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- PDB-6ptr: Crystal structure of a DnaN sliding clamp (DNA polymerase III sub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ptr
タイトルCrystal structure of a DnaN sliding clamp (DNA polymerase III subunit beta) from Bartonella birtlesii bound to griselimycin
要素
  • ACE-MVA-MP8-NZC-LEU-MP8-LEU-MVA-PRO-MLU-GLY
  • Beta sliding clamp
キーワードTRANSFERASE/ANTIBIOTIC / structural genomics / NIAID / infectious disease / mycobacterium / streptomyces / natural product / broad spectrum / antibiotic / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / TRANSFERASE / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III complex / 3'-5' exonuclease activity / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / :
類似検索 - ドメイン・相同性
ACE-MVA-MP8-NZC-LEU-MP8-LEU-MVA-PRO-MLU-GLY / IODIDE ION / Beta sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種Bartonella birtlesii LL-WM9 (バクテリア)
Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a DnaN sliding clamp (DNA polymerase III subunit beta) from Bartonella birtlesii bound to griselimycin
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2019年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta sliding clamp
X: ACE-MVA-MP8-NZC-LEU-MP8-LEU-MVA-PRO-MLU-GLY
B: Beta sliding clamp
Y: ACE-MVA-MP8-NZC-LEU-MP8-LEU-MVA-PRO-MLU-GLY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,67821
ポリマ－86,9094
非ポリマー1,76817
水11,440635
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8030 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area32480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.950, 93.130, 110.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta sliding clamp


分子量: 42339.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bartonella birtlesii LL-WM9 (バクテリア)
遺伝子: ME7_01154 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J1IY24
#2: タンパク質・ペプチド ACE-MVA-MP8-NZC-LEU-MP8-LEU-MVA-PRO-MLU-GLY


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1115.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
参照: ACE-MVA-MP8-NZC-LEU-MP8-LEU-MVA-PRO-MLU-GLY
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 635 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.91 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: BabiA.17987.a.B1.PS38344 at 13.7 mg/mL with 2 mM griselimycin against PACT screen condition F3 0.2 M sodium iodide, 20% PEG 3350, 0.1 M BisTris Propane pH 6.5, supplemented with 20% EG as ...詳細: BabiA.17987.a.B1.PS38344 at 13.7 mg/mL with 2 mM griselimycin against PACT screen condition F3 0.2 M sodium iodide, 20% PEG 3350, 0.1 M BisTris Propane pH 6.5, supplemented with 20% EG as cryo-protectant, crystal tracking ID 309696f3, unique puck ID zzf8-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→42.925 Å / Num. obs: 94773 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.267 % / Biso Wilson estimate: 30.795 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 20.87 / Num. measured all: 593906 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.75-1.86.3680.4723.9343515702668330.9060.51497.3
1.8-1.846.3770.374.9942718689066990.9450.40297.2
1.84-1.96.3590.2866.4441457667765190.9630.31197.6
1.9-1.966.3230.2078.6840166650963520.9780.22697.6
1.96-2.026.3220.16610.6839021630161720.9870.18198
2.02-2.096.3080.13213.1737819612759950.990.14397.8
2.09-2.176.290.10715.7736409588957880.9940.11698.3
2.17-2.266.2960.09118.0635152568155830.9950.198.3
2.26-2.366.2960.07621.133792546753670.9960.08398.2
2.36-2.476.2950.06623.4932306519751320.9970.07298.7
2.47-2.616.2850.062630834496349060.9980.06598.9
2.61-2.776.2820.05229.1729375472946760.9980.05798.9
2.77-2.966.2620.04632.4927507444143930.9980.0598.9
2.96-3.26.2530.04135.8125726415341140.9990.04599.1
3.2-3.56.1930.03640.0723547382738020.9990.0499.3
3.5-3.916.170.03442.6721341348334590.9990.03899.3
3.91-4.526.1280.03244.4118923310330880.9990.03599.5
4.52-5.536.0420.03144.9615825263126190.9990.03499.5
5.53-7.835.850.03443.3712169208620800.9980.03799.7
7.83-42.9255.2710.03342.776304123011960.9980.03797.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX(1.16_3546: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DEG

6deg


解像度: 1.75→42.925 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2065 2033 2.15 %
Rwork0.1779 --
obs0.1785 94701 98.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 96.81 Å2 / Biso mean: 30.4497 Å2 / Biso min: 12.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→42.925 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5843 0 35 641 6519
Biso mean--45.81 40.43 -
残基数----764
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.75-1.79070.27131320.2348604197
1.7907-1.83550.2745980.2217604897
1.8355-1.88510.27781390.2084606397
1.8851-1.94060.21461070.1914610198
1.9406-2.00320.25391150.1921610898
2.0032-2.07480.22551320.1932610898
2.0748-2.15790.21651500.1845609498
2.1579-2.25610.22931330.1863617298
2.2561-2.3750.21411410.1828614198
2.375-2.52380.22591560.1869618199
2.5238-2.71870.22281330.1869618199
2.7187-2.99220.21261560.189623799
2.9922-3.4250.19981650.1758625499
3.425-4.31450.17081660.1566632399
4.3145-42.9250.18641100.1603661699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9417-1.29890.03764.02882.11653.43190.27850.3001-0.3882-0.3833-0.11790.22990.0816-0.0968-0.11980.13880.0066-0.0880.1835-0.02270.242811.46486.6207-0.1614
22.9169-0.65070.57492.06790.14260.97960.22670.0581-0.4677-0.0931-0.04690.16790.2468-0.005-0.13310.2304-0.006-0.10070.1321-0.01760.216112.6483.30241.3406
30.8165-0.12421.49980.3158-0.26972.7874-0.132-0.5103-0.2660.03780.15650.10120.0396-0.245-0.00690.1456-0.0414-0.01230.10350.00590.19910.62359.27966.696
41.40860.17870.23492.1367-0.68542.90520.08770.0886-0.12680.0113-0.03410.01070.0389-0.0201-0.04480.0810.0148-0.0050.1424-0.02540.1159-9.707318.5887-14.499
55.17470.3115-0.27074.35-0.46872.1599-0.0557-0.00150.0108-0.15290.0857-0.18870.0270.12230.00360.1421-0.02040.02520.2001-0.01150.06181.93128.795-41.1159
62.04170.6611-0.71212.0815-0.01391.977-0.07810.11210.0012-0.11390.10310.10030.1135-0.1167-0.01750.146-0.0062-0.0290.1901-0.00120.1016-4.92627.2482-36.6571
72.6793-1.8396-3.54343.85622.21344.82940.1197-0.16730.2040.45330.13510.1147-0.68-0.1635-0.21490.33040.05570.04590.2565-0.01010.2101-11.520636.647-20.16
84.8564-0.10381.0451.54530.04341.4054-0.02850.1201-0.0457-0.014-0.0486-0.05470.0932-0.0170.08510.2069-0.01750.0570.178-0.00540.143527.717229.2893-44.8976
92.0315-0.01431.34921.0923-0.53913.97180.04360.2471-0.0459-0.151-0.0158-0.04020.25190.2718-0.01170.21870.05220.01170.1985-0.03440.161249.19617.438-27.8013
103.63580.4154-1.17051.4930.28681.6279-0.17050.0469-0.3401-0.13170.0675-0.06620.20560.11090.07170.21240.044-0.02120.1279-0.01480.148141.15184.4018-5.8458
112.90152.8711-1.86058.8732-1.74942.76620.0026-0.01410.1328-0.1476-0.0612-0.099-0.0850.0120.0570.15980.00720.00820.1958-0.00570.152654.019721.9363-10.2504
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 38 )A0 - 38
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 39 through 103 )A39 - 103
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 104 through 127 )A104 - 127
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 128 through 260 )A128 - 260
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 261 through 303 )A261 - 303
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 304 through 373 )A304 - 373
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'X' and (resid 5 through 11 )X5 - 11
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid -1 through 127 )B-1 - 127
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 128 through 260 )B128 - 260
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 261 through 373 )B261 - 373
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'Y' and (resid 5 through 11 )Y5 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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