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- PDB-6jir: Crystal structure of C. crescentus beta sliding clamp with PEG bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jir
タイトルCrystal structure of C. crescentus beta sliding clamp with PEG bound to putative beta-motif tethering region
要素Beta sliding clamp
キーワードTRANSFERASE / Caulobacter crescentus / peptide bound / homodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III complex / DNA strand elongation involved in DNA replication / 3'-5' exonuclease activity / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit ...DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit / : / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Beta sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種Caulobacter vibrioides CB15 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Jiang, X. / Teng, M. / Li, X.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31130018 中国
Ministry of Science and Technology (China)2012CB917200 中国
National Natural Science Foundation of China31370732, 31270014 and U1432107 中国
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: Caulobacter crescentus beta sliding clamp employs a noncanonical regulatory model of DNA replication.
著者: Jiang, X. / Zhang, L. / An, J. / Wang, M. / Teng, M. / Guo, Q. / Li, X.
履歴
登録2019年2月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta sliding clamp
B: Beta sliding clamp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,06011
ポリマ－85,1192
非ポリマー9419
水6,557364
1
A: Beta sliding clamp
ヘテロ分子

A: Beta sliding clamp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,36414
ポリマ－85,1192
非ポリマー1,24512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area33800 Å2
手法PISA
2
B: Beta sliding clamp
ヘテロ分子

B: Beta sliding clamp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,7558
ポリマ－85,1192
非ポリマー6376
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area2510 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area32920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.724, 123.527, 85.975
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.01, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Beta sliding clamp / Sliding clamp


分子量: 42559.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides CB15 (バクテリア)
遺伝子: dnaN / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0CAU5

-
非ポリマー , 6種, 373分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.33 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25 % PEG1000, 0.2 M NaCl and 0.1 M Na/K phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 74116 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 27.9
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 3421 / Rsym value: 0.194 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TR8

4tr8


解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 7.764 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.128 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 3737 5.04 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs-74116 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.52 Å2-0 Å2-0.35 Å2
2---1.59 Å20 Å2
3---0.88 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5660 0 62 364 6086
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0195824
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.025703
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.51.997896
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94313101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6235750
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.62423.648244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.99515958
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6281551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2929
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216566
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021225
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4933.1363012
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4913.1363011
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5984.6923758
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5994.6933759
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6033.4662812
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6043.4672813
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5225.054139
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.71924.926254
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.69524.7676137
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.611311527
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free11.8035118
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.519511687
LS精密化 シェル解像度: 1.948→1.999 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 267 -
Rwork0.207 5119 -
obs--98.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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