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- PDB-6prk: X-ray Crystal Structure of Bacillus subtilis RicA in complex with RicF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6prk
タイトルX-ray Crystal Structure of Bacillus subtilis RicA in complex with RicF
要素
  • RicA
  • RicF
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / RNA processing / biofilms / competence / sporulation
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of competence for transformation / sporulation resulting in formation of a cellular spore / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Biofilm formation YmcA / YheA/YmcA-like / Control of competence regulator ComK, YlbF/YmcA / YheA/YmcA-like domain superfamily / Control of competence regulator ComK, YlbF/YmcA / YheA-like fold / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein YmcA / Regulatory protein YlbF
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Khaja, F.T. / Jeffrey, P.D. / Neiditch, M.B. / Dubnau, D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM057720 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI125452 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2019
タイトル: Structure-Function Studies of the Bacillus subtilis Ric Proteins Identify the Fe-S Cluster-Ligating Residues and Their Roles in Development and RNA Processing.
著者: Adusei-Danso, F. / Khaja, F.T. / DeSantis, M. / Jeffrey, P.D. / Dubnau, E. / Demeler, B. / Neiditch, M.B. / Dubnau, D.
履歴
登録2019年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RicF
B: RicA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5802
ポリマ－28,5802
非ポリマー00
水00
1
A: RicF
B: RicA

A: RicF
B: RicA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1604
ポリマ－57,1604
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
Buried area8610 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area29070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.090, 86.090, 87.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62

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要素

#1: タンパク質 RicF


分子量: 14399.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: ylbF, BSU14990 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O34412
#2: タンパク質 RicA


分子量: 14180.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: ymcA, BSU17020 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O31779

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 18% (vol/vol) PEG500 MME, 8% (vol/vol) MPD, 100 mM sodium nitrate, 100 mM MOPS, Sodium HEPES pH 7.3

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.88557 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.88557 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 6195 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.95 % / Biso Wilson estimate: 105.49 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.085 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 17.24
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å / Num. unique obs: 312 / CC1/2: 0.81

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6PRH

6prh


解像度: 3.2→43.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.475
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 297 4.83 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.209 6149 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 232.24 Å2 / Biso mean: 144.79 Å2 / Biso min: 89.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.2915 Å20 Å20 Å2
2---5.2915 Å20 Å2
3---10.583 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.41 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→43.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1905 0 0 0 1905
残基数----232
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d746SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes78HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes262HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1923HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion256SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2350SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1923HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2581HARMONIC21.25
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.42
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion23.2
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.58 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 85 4.92 %
Rwork0.325 1641 -
all0.328 1726 -
obs--99.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.98780.7208-1.2632.41620.34495.44150.3901-0.13530.85150.1263-0.0905-0.1965-1.30130.4953-0.29960.31640.0335-0.0213-0.00190.1824-0.310529.887951.814719.4028
22.70760.5523-0.81635.43711.12191.39180.07750.0268-0.7326-0.2518-0.1644-0.51580.48141.34320.0869-0.06710.299-0.27770.28960.0826-0.263745.179124.762126.2893
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A6 - 120
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B3 - 119

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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