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- PDB-6puz: Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6puz
タイトルStructure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ446 (compound 4f)
要素
  • Chimeric Sso7d and HIV-1 integrase
  • viral DNA non-transferred strand
  • viral DNA transferred strand
キーワードVIRAL PROTEIN/DNA / integrase / intasome / transposition / VIRAL PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA endonuclease activity / DNA integration / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / endonuclease activity / DNA recombination / symbiont entry into host cell / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / DNA-binding 7kDa protein / 7kD DNA-binding domain / Chromo-like domain superfamily / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / DNA-binding 7kDa protein / 7kD DNA-binding domain / Chromo-like domain superfamily / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / SH3 type barrels. / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XXJ / DNA / DNA (> 10) / DNA-binding protein 7d / Integrase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharolobus solfataricus (古細菌)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Lyumkis, D. / Jozwik, I.K. / Passos, D.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI136680 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM069832 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI146017 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Structural basis for strand-transfer inhibitor binding to HIV intasomes.
著者: Dario Oliveira Passos / Min Li / Ilona K Jóźwik / Xue Zhi Zhao / Diogo Santos-Martins / Renbin Yang / Steven J Smith / Youngmin Jeon / Stefano Forli / Stephen H Hughes / Terrence R Burke / ...著者: Dario Oliveira Passos / Min Li / Ilona K Jóźwik / Xue Zhi Zhao / Diogo Santos-Martins / Renbin Yang / Steven J Smith / Youngmin Jeon / Stefano Forli / Stephen H Hughes / Terrence R Burke / Robert Craigie / Dmitry Lyumkis /
要旨: The HIV intasome is a large nucleoprotein assembly that mediates the integration of a DNA copy of the viral genome into host chromatin. Intasomes are targeted by the latest generation of ...The HIV intasome is a large nucleoprotein assembly that mediates the integration of a DNA copy of the viral genome into host chromatin. Intasomes are targeted by the latest generation of antiretroviral drugs, integrase strand-transfer inhibitors (INSTIs). Challenges associated with lentiviral intasome biochemistry have hindered high-resolution structural studies of how INSTIs bind to their native drug target. Here, we present high-resolution cryo-electron microscopy structures of HIV intasomes bound to the latest generation of INSTIs. These structures highlight how small changes in the integrase active site can have notable implications for drug binding and design and provide mechanistic insights into why a leading INSTI retains efficacy against a broad spectrum of drug-resistant variants. The data have implications for expanding effective treatments available for HIV-infected individuals.
履歴
登録2019年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete point assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20485
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chimeric Sso7d and HIV-1 integrase
B: Chimeric Sso7d and HIV-1 integrase
C: Chimeric Sso7d and HIV-1 integrase
D: Chimeric Sso7d and HIV-1 integrase
E: viral DNA non-transferred strand
F: viral DNA transferred strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,94011
ポリマ－185,2466
非ポリマー6945
水3,063170
1
A: Chimeric Sso7d and HIV-1 integrase
B: Chimeric Sso7d and HIV-1 integrase
C: Chimeric Sso7d and HIV-1 integrase
D: Chimeric Sso7d and HIV-1 integrase
E: viral DNA non-transferred strand
F: viral DNA transferred strand
ヘテロ分子

A: Chimeric Sso7d and HIV-1 integrase
B: Chimeric Sso7d and HIV-1 integrase
C: Chimeric Sso7d and HIV-1 integrase
D: Chimeric Sso7d and HIV-1 integrase
E: viral DNA non-transferred strand
F: viral DNA transferred strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)371,88122
ポリマ－370,49312
非ポリマー1,38810
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C2 (2回回転対称))

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Chimeric Sso7d and HIV-1 integrase / 7 kDa DNA-binding protein d / Sso7d


分子量: 42321.258 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌), (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: sso7d, sso7d-1, SSO10610 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39476, UniProt: Q76353

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DNA鎖 , 2種, 2分子 EF

#2: DNA鎖 viral DNA non-transferred strand


分子量: 8188.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
#3: DNA鎖 viral DNA transferred strand


分子量: 7773.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

-
非ポリマー , 4種, 175分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-XXJ / 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-[2-(phenylsulfonyl)ethyl]-1,8-naphthyridine-3-carboxamide


分子量: 514.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H20F2N4O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Assembly of HIV integrase and viral DNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: hiv (ヒト免疫不全ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 6.2
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMBis-Tris1
2550 mMsodium chlorideNaCl1
35 mMmagnesium chlorideMgCl1
40.5 mMTCEP1
55 % (w/v)glycerol1
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 37000 X / 倍率（補正後）: 63291 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 42 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 2072
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 80 / 利用したフレーム数/画像: 4-80

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (1.16_3549: ???) / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Warp粒子像選択
2Leginon画像取得
4WarpCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIX1.16モデル精密化
10cisTEM1初期オイラー角割当
11cisTEM1.0 beta最終オイラー角割当
12cisTEM1.0 beta分類
13cisTEM1.0 beta３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 412354
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 143698 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
13L3U

3l3u

13L3U1PDBexperimental model
21K6Y

1k6y

11K6Y2PDBexperimental model
35U1C

5u1c

15U1C3PDBexperimental model
精密化解像度: 2.8→303.36 Å / SU ML: 1.19 / 位相誤差: 61.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.5352 215480 9.96 %
Rwork0.5355 --
obs0.5355 2164399 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0075868
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.8098066
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d22.4232236
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.054882
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.007884
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.871247933.9453180809ELECTRON MICROSCOPY95
2.87-2.94771489066.143163841ELECTRON MICROSCOPY86
2.9477-3.03441.8807901.6053147930ELECTRON MICROSCOPY78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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