chain B and (resid 4 through 98 or (resid 99...BB-9 - 26010 - 279
25HISHISLEULEU(chain B and (resid 4 through 98 or (resid 99...BB-9 - 26010 - 279
26HISHISLEULEU(chain B and (resid 4 through 98 or (resid 99...BB-9 - 26010 - 279
31GLYGLYSERSER(chain C and (resid 4 through 29 or (resid 30...CC4 - 2923 - 48
32ARGARGARGARG(chain C and (resid 4 through 29 or (resid 30...CC3049
33GLYGLYLEULEU(chain C and (resid 4 through 29 or (resid 30...CC4 - 26023 - 279
34GLYGLYLEULEU(chain C and (resid 4 through 29 or (resid 30...CC4 - 26023 - 279
35GLYGLYLEULEU(chain C and (resid 4 through 29 or (resid 30...CC4 - 26023 - 279
41GLYGLYSERSER(chain D and (resid 4 through 29 or (resid 30...DD4 - 2923 - 48
42ARGARGARGARG(chain D and (resid 4 through 29 or (resid 30...DD3049
43SERSERLEULEU(chain D and (resid 4 through 29 or (resid 30...DD3 - 26022 - 279
44SERSERLEULEU(chain D and (resid 4 through 29 or (resid 30...DD3 - 26022 - 279
45SERSERLEULEU(chain D and (resid 4 through 29 or (resid 30...DD3 - 26022 - 279
46SERSERLEULEU(chain D and (resid 4 through 29 or (resid 30...DD3 - 26022 - 279

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要素

#1: タンパク質
NNMT protein / Nicotinamide N-methyltransferase / isoform CRA_a


分子量: 31466.033 Da / 分子数: 4 / 変異: K100A, E101A, E103A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NNMT, hCG_39357 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6FH49, UniProt: P40261*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-P0V / 9-(5-{[(3R)-3-amino-3-carboxypropyl][3-(3-carbamoylphenyl)prop-2-yn-1-yl]amino}-5-deoxy-alpha-D-lyxofuranosyl)-9H-purin-6-amine


分子量: 524.529 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H28N8O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M bicine, pH 9.0, and 1.6 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→52.85 Å / Num. obs: 31186 / % possible obs: 88.4 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 42.12 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rsym value: 0.16 / Net I/σ(I): 1.9
反射 シェル解像度: 2.57→2.71 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 4912 / CC1/2: 0.4 / Rsym value: 1 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
JBluIce-EPICSデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.575→52.845 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 32.3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2921 3247 6.31 %
Rwork0.2326 --
obs0.2365 31186 72.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 93.37 Å2 / Biso mean: 44.6176 Å2 / Biso min: 21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.575→52.845 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8144 0 260 106 8510
Biso mean--44.05 40.7 -
残基数----1055
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4875X-RAY DIFFRACTION14.817TORSIONAL
12B4875X-RAY DIFFRACTION14.817TORSIONAL
13C4875X-RAY DIFFRACTION14.817TORSIONAL
14D4875X-RAY DIFFRACTION14.817TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.575-2.61310.32531100.3266199470
2.6131-2.6540.37531690.3052206974
2.654-2.69750.33761350.3036214673
2.6975-2.7440.32911530.2943215175
2.744-2.79390.38421480.3075207575
2.7939-2.84760.36161560.2934228377
2.8476-2.90570.34071500.3067220478
2.9057-2.96890.34771400.2848220576
2.9689-3.0380.40141460.2772211375
3.038-3.11390.32831400.285206671
3.1139-3.19810.32511400.2759218178
3.1981-3.29220.35061670.2615227477
3.2922-3.39850.32851260.2603195471
3.3985-3.51990.33391580.2271221775
3.5199-3.66080.3063900.2301151669
3.6608-3.82740.26231040.2123167877
3.8274-4.02910.24131490.2126219077
4.0291-4.28140.27261480.1997220676
4.2814-4.61180.23091590.1799211474
4.6118-5.07560.23731430.1897209473
5.0756-5.80920.24861230.2013209972
5.8092-7.31590.3151320.2219214275
7.3159-52.8450.22861610.1787226578

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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