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万見
- PDB-6psi: Structural Basis for Client Recognition and Activity of Hsp40 Cha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6psi
タイトルStructural Basis for Client Recognition and Activity of Hsp40 Chaperones
要素
  • Alkaline phosphatase
  • Chaperone protein DnaJ 2
キーワードCHAPERONE / Client Recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on phosphorus or arsenic in donors / alkaline phosphatase / alkaline phosphatase activity / hydrogenase (acceptor) activity / : / phosphoprotein phosphatase activity / protein dephosphorylation / unfolded protein binding / outer membrane-bounded periplasmic space / protein refolding ...oxidoreductase activity, acting on phosphorus or arsenic in donors / alkaline phosphatase / alkaline phosphatase activity / hydrogenase (acceptor) activity / : / phosphoprotein phosphatase activity / protein dephosphorylation / unfolded protein binding / outer membrane-bounded periplasmic space / protein refolding / periplasmic space / DNA replication / magnesium ion binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Urease metallochaperone UreE, N-terminal domain / DnaJ domain / HSP40/DnaJ peptide-binding / Chaperone DnaJ, C-terminal / DnaJ C terminal domain / HSP40/DNAj peptide-binding domain / Alkaline phosphatase, active site / Alkaline phosphatase active site. / Alkaline phosphatase / Alkaline phosphatase ...Urease metallochaperone UreE, N-terminal domain / DnaJ domain / HSP40/DnaJ peptide-binding / Chaperone DnaJ, C-terminal / DnaJ C terminal domain / HSP40/DNAj peptide-binding domain / Alkaline phosphatase, active site / Alkaline phosphatase active site. / Alkaline phosphatase / Alkaline phosphatase / Alkaline phosphatase homologues / Nt-dnaJ domain signature. / DnaJ domain, conserved site / DnaJ domain / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / Helix Hairpins / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Alkaline phosphatase / Alkaline phosphatase / Chaperone protein DnaJ 2
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Jiang, Y. / Rossi, P. / Kalodimos, C.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R35GM122462-04 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Structural basis for client recognition and activity of Hsp40 chaperones.
著者: Jiang, Y. / Rossi, P. / Kalodimos, C.G.
履歴
登録2019年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperone protein DnaJ 2
B: Alkaline phosphatase
C: Chaperone protein DnaJ 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,5393
ポリマ－111,5393
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area18620 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area54050 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Chaperone protein DnaJ 2


分子量: 31023.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: dnaJ2, TTHA1489 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q56237
#2: タンパク質 Alkaline phosphatase / Bacterial alkaline phosphatase


分子量: 49492.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: phoA, ACU57_12080, AUQ13_18595, BANRA_02023, BANRA_03586, BET08_14335, BHF46_20915, BUE81_15475, C4J69_09555, C5N07_12695, CA593_01230, D0X26_07375, D3821_12940, DNQ41_05820, EAI52_02910, ...遺伝子: phoA, ACU57_12080, AUQ13_18595, BANRA_02023, BANRA_03586, BET08_14335, BHF46_20915, BUE81_15475, C4J69_09555, C5N07_12695, CA593_01230, D0X26_07375, D3821_12940, DNQ41_05820, EAI52_02910, EC3234A_4c00530, EC3426_01222, ECTO6_03716, ED648_16735, EEP23_01005, EL75_3367, EL79_3462, EL80_3416, NCTC13462_01945, NCTC9037_03964, NCTC9062_04458, RK56_026750, SAMEA3753300_00450, UN91_18770
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A086VD57, UniProt: P00634*PLUS, alkaline phosphatase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-13C HSQC
121isotropic12D 1H-15N HSQC
131isotropic12D 1H-13C HMQC
141isotropic13D 1H-13C NOESY
151isotropic13D 1H-15N NOESY
1121isotropic13D HN(CA)CB
1111isotropic13D HNCO
1101isotropic13D CCH-SOFAST HMQC-NOESY-HMQC
191isotropic13D NCH-SOFAST HMQC-NOESY-HMQC
181isotropic13D HCH-sofastNOESY-HMQC
171isotropic13D HNH-sofastNOESY-HMQC
161isotropic13D CNH-SOFAST HMQC-NOESY-HMQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] PhoA_DnaJ, 75 mM potassium chloride, 20 mM potassium phosphate, 0.04 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O
詳細: Highly deuterated selectively ILVMAT methyl labeled / Label: NCD_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMPhoA_DnaJ[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]1
75 mMpotassium chloridenatural abundance1
20 mMpotassium phosphatenatural abundance1
0.04 %sodium azidenatural abundance1
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 25 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE NEO / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE NEO / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
PINEBahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
TopSpinBruker Biospincollection
PSVSBhattacharya and Montelione解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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