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- PDB-6p8n: Crystal Structure of Antibody P-p1f1 in Complex with eOD-GT8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p8n
タイトルCrystal Structure of Antibody P-p1f1 in Complex with eOD-GT8
要素
  • Env outer domain eOD-GT8
  • P-p1f1 Heavy Chain
  • P-p1f1 Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / immunization
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / AMMONIUM ION
機能・相同性情報
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.202 Å
データ登録者Weidle, C. / Pancera, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19AI109632 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: Overcoming Steric Restrictions of VRC01 HIV-1 Neutralizing Antibodies through Immunization.
著者: Parks, K.R. / MacCamy, A.J. / Trichka, J. / Gray, M. / Weidle, C. / Borst, A.J. / Khechaduri, A. / Takushi, B. / Agrawal, P. / Guenaga, J. / Wyatt, R.T. / Coler, R. / Seaman, M. / LaBranche, ...著者: Parks, K.R. / MacCamy, A.J. / Trichka, J. / Gray, M. / Weidle, C. / Borst, A.J. / Khechaduri, A. / Takushi, B. / Agrawal, P. / Guenaga, J. / Wyatt, R.T. / Coler, R. / Seaman, M. / LaBranche, C. / Montefiori, D.C. / Veesler, D. / Pancera, M. / McGuire, A. / Stamatatos, L.
履歴
登録2019年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Env outer domain eOD-GT8
H: P-p1f1 Heavy Chain
L: P-p1f1 Light Chain
A: Env outer domain eOD-GT8
B: P-p1f1 Heavy Chain
D: P-p1f1 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,02613
ポリマ－136,5646
非ポリマー4627
水88349
1
C: Env outer domain eOD-GT8
H: P-p1f1 Heavy Chain
L: P-p1f1 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7078
ポリマ－68,2823
非ポリマー4255
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Env outer domain eOD-GT8
B: P-p1f1 Heavy Chain
D: P-p1f1 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3185
ポリマ－68,2823
非ポリマー362
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.879, 92.406, 223.498
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-302-

NH4

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 HBLD

#2: 抗体 P-p1f1 Heavy Chain


分子量: 24365.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 P-p1f1 Light Chain


分子量: 23738.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 CA

#1: タンパク質 Env outer domain eOD-GT8


分子量: 20178.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
細胞株 (発現宿主): HEK 293s GNTI(-/-) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 55分子

#5: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.56 % / 解説: thin plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 22.5% PEG 3350, 13.5% Isopropanol, 0.18M Ammonium Citrate pH 4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 20701 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.97 / Net I/σ(I): 7.89
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.58 / Num. unique obs: 1703 / CC1/2: 0.659 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JPK

4jpk


解像度: 3.202→41.165 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.75
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2873 1023 4.96 %
Rwork0.2261 --
obs0.2291 20643 95.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.202→41.165 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8677 0 29 49 8755
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038905
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66512132
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.0945623
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451354
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041574
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2024-3.37120.35371340.29242431X-RAY DIFFRACTION85
3.3712-3.58230.35941380.26622650X-RAY DIFFRACTION93
3.5823-3.85870.31431620.24282858X-RAY DIFFRACTION100
3.8587-4.24660.26871340.21442908X-RAY DIFFRACTION100
4.2466-4.86030.25991400.18582910X-RAY DIFFRACTION100
4.8603-6.12020.26181430.212869X-RAY DIFFRACTION97
6.1202-41.16830.2741720.23892994X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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