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- PDB-5j02: Structure of the lariat form of a chimeric derivative of the Ocea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j02
タイトルStructure of the lariat form of a chimeric derivative of the Oceanobacillus iheyensis group II intron in the presence of NH4+, MG2+ and an inactive 5' exon.
要素
  • 5' EXON ANALOG (5'-R(*CP*UP*GP*UP*UP*AP*(5MU))-3')
  • GROUP II INTRON LARIAT
キーワードRNA / group II intron / lariat / 2'-5' phosphodiester bond / ribozyme / RNA catalysis / self-splicing
機能・相同性AMMONIUM ION / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Oceanobacillus iheyensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.493 Å
データ登録者Costa, M. / Walbott, H. / Monachello, D. / Westhof, E. / Michel, F.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-10-BLAN-1502 フランス
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of a group II intron lariat primed for reverse splicing.
著者: Costa, M. / Walbott, H. / Monachello, D. / Westhof, E. / Michel, F.
履歴
登録2016年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_conn / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年10月30日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _struct_conn_type.id
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GROUP II INTRON LARIAT
B: 5' EXON ANALOG (5'-R(*CP*UP*GP*UP*UP*AP*(5MU))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,17662
ポリマ－137,7812
非ポリマー1,39660
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7380 Å2
ΔGint-398 kcal/mol
Surface area61940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.020, 100.600, 220.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: RNA鎖 GROUP II INTRON LARIAT


分子量: 135623.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Oceanobacillus iheyensis (バクテリア)
#2: RNA鎖 5' EXON ANALOG (5'-R(*CP*UP*GP*UP*UP*AP*(5MU))-3')


分子量: 2157.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 5MU lacking 3'O / 由来: (合成) Oceanobacillus iheyensis (バクテリア)
#3: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.06 %
結晶化温度: 301.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 50 mM Na-Cacodylate pH 6.5, 225 mM NH4Cl, 115 mM MgCl2, 22% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.49→50 Å / Num. obs: 24666 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 22.2 % / Biso Wilson estimate: 125.87 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.202 / Rrim(I) all: 0.207 / Χ2: 1.023 / Net I/σ(I): 12.32 / Num. measured all: 548093
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.49-3.5820.42.9911.235456180617370.7533.06796.2
3.58-3.682.5131.6340533174117410.8312.569100
3.68-3.791.6932.4739565170817080.9221.731100
3.79-3.911.4522.8137575166616660.91.486100
3.91-4.031.2393.437483162516250.9231.267100
4.03-4.171.0154.2434968152915290.9541.038100
4.17-4.330.815.3333468149714970.9640.829100
4.33-4.510.6736.3632926147314730.9750.689100
4.51-4.710.5148.0831902140314030.990.526100
4.71-4.940.39510.2729614132813280.990.405100
4.94-5.210.3212.9329047127212720.9930.327100
5.21-5.520.22717.0127010120712070.9960.233100
5.52-5.90.1820.225828115711570.9970.185100
5.9-6.380.16521.3723743106610660.9980.168100
6.38-6.990.13824.66220569839830.9980.141100
6.99-7.810.130.24198929189180.9980.102100
7.81-9.020.09133.6167557907900.9980.093100
9.02-11.050.06637.99139446976970.9990.068100
11.05-15.620.04751.82106045485480.9990.048100
15.620.03560572433332110.03696.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FAW

4faw


解像度: 3.493→49.041 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2274 1232 5 %
Rwork0.2029 23396 -
obs0.2041 24628 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 477.94 Å2 / Biso mean: 146.0254 Å2 / Biso min: 44.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.493→49.041 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 9043 60 171 9274
Biso mean--155.87 137.58 -
残基数----421
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01410367
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.38316276
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0182102
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001421
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9645034
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.493-3.63280.39091300.35062466259697
3.6328-3.79810.30291340.29225592693100
3.7981-3.99820.2961360.26525862722100
3.9982-4.24860.25371360.235325762712100
4.2486-4.57640.25341360.22325812717100
4.5764-5.03650.22261370.209926062743100
5.0365-5.76430.20141370.183425982735100
5.7643-7.25870.19871390.184826442783100
7.2587-49.04550.19641470.165227802927100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.35150.10390.89622.18910.141.1794-0.2005-0.27070.08520.1609-0.17580.0482-0.4032-0.14930.25910.7715-0.0019-0.06420.71260.11430.6713201.5714211.284237.2165
22.67770.09520.06082.8083-0.59613.5316-0.22220.2009-0.2633-0.59420.0277-1.04510.39790.62610.08231.2081-0.20520.17580.92560.09971.6329213.7776214.8525222.9895
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 1 through 419)A1 - 419
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid -7 through -1)B-7 - -1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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