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万見
- PDB-5j01: Structure of the lariat form of a chimeric derivative of the Ocea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j01
タイトルStructure of the lariat form of a chimeric derivative of the Oceanobacillus iheyensis group II intron in the presence of NH4+ and MG2+.
要素group II intron lariat
キーワードRNA / group II intron / lariat / 2'-5' phosphodiester bond / ribozyme / RNA catalysis / self-splicing
機能・相同性AMMONIUM ION / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Oceanobacillus iheyensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.39 Å
データ登録者Costa, M. / Walbott, H. / Monachello, D. / Westhof, E. / Michel, F.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-10-BLAN-1502 フランス
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of a group II intron lariat primed for reverse splicing.
著者: Costa, M. / Walbott, H. / Monachello, D. / Westhof, E. / Michel, F.
履歴
登録2016年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_conn / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年10月30日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: group II intron lariat
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,69846
ポリマ－135,6231
非ポリマー1,07545
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-339 kcal/mol
Surface area60450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.930, 262.580, 69.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: RNA鎖 group II intron lariat


分子量: 135623.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Oceanobacillus iheyensis (バクテリア)
#2: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.53 %
結晶化温度: 301.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 50 mM Na-Cacodylate pH 6.5, 225 mM NH4Cl, 95 mM MgCl2, 22% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.39→50 Å / Num. obs: 26308 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 28.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.315 / Net I/σ(I): 11.67
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
3.39-3.4817.54.7620.68196.9
3.48-3.573.4821.14199.9
3.57-3.672.8151.58199.9
3.67-3.792.122.19199.9
3.79-3.911.9542.52199.9
3.91-4.051.5393.181100
4.05-4.21.1844.41100
4.2-4.370.9375.45199.9
4.37-4.570.7436.571100
4.57-4.790.5778.861100
4.79-5.050.42811.591100
5.05-5.360.3115.121100
5.36-5.730.24219.461100
5.73-6.180.21320.511100
6.18-6.770.18623.751100
6.77-7.570.13528.881100
7.57-8.750.11234.031100
8.75-10.710.08840.21100
10.71-15.150.06457.031100
15.150.05362.22195.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FAW

4faw


解像度: 3.39→47.755 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2339 1314 5 %
Rwork0.2042 --
obs0.2057 26258 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 420.25 Å2 / Biso min: 58.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.39→47.755 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 8880 45 165 9090
Biso mean--163.4 135.44 -
残基数----414
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01210168
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.44515943
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0222068
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002412
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4634960
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.3871-3.52270.38691390.40312643278298
3.5227-3.6830.35091430.32782715285899
3.683-3.8770.32541450.27727502895100
3.877-4.11980.30991430.258927282871100
4.1198-4.43770.26891450.227527512896100
4.4377-4.88390.23361470.220127802927100
4.8839-5.58970.23071460.181227872933100
5.5897-7.03880.21151490.174128232972100
7.0388-47.75960.1671570.150929673124100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -15.5504 Å / Origin y: 28.8365 Å / Origin z: 9.0142 Å
111213212223313233
T0.7436 Å20.0523 Å2-0.1744 Å2-0.7825 Å20.0738 Å2--0.6524 Å2
L1.1561 °20.4512 °2-0.1376 °2-1.3871 °20.1508 °2--0.4446 °2
S-0.0922 Å °-0.0791 Å °0.0424 Å °-0.0589 Å °-0.0469 Å °-0.1015 Å °-0.1212 Å °-0.2074 Å °0.1295 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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