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万見
- PDB-6pq0: LCP-embedded Proteinase K treated with MPD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pq0
タイトルLCP-embedded Proteinase K treated with MPD
要素Proteinase K
キーワードHYDROLASE / Proteinase K / LCP / MPD / microED
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase K-like catalytic domain / : / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. ...Proteinase K-like catalytic domain / : / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Parengyodontium album (菌類)
手法電子線結晶学 / 分子置換 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bu, G. / Zhu, L. / Jing, L. / Shi, D. / Gonen, T. / Liu, W. / Nannenga, B.L.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF MRI 1531991 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1231306 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)R21DA042298 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM124152 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Structure Determination from Lipidic Cubic Phase Embedded Microcrystals by MicroED.
著者: Lan Zhu / Guanhong Bu / Liang Jing / Dan Shi / Ming-Yue Lee / Tamir Gonen / Wei Liu / Brent L Nannenga /
要旨: The lipidic cubic phase (LCP) technique has proved to facilitate the growth of high-quality crystals that are otherwise difficult to grow by other methods. However, the crystal size optimization ...The lipidic cubic phase (LCP) technique has proved to facilitate the growth of high-quality crystals that are otherwise difficult to grow by other methods. However, the crystal size optimization process could be time and resource consuming, if it ever happens. Therefore, improved techniques for structure determination using these small crystals is an important strategy in diffraction technology development. Microcrystal electron diffraction (MicroED) is a technique that uses a cryo-transmission electron microscopy to collect electron diffraction data and determine high-resolution structures from very thin micro- and nanocrystals. In this work, we have used modified LCP and MicroED protocols to analyze crystals embedded in LCP converted by 2-methyl-2,4-pentanediol or lipase, including Proteinase K crystals grown in solution, cholesterol crystals, and human adenosine A receptor crystals grown in LCP. These results set the stage for the use of MicroED to analyze microcrystalline samples grown in LCP, especially for those highly challenging membrane protein targets.
履歴
登録2019年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年10月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteinase K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0113
ポリマ－28,9311
非ポリマー802
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area10210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.340, 67.340, 106.475
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-507-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Proteinase K


分子量: 28930.783 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 106-384 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Parengyodontium album (菌類) / 参照: UniProt: P06873, peptidase K
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: Proteinase K / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Parengyodontium album (菌類)
緩衝液pH: 6.5
試料濃度: 40 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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データ収集

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: DIFFRACTION
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 0.04 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
EM回折カメラ長: 1940 mm
EM回折 シェル解像度: 2→2.05 Å / フーリエ空間範囲: 63.3 % / 多重度: 6.3 / 構造因子数: 782 / 位相残差: 1.0E-6 °
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 84.6 % / 再高解像度: 2 Å / 測定した強度の数: 111081 / 構造因子数: 14491 / 位相誤差: 0 ° / 位相残差: 1.0E-6 ° / 位相誤差の除外基準: 0 / Rmerge: 32.4 / Rsym: 32.4
反射最高解像度: 2.0002 Å
反射 シェル解像度: 2.0002→2.0716 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 782 / CC1/2: 0.368 / % possible all: 63

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
PHASER位相決定
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
9PHENIX1.13-2998分子置換Phaser using search model ID 2ID8
12CCP4 package7.0.058crystallography merging
13PHENIX1.13-2998３次元再構成
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 67.34 Å / B: 67.34 Å / C: 106.47 Å / 空間群名: P43212 / 空間群番号: 96
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築プロトコル: OTHER
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2ID8

2id8


解像度: 2→17.39 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 21.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2665 1444 10.01 %
Rwork0.2168 --
obs0.2218 14432 84.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_bond_d0.0032070
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_angle_d0.5712814
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_dihedral_angle_d2.8231208
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_chiral_restr0.044312
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_plane_restr0.003370
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0002-2.07160.33021050.2682953ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY63
2.0716-2.15440.34911250.27391113ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY74
2.1544-2.25230.32921360.26291231ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY81
2.2523-2.37070.33861370.26341227ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY81
2.3707-2.51890.28171400.24961258ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY83
2.5189-2.71270.31191570.23481418ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY92
2.7127-2.98440.27381560.21821406ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY92
2.9844-3.41340.26371590.19891426ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY92
3.4134-4.28990.18211600.16251442ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY92
4.2899-17.38780.18821690.16291514ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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