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- PDB-6pag: Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL3 in complex with HLA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pag
タイトルKiller cell immunoglobulin-like receptor 2DL3 in complex with HLA-C*07:02
要素
  • ARG-TYR-ARG-PRO-GLY-THR-VAL-ALA-LEU
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, Cw-7 alpha chain
  • Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL3
キーワードIMMUNE SYSTEM / KIR receptor / HLA / innate immunity / NK cell / T cell
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response-regulating signaling pathway / TAP binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen binding / Chromatin modifying enzymes / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication ...immune response-regulating signaling pathway / TAP binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen binding / Chromatin modifying enzymes / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / negative regulation of receptor binding / secretory granule membrane / early endosome lumen / Condensation of Prophase Chromosomes / epigenetic regulation of gene expression / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / transferrin transport / PRC2 methylates histones and DNA / cellular response to iron ion / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / HDMs demethylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / Transcriptional regulation by small RNAs / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / NoRC negatively regulates rRNA expression / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / Pre-NOTCH Transcription and Translation / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / Transcriptional regulation of granulopoiesis / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / HCMV Early Events / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / structural constituent of chromatin / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / nucleosome / T cell differentiation in thymus / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / nucleosome assembly / ER-Phagosome pathway / signaling receptor activity / negative regulation of neuron projection development / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like ...: / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Histone H3 signature 1. / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / : / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, C alpha chain / Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL3 / Beta-2-microglobulin / Histone H3.1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.501 Å
データ登録者Moradi, S. / Rossjohn, J. / Vivian, J.P.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural plasticity of KIR2DL2 and KIR2DL3 enables altered docking geometries atop HLA-C.
著者: Moradi, S. / Stankovic, S. / O'Connor, G.M. / Pymm, P. / MacLachlan, B.J. / Faoro, C. / Retiere, C. / Sullivan, L.C. / Saunders, P.M. / Widjaja, J. / Cox-Livingstone, S. / Rossjohn, J. / ...著者: Moradi, S. / Stankovic, S. / O'Connor, G.M. / Pymm, P. / MacLachlan, B.J. / Faoro, C. / Retiere, C. / Sullivan, L.C. / Saunders, P.M. / Widjaja, J. / Cox-Livingstone, S. / Rossjohn, J. / Brooks, A.G. / Vivian, J.P.
履歴
登録2019年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, Cw-7 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: ARG-TYR-ARG-PRO-GLY-THR-VAL-ALA-LEU
D: Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1754
ポリマ－67,1754
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6220 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area27960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.855, 111.855, 87.994
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, Cw-7 alpha chain / MHC class I antigen Cw*7


分子量: 31874.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-C, HLAC / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P10321
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド ARG-TYR-ARG-PRO-GLY-THR-VAL-ALA-LEU


分子量: 1034.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P68431*PLUS
#4: タンパク質 Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL3 / CD158 antigen-like family member B2 / KIR-023GB / Killer inhibitory receptor cl 2-3 / MHC class I ...CD158 antigen-like family member B2 / KIR-023GB / Killer inhibitory receptor cl 2-3 / MHC class I NK cell receptor / NKAT2a / NKAT2b / Natural killer-associated transcript 2 / NKAT-2 / p58 natural killer cell receptor clone CL-6 / p58 NK receptor CL-6 / p58.2 MHC class-I-specific NK receptor


分子量: 22386.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIR2DL3, CD158B2, KIRCL23, NKAT2 / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P43628
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Tris-HCl pH.8.0 and 25% PEG 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 21403 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.1 % / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / Num. unique obs: 2136 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.1_1168精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EFX

1efx


解像度: 2.501→32.567 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2541 1097 5.13 %
Rwork0.2226 --
obs0.2242 21400 98.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.501→32.567 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4469 0 0 0 4469
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0464602
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6916229
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5141713
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.097638
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006824
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5012-2.6150.3731390.34792518X-RAY DIFFRACTION99
2.615-2.75280.35171400.32842541X-RAY DIFFRACTION99
2.7528-2.92520.33291360.31262536X-RAY DIFFRACTION99
2.9252-3.15090.35251330.28722559X-RAY DIFFRACTION99
3.1509-3.46760.29131460.24542532X-RAY DIFFRACTION99
3.4676-3.96870.22551350.2122532X-RAY DIFFRACTION99
3.9687-4.99720.21611370.17672523X-RAY DIFFRACTION98
4.9972-32.56940.21791310.19412562X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.53830.1036-0.23361.80690.39272.5256-0.14360.05250.0343-0.070.2191-0.11920.1940.123300.4278-0.01580.04340.4755-0.04470.51724.730724.21330.5787
20.9624-0.36280.87681.42740.70462.4436-0.35210.24520.0983-0.18280.16220.52820.0391-0.4331-0.47270.4972-0.1002-0.0210.550.05390.526116.78436.2746-11.5004
30.040.19620.45380.96310.09650.60060.02230.27090.025-0.2218-0.11160.29950.41420.06630.00120.6337-0.10190.02660.5769-0.12070.647812.008913.993-0.9741
40.13841.4396-0.34040.7709-0.04272.3052-0.01640.10970.21240.3116-0.21120.4261-0.0037-0.556400.58740.06330.12020.6564-0.0680.66323.946425.361830.7639
50.00360.0256-0.02080.02130.00820.01870.41970.2321.2663-0.0202-0.2493-0.0385-0.6977-0.39250.00010.9682-0.040.10030.8142-0.06461.008123.527740.336913.5049
60.01440.0258-0.01530.03130.00990.01680.0055-0.6444-0.5658-0.39550.17330.10090.0731-0.8654-00.61510.106-0.07830.5928-0.01380.560419.949426.847626.4713
7-0.0165-0.0029-0.008-0.01130.02730.03970.3834-0.3247-0.45550.1312-0.0184-0.07090.17820.548500.91280.0187-0.17640.84010.04690.809419.617812.544534.2079
8-0.04790.01230.00320.0210.02460.06140.01380.00150.09360.04350.0603-0.1641-0.2624-0.117600.52840.00680.01360.6969-0.05120.551322.854724.090423.1911
90.0451-0.18970.0445-0.0739-0.22630.1521-0.0538-0.46360.96510.1136-0.3296-0.4665-0.42971.4667-0.00520.5366-0.0274-0.03590.93930.06820.54930.856629.889321.214
100.1980.09410.010.0308-0.01360.1758-0.1151-0.64530.39190.60840.2989-0.3609-0.52960.248-00.66880.1496-0.13581.3643-0.00461.154834.597821.499527.6709
110.15450.05220.0866-0.00170.02490.0416-0.1034-0.07010.17570.66210.04850.7341-0.5987-0.1491-00.48370.04370.01750.5078-0.03060.557920.289428.58229.4799
120.3780.3346-0.16550.3156-0.2540.1297-0.0765-0.0150.1640.1809-0.33550.3433-0.14371.0217-00.58650.08230.04160.72330.04430.556926.186220.337229.0427
13-0.0514-0.01110.00480.0447-0.06450.0383-0.55110.19390.87760.4524-0.0838-0.56710.18610.4009-0.00011.0293-0.0408-0.18351.22350.04380.92129.899529.084428.6893
140.0036-0.01920.0106-0.0040.01160.02160.1233-0.53680.25390.3101-0.6641.0085-0.86350.000600.8667-0.3512-0.05321.1792-0.08120.626230.100240.018422.3321
150.0009-0.02540.04560.0670.00030.116-0.5508-0.7471-0.15420.54130.32470.50890.96540.243900.76790.02920.06150.9071-0.05350.700421.545127.484134.2185
160.0190.1708-0.09270.4609-0.14350.28560.5844-0.3828-0.47370.9359-0.89210.41910.5274-0.1917-0.00050.48220.0136-0.04480.7087-0.06940.754123.678923.6613-7.8122
170.40940.0521-0.86230.3138-0.12212.566-0.37210.1124-0.0047-0.18240.0435-0.21530.54970.034900.8078-0.14630.21320.7997-0.08140.910950.540130.6072-18.5988
180.3329-0.5439-0.02830.2305-0.19660.6306-0.32160.38360.3239-0.41780.09020.13590.0549-0.329-0.00451.0025-0.44040.04981.20520.01050.671428.369639.289-29.996
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 126 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 127 through 150 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 151 through 185 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 186 through 278 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 0 through 5 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 6 through 11 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 12 through 20 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 21 through 30 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 31 through 41 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 42 through 51 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 52 through 61 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 62 through 77 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 78 through 83 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 84 through 90 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 91 through 99 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 1 through 9 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 5 through 110 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 111 through 195 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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