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- PDB-6p78: queuine lyase from Clostridium spiroforme bound to SAM and queuine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p78
タイトルqueuine lyase from Clostridium spiroforme bound to SAM and queuine
要素Queuine lyase
キーワードLYASE / Metal Ion Binding / 4 Iron 4 Sulfur Cluster Binding / Radical SAM enzyme / C-N lyase activity
機能・相同性Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / iron-sulfur cluster binding / catalytic activity / metal ion binding / Chem-QUG / S-ADENOSYLMETHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER / Radical SAM domain protein
機能・相同性情報
生物種[Clostridium] spiroforme DSM 1552 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.726 Å
データ登録者Almo, S.C. / Grove, T.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI133329 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54-GM093342 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Discovery of novel bacterial queuine salvage enzymes and pathways in human pathogens.
著者: Yuan, Y. / Zallot, R. / Grove, T.L. / Payan, D.J. / Martin-Verstraete, I. / Sepic, S. / Balamkundu, S. / Neelakandan, R. / Gadi, V.K. / Liu, C.F. / Swairjo, M.A. / Dedon, P.C. / Almo, S.C. / ...著者: Yuan, Y. / Zallot, R. / Grove, T.L. / Payan, D.J. / Martin-Verstraete, I. / Sepic, S. / Balamkundu, S. / Neelakandan, R. / Gadi, V.K. / Liu, C.F. / Swairjo, M.A. / Dedon, P.C. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A. / de Crecy-Lagard, V.
履歴
登録2019年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Queuine lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9614
ポリマ－29,9341
非ポリマー1,0273
水3,981221
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.606, 57.606, 152.414
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Queuine lyase / Radical SAM domain protein


分子量: 29934.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) [Clostridium] spiroforme DSM 1552 (バクテリア)
遺伝子: CLOSPI_01524 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B1C2R2
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-QUG / 2-amino-5-({[(1S,4S,5S)-4,5-dihydroxycyclopent-2-en-1-yl]amino}methyl)-1,7-dihydro-4H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-one / Queuine


分子量: 277.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H15N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.53 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 0.1 M CHES, pH 9.5, 30% polyethylene glycol 3,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 1.3776 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→53.89 Å / Num. obs: 29732 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 19.4 / Num. measured all: 814983 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.69-1.7827.61.63811697142360.9050.3161.6692.7100
5.35-53.8922.50.0662457210930.9980.0140.06848.299.2

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.1データスケーリング
AutoSol1.14-3260位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.726→28.803 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.28 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1996 2000 7.17 %
Rwork0.1651 25880 -
obs0.1676 27880 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.04 Å2 / Biso mean: 32.7345 Å2 / Biso min: 15.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.726→28.803 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1931 0 55 221 2207
Biso mean--31.75 40.4 -
残基数----230
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.7263-1.76940.24491420.217418271969
1.7694-1.81730.25111380.213817971935
1.8173-1.87070.21911400.184418081948
1.8707-1.93110.21221400.175718121952
1.9311-2.00010.2081390.172218051944
2.0001-2.08020.21221400.176818181958
2.0802-2.17480.2031410.173118121953
2.1748-2.28940.23191430.16618421985
2.2894-2.43280.25071420.17118471989
2.4328-2.62050.20681430.176418541997
2.6205-2.8840.20221440.174718501994
2.884-3.30080.21011440.167118672011
3.3008-4.15670.19061480.148619152063
4.1567-28.8070.16421560.153320262182
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5477-1.8179-0.58056.9295-0.11927.3811-0.0892-0.0462-0.25390.4354-0.11970.28560.1966-0.6270.22540.1794-0.0386-0.01250.1760.00780.17948.651834.088980.2887
21.3263-0.59620.80282.7104-0.48625.0695-0.0691-0.03690.20930.17520.0388-0.0229-0.8041-0.32010.01620.35950.0488-0.02620.1837-0.01210.18485.272451.446669.1309
30.581-0.1284-0.05497.5071.24830.3107-0.4359-0.48680.23310.81370.3280.0057-1.6421-0.60420.20860.74850.0469-0.00720.3188-0.03450.25858.057950.326383.3527
42.9644-0.64450.62594.605-0.34653.3191-0.0308-0.2360.1210.0547-0.0286-0.0852-0.41810.00250.02810.2176-0.0154-0.02630.13360.00380.129614.659741.387578.3621
56.3384-2.4002-1.676.42991.23070.5247-0.2277-0.41620.77380.45690.1475-0.885-0.92660.84070.00770.594-0.1501-0.18910.3301-0.00410.374721.61946.198884.1366
62.64170.06370.70623.7993-0.58556.30270.0798-0.2371-0.2160.2174-0.0411-0.010.01740.125-0.08880.1964-0.0514-0.02920.13920.04170.177719.025738.016375.7565
75.6477-2.29133.81344.5646-3.52887.2769-0.07810.22920.20750.076-0.2351-0.3666-0.41910.69560.39090.2816-0.0767-0.04560.17080.02970.209523.01247.528867.7266
85.1634-1.70152.37752.163-1.3323.78320.110.24660.044-0.2341-0.1343-0.07610.02860.07510.0140.2214-0.021-0.00790.0661-0.00640.171112.478143.038958.1037
97.4164-0.54731.25770.8486-0.40532.9101-0.06690.25-0.09780.00520.03310.01060.1587-0.05740.04090.2489-0.0182-0.01620.08040.00610.17047.995235.154956.2183
104.7473-1.5117-0.28661.647-0.05453.2232-0.0728-0.4017-0.22610.1950.11040.07380.3401-0.3619-0.05210.265-0.0557-0.01380.1920.01050.21951.204131.984964.6332
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 17 )A0 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 18 through 32 )A18 - 32
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 33 through 54 )A33 - 54
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 55 through 74 )A55 - 74
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 75 through 87 )A75 - 87
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 88 through 98 )A88 - 98
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 99 through 112 )A99 - 112
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 113 through 147 )A113 - 147
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 148 through 177 )A148 - 177
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 178 through 229 )A178 - 229

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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