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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pfa | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of TS-DHFR from Cryptosporidium hominis in complex with NADPH, FdUMP and 2-((4-((2-amino-4-oxo-4,7-dihydro-3H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl)methyl)benzamido)methyl)benzoic acid. | |||||||||
![]() | Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Inhibitor / TS / TS-DHFR / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / methylation / nucleotide binding / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Czyzyk, D.J. / Valhondo, M. / Jorgensen, W.L. / Anderson, K.S. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure activity relationship towards design of cryptosporidium specific thymidylate synthase inhibitors. 著者: Czyzyk, D.J. / Valhondo, M. / Deiana, L. / Tirado-Rives, J. / Jorgensen, W.L. / Anderson, K.S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 525.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 429.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 6.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 92.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 118 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6pf3C ![]() 6pf4C ![]() 6pf5C ![]() 6pf6C ![]() 6pf7C ![]() 6pf8C ![]() 6pf9C ![]() 6pfbC ![]() 6pfcC ![]() 6pfdC ![]() 6pfeC ![]() 6pffC ![]() 6pfgC ![]() 6pfhC ![]() 6pfiC ![]() 4q0eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 60262.520 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: CHUDEA4_4460 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 126分子 ![](data/chem/img/NDP.gif)
![](data/chem/img/UFP.gif)
![](data/chem/img/OF4.gif)
![](data/chem/img/MTX.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/UFP.gif)
![](data/chem/img/OF4.gif)
![](data/chem/img/MTX.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-NDP / #3: 化合物 | ChemComp-UFP / #4: 化合物 | ChemComp-OF4 / #5: 化合物 | ChemComp-MTX / #6: 化合物 | ChemComp-SO4 / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 74 % |
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結晶化 | 温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Well solution 18 % PEG 6000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.06 M lithium sulfate, 0.1 M Tris Drop ratio 2:1 enzyme mix/well solution |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.79→50 Å / Num. obs: 135631 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.996 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.79→2.95 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.26 / Num. unique obs: 21167 / CC1/2: 0.782 / Rsym value: 0.845 / % possible all: 96.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4Q0E 解像度: 2.79→48.933 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.25
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.79→48.933 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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