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- PDB-6p4o: Complex of XPB helicase with Bax1 endonuclease from Sulfurisphaer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p4o
タイトルComplex of XPB helicase with Bax1 endonuclease from Sulfurisphaera tokodaii at 3.15 Angstroms resolution
要素
  • DNA-dependent ATPase XPBII
  • Endonuclease Bax1
キーワードHYDROLASE/DNA BINDING PROTEIN / Helicase / nuclease / HYDROLASE / HYDROLASE-DNA BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity, acting on DNA / DNA conformation change / DNA 3'-5' helicase / isomerase activity / helicase activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / DNA repair / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF790, endonuclease-like / Protein of unknown function (DUF790) / Xeroderma pigmentosum group B helicase, damage recognition domain / Xeroderma pigmentosum group B helicase damage recognition domain / : / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. ...Protein of unknown function DUF790, endonuclease-like / Protein of unknown function (DUF790) / Xeroderma pigmentosum group B helicase, damage recognition domain / Xeroderma pigmentosum group B helicase damage recognition domain / : / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endonuclease Bax1 / DNA 3'-5' translocase XPB2
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfurisphaera tokodaii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Fan, L. / DuPrez, K.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GMK8893 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Complex of XPB helicase with Bax1 endonuclease from Sulfurisphaera tokodaii at 3.15 Angstroms resolution
著者: Fan, L. / DuPrez, K.T.
履歴
登録2019年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-dependent ATPase XPBII
B: Endonuclease Bax1
C: DNA-dependent ATPase XPBII
D: Endonuclease Bax1
E: DNA-dependent ATPase XPBII
F: Endonuclease Bax1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)336,44514
ポリマ－336,0226
非ポリマー4248
水1,00956
1
A: DNA-dependent ATPase XPBII
B: Endonuclease Bax1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,2687
ポリマ－112,0072
非ポリマー2615
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area48980 Å2
手法PISA
2
C: DNA-dependent ATPase XPBII
D: Endonuclease Bax1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,0072
ポリマ－112,0072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2790 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area48270 Å2
手法PISA
3
E: DNA-dependent ATPase XPBII
F: Endonuclease Bax1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,1705
ポリマ－112,0072
非ポリマー1633
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area48780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)217.723, 125.851, 148.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.520, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22E
13B
23D
14B
24F
15C
25E
16D
26F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYTYRTYRAA-2 - 43118 - 451
21GLYGLYTYRTYRCC-2 - 43118 - 451
12SERSERSERSERAA-1 - 43419 - 454
22SERSERSERSEREE-1 - 43419 - 454
13METMETLYSLYSBB1 - 47621 - 496
23METMETLYSLYSDD1 - 47621 - 496
14METMETLYSLYSBB1 - 47821 - 498
24METMETLYSLYSFF1 - 47821 - 498
15SERSERTYRTYRCC-1 - 43119 - 451
25SERSERTYRTYREE-1 - 43119 - 451
16METMETLYSLYSDD1 - 47621 - 496
26METMETLYSLYSFF1 - 47621 - 496

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 DNA-dependent ATPase XPBII


分子量: 52887.230 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfurisphaera tokodaii (strain DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7) (古細菌)
株: DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7 / 遺伝子: xpb2, ST1613, STK_16130 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q970I2
#2: タンパク質 Endonuclease Bax1


分子量: 59120.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfurisphaera tokodaii (strain DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7) (古細菌)
株: DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7 / 遺伝子: bax1, ST1614, STK_16140 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q970I1

-
非ポリマー , 4種, 64分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.42 % / 解説: Hexagonal plates
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris-Cl, pH 8.0, 50 mM Sodium Carbonate, 32% PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月22日
放射モノクロメーター: Si(111) crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→145.969 Å / Num. obs: 57984 / % possible obs: 85 % / 冗長度: 4.5 % / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.161 / Rsym value: 0.144 / Net I/av σ(I): 4 / Net I/σ(I): 6.6 / Num. measured all: 258254
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
3.15-3.323.70.7051.12906578610.3970.8140.7051.779.5
3.32-3.5240.4551.63022775370.2460.520.4552.880.4
3.52-3.764.30.3472.13099271910.180.3930.3473.781.4
3.76-4.074.60.2532.83135468190.1260.2840.2535.182.5
4.07-4.454.90.1783.83100763400.0850.1980.1787.783.9
4.45-4.984.90.1454.82932459430.0690.1610.1459.786.3
4.98-5.754.80.1424.72633955030.0670.1580.1428.990.5
5.75-7.044.50.1275.22155948240.0630.1430.1279.194
7.04-9.964.50.0767.31755338610.0380.0850.07613.797.2
9.96-29.9145.10.078.21083421050.0330.0780.0717.194.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.97 Å29.91 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Coot0.8.8モデル構築
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TNU

5tnu


解像度: 3.15→29.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.569 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2824 1999 3.5 %RANDOM
Rwork0.2651 ---
obs0.2657 55900 84.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 291.81 Å2 / Biso mean: 78.856 Å2 / Biso min: 22.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.18 Å20 Å20.09 Å2
2---1.02 Å20 Å2
3---2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.15→29.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19961 0 21 56 20038
Biso mean--65.72 53.21 -
残基数----2753
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01220357
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3281.63327700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.652747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.25322.01811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.232152997
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.271595
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.22866
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215399
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.17 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A11412
12C11412
21A11503
22E11503
31B10870
32D10870
41B10767
42F10767
51C11434
52E11434
61D10744
62F10744
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.231 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.442 136 -
Rwork0.407 3789 -
all-3925 -
obs--78.97 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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