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- PDB-5zqe: Crystal Structure of Penicillin-Binding Protein D2 from Listeria ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zqe
タイトルCrystal Structure of Penicillin-Binding Protein D2 from Listeria monocytogenes in the Cefuroxime bound form
要素Lmo2812 protein
キーワードANTIBIOTIC / penicillin-binding protein D2 / Listeria monocytogenes / antibiotics / beta-lactams / DD-carboxypeptidase / lmo2812 / LmPBPD2
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A, N-terminal / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CES / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Lmo2812 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.996 Å
データ登録者Jeong, J.H. / Kim, Y.G.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea) 韓国
引用ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2018
タイトル: Crystal Structures of Penicillin-Binding Protein D2 from Listeria monocytogenes and Structural Basis for Antibiotic Specificity
著者: Jeong, J.H. / Cha, H.J. / Kim, Y.G.
履歴
登録2018年4月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lmo2812 protein
B: Lmo2812 protein
C: Lmo2812 protein
D: Lmo2812 protein
E: Lmo2812 protein
F: Lmo2812 protein
G: Lmo2812 protein
H: Lmo2812 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,37933
ポリマ－240,7338
非ポリマー4,64725
水16,592921
1
A: Lmo2812 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6594
ポリマ－30,0921
非ポリマー5683
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area640 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10960 Å2
手法PISA
2
B: Lmo2812 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6594
ポリマ－30,0921
非ポリマー5683
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area670 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area10900 Å2
手法PISA
3
C: Lmo2812 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6594
ポリマ－30,0921
非ポリマー5683
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area860 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area10550 Å2
手法PISA
4
D: Lmo2812 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6594
ポリマ－30,0921
非ポリマー5683
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area640 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area10640 Å2
手法PISA
5
E: Lmo2812 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5673
ポリマ－30,0921
非ポリマー4752
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area630 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10710 Å2
手法PISA
6
F: Lmo2812 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7515
ポリマ－30,0921
非ポリマー6604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area630 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10700 Å2
手法PISA
7
G: Lmo2812 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8576
ポリマ－30,0921
非ポリマー7665
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area960 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area10610 Å2
手法PISA
8
H: Lmo2812 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5673
ポリマ－30,0921
非ポリマー4752
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area700 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.041, 99.258, 155.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Lmo2812 protein


分子量: 30091.605 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 21-272 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: it contains covalently bound cefuroxime molecules
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
株: EGD-e / 遺伝子: lmo2812 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Y3M3
#2: 化合物
ChemComp-CES / 2-[CARBOXY-(2-FURAN-2-YL-2-METHOXYIMINO-ACETYLAMINO)-METHYL]-5-METHYL-3,6-DIHYDRO-2H-[1,3]THIAZINE-4-CARBOXYLIC ACID / CEFUROXIME (INHIBITION FORM)


分子量: 383.376 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H17N3O7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 921 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.17 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月23日
放射モノクロメーター: Double crystal SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.996→29.982 Å / Num. obs: 149025 / % possible obs: 91.13 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 13.29 Å2 / Rsym value: 0.127 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.996→2.067 Å / 冗長度: 5.9 % / Num. unique obs: 14478 / Rsym value: 0.475 / % possible all: 84.24

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZQA

5zqa


解像度: 1.996→29.982 Å / 交差検証法: NONE / σ(F): 0 / 位相誤差: 38.41
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2362 2011 1.35 %
Rwork0.1991 --
obs0.2037 149025 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.996→29.982 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14942 0 303 921 16166
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00615436
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82120819
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.6219351
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452446
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052650
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9962-2.04610.30671390.264610098X-RAY DIFFRACTION94
2.0461-2.10140.31741430.258310453X-RAY DIFFRACTION98
2.1014-2.16320.29961440.245910468X-RAY DIFFRACTION98
2.1632-2.2330.27191390.234310438X-RAY DIFFRACTION98
2.233-2.31280.29921450.228410538X-RAY DIFFRACTION98
2.3128-2.40540.27181420.231110442X-RAY DIFFRACTION98
2.4054-2.51480.27981410.223510520X-RAY DIFFRACTION98
2.5148-2.64730.31061460.220610542X-RAY DIFFRACTION98
2.6473-2.8130.25721450.209610498X-RAY DIFFRACTION98
2.813-3.030.20531440.197210569X-RAY DIFFRACTION98
3.03-3.33450.22141450.183510483X-RAY DIFFRACTION98
3.3345-3.81610.21291430.174810600X-RAY DIFFRACTION99
3.8161-4.80430.17061450.158610604X-RAY DIFFRACTION99
4.8043-28.99050.20481470.186110747X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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