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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6p66 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of the XPB complex with Bax1 from Archaeoglobus fulgidus at 3.0 Angstrom resolution | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / Helicase / nuclease / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 catalytic activity, acting on DNA / DNA nuclease activity / DNA conformation change / DNA 3'-5' helicase / isomerase activity / helicase activity / hydrolase activity / DNA repair / DNA binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | DuPrez, K.T. / Fan, L. / Hilario, E. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020 タイトル: Structural basis of the XPB-Bax1 complex as a dynamic helicase-nuclease machinery for DNA repair. 著者: DuPrez, K. / He, F. / Chen, Z. / Hilario, E. / Fan, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6p66.cif.gz | 694.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6p66.ent.gz | 565.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6p66.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6p66_validation.pdf.gz | 460.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6p66_full_validation.pdf.gz | 489.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6p66_validation.xml.gz | 64 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6p66_validation.cif.gz | 87.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/6p66 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/6p66 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2fwrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53885.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌) 株: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 / 遺伝子: AF_0358 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: O29889 #2: タンパク質 | 分子量: 54808.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌) 株: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 / 遺伝子: AF_0357 / プラスミド: pET15 / 詳細 (発現宿主): 6xHis removed / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: O29890 #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 1:1 ratio of protein to mother liquor (0.1 M sodium acetate pH 4.8, 1.8 M sodium acetate) PH範囲: 6-7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月20日 / 詳細: Ni plated Invar mirror | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3→107.969 Å / Num. all: 52884 / Num. obs: 52884 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.5 % / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.09 / Rsym value: 0.067 / Net I/av σ(I): 6.9 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 182895 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2FWR 解像度: 3→39.932 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.99
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 271.2 Å2 / Biso mean: 116.0327 Å2 / Biso min: 49.29 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3→39.932 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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