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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6psi | ||||||
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タイトル | Structural Basis for Client Recognition and Activity of Hsp40 Chaperones | ||||||
要素 |
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キーワード | CHAPERONE / Client Recognition | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on phosphorus or arsenic in donors / alkaline phosphatase / alkaline phosphatase activity / hydrogenase (acceptor) activity / phosphoprotein phosphatase activity / chaperone cofactor-dependent protein refolding / dephosphorylation / protein dephosphorylation / unfolded protein binding / outer membrane-bounded periplasmic space ...oxidoreductase activity, acting on phosphorus or arsenic in donors / alkaline phosphatase / alkaline phosphatase activity / hydrogenase (acceptor) activity / phosphoprotein phosphatase activity / chaperone cofactor-dependent protein refolding / dephosphorylation / protein dephosphorylation / unfolded protein binding / outer membrane-bounded periplasmic space / protein refolding / DNA replication / periplasmic space / magnesium ion binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | ||||||
データ登録者 | Jiang, Y. / Rossi, P. / Kalodimos, C.G. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2019 タイトル: Structural basis for client recognition and activity of Hsp40 chaperones. 著者: Jiang, Y. / Rossi, P. / Kalodimos, C.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6psi.cif.gz | 6.8 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6psi.ent.gz | 5.9 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6psi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6psi_validation.pdf.gz | 467 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6psi_full_validation.pdf.gz | 950.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6psi_validation.xml.gz | 372.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6psi_validation.cif.gz | 577.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/6psi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/6psi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6pptC 6pq2C 6pqeC 6pqmC 6priC 6prjC 6prpC 6prqC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31023.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: dnaJ2, TTHA1489 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q56237 #2: タンパク質 | | 分子量: 49492.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: phoA, ACU57_12080, AUQ13_18595, BANRA_02023, BANRA_03586, BET08_14335, BHF46_20915, BUE81_15475, C4J69_09555, C5N07_12695, CA593_01230, D0X26_07375, D3821_12940, DNQ41_05820, EAI52_02910, ...遺伝子: phoA, ACU57_12080, AUQ13_18595, BANRA_02023, BANRA_03586, BET08_14335, BHF46_20915, BUE81_15475, C4J69_09555, C5N07_12695, CA593_01230, D0X26_07375, D3821_12940, DNQ41_05820, EAI52_02910, EC3234A_4c00530, EC3426_01222, ECTO6_03716, ED648_16735, EEP23_01005, EL75_3367, EL79_3462, EL80_3416, NCTC13462_01945, NCTC9037_03964, NCTC9062_04458, RK56_026750, SAMEA3753300_00450, UN91_18770 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A086VD57, UniProt: P00634*PLUS, alkaline phosphatase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] PhoA_DnaJ, 75 mM potassium chloride, 20 mM potassium phosphate, 0.04 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O 詳細: Highly deuterated selectively ILVMAT methyl labeled / Label: NCD_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 100 mM / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 25 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE NEO / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE NEO / 磁場強度: 700 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |